小鲨鱼2018

2022年7月17日

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# ls a.txt root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 01 1 02 2 AA 3 03 4 04 5 05 6 BB 7 06 8 07 9 AA 10 阅读全文

posted @ 2022-07-17 21:00 小鲨鱼2018 阅读(2239) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月16日

plink 软件中 --allow-no-sex 参数的作用

摘要： --allow-no-sex：在进行关联分析时，缺失性别信息时，仍然进行分析。 001、缺失性别信息，同时不使用改参数时： root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls clean.bed clean.bim clean.fam root@DESKTOP-1N42TVH 阅读全文

posted @ 2022-07-16 23:15 小鲨鱼2018 阅读(848) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月15日

gemma 软件对数量性状混合线性模型T值及P值的计算

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# /home/software/gemma-0.98.5-linu 阅读全文

posted @ 2022-07-15 17:11 小鲨鱼2018 阅读(424) 评论(0) 推荐(0)

gemma 对数量性状一般线性模型关联分析计算 T值

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# /home/software/gemma-0.98.5-linu 阅读全文

posted @ 2022-07-15 16:45 小鲨鱼2018 阅读(154) 评论(0) 推荐(0)

plink软件 --linear 对数量性状进行关联分析 SE计算

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --linear --out test 1> 阅读全文

posted @ 2022-07-15 16:27 小鲨鱼2018 阅读(586) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件 --assoc 数量性状关联分析 T值的来源

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out test 1> / 阅读全文

posted @ 2022-07-15 10:21 小鲨鱼2018 阅读(137) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月14日

plink 软件中 --assoc （或 --linear）对数量性状进行关联分析中T检验，由T值计算p值验证

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out t 阅读全文

posted @ 2022-07-14 23:45 小鲨鱼2018 阅读(635) 评论(2) 推荐(0)

plink 软件中 --assoc 参数对二分类性状关联分析卡方值、及p值计算

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 gwas_test.map gwas_test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file gwas_test --assoc --out t 阅读全文

posted @ 2022-07-14 23:21 小鲨鱼2018 阅读(441) 评论(0) 推荐(0)

R 语言基础绘图中par(new = T)参数的作用

摘要： 001、 plot(1:10, pch = 16, cex = 2, col = "red") plot(10:1, pch = 16, cex = 2, col = "green") 002、 plot(1:10, pch = 16, cex = 2, col = "red") par(new = 阅读全文

posted @ 2022-07-14 22:01 小鲨鱼2018 阅读(300) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --reference-allele 参数用于设定参考等位基因

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls ## 测试数据 outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 SNP1 0 55910 1 SNP2 0 85 阅读全文

posted @ 2022-07-14 19:11 小鲨鱼2018 阅读(1116) 评论(0) 推荐(0)

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