小鲨鱼2018

2022年7月14日

摘要： --site-pi：位点的期待杂合度。（计算等位基因频率p、q, 处于哈迪温伯格平衡时杂合子的概率，即2pq。） 001、 plink 软件中计算位点的期待杂合度 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test3# ls result.map result.ped root@DESK 阅读全文

posted @ 2022-07-14 10:21 小鲨鱼2018 阅读(2012) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月13日

linux 中实现数据的每一列都对齐

摘要： 001、column -t实现 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# ls xxx.genome root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# cat xxx.genome ## 测试数据 FID1 IID1 FID2 IID2 RT EZ Z0 阅读全文

posted @ 2022-07-13 22:18 小鲨鱼2018 阅读(960) 评论(0) 推荐(1)

plink 软件 --hardy参数计算哈代温伯格平衡中 p值的来源

摘要：基本公式： 001、计算卡方值x^2，然后根据自由度计算p值。 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# ls result.map result.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test6# plink --file result --ha 阅读全文

posted @ 2022-07-13 20:14 小鲨鱼2018 阅读(1088) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --impute-sex 参数

摘要： plink 软件中--impute-sex参数：基因基因型信息推断性别（x染色体--het参数的F值，female: F < 0.2; male: F > 0.8），并写入数据。 001、计算f值 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls outcome.map o 阅读全文

posted @ 2022-07-13 10:20 小鲨鱼2018 阅读(452) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月12日

plink 软件中 --het参数

摘要： 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# plink --file outcome --het --out test PLINK v1.90b 阅读全文

posted @ 2022-07-12 22:21 小鲨鱼2018 阅读(1019) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 --check-sex参数

摘要： 1、--check-sex用于验证性别信息是否可靠。检测依据是对x染色体进行纯合度F值统计。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/GWA_tutorial/1_QC_GWAS/test# ls HapMap_3_r3_5.bed HapMap_3_r3_5.b 阅读全文

posted @ 2022-07-12 21:59 小鲨鱼2018 阅读(681) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 cases 和 controls

摘要：表型2是case。表型1是control。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.map 1 s64199.1 阅读全文

posted @ 2022-07-12 16:15 小鲨鱼2018 阅读(283) 评论(0) 推荐(0)

plink 软件中 Total genotyping rate 指的是什么？

摘要： 1、Total genotyping rate：所有位点的基因分型率。 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls outcome.map outcome.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# cat outcome.ma 阅读全文

posted @ 2022-07-12 16:04 小鲨鱼2018 阅读(473) 评论(0) 推荐(0)

plink Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM.

摘要： Error: Failed to extract eigenvector(s) from GRM. 001、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test5# cat te 阅读全文

posted @ 2022-07-12 00:36 小鲨鱼2018 阅读(654) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月11日

plink 软件输出日志文件中 founders 和 nonfounders指的是什么？

摘要： 001、founders：同时没有父本和母本信息的个体 002、nofunders：有父本或者母本信息的个体。（1）、测试 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4# ls test.map test.ped root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test4 阅读全文

posted @ 2022-07-11 23:12 小鲨鱼2018 阅读(429) 评论(0) 推荐(0)

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