linux 中shell统计fasta文件中每条染色体上的碱基数目

 

001、

root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# ls
test.fa
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# cat test.fa
>Chr1
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAAAC
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAAAC
>Chr2
ACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAAC
>Chr3
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCC
>Chr4
CCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACC
CCCTAAC
root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5/test/test# awk '{if($0 ~ /^>/) {print a, sum; a=$0; sum = 0} else {sum += length($0)}} END {print a, sum}' test.fa

>Chr1 100
>Chr2 37
>Chr3 103
>Chr4 57