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摘要： JARID2有三个主要的isoform，NB的可以检测出三个，特异性不够。 于是我又花了300刀订购了一个新的特异性的antibody，JARID2 (D6M9X) Rabbit mAb #13594。 A novel form of JARID2 is required for different 阅读全文

摘要： 目的：对我们的单细胞多组学数据作此分析，看那个de-diff的TF的敲除能够逆转分化方向。 科研永远是追新者的天堂，不解释。 tutorial：Tutorial - Read the Docs https://github.com/morris-lab/CellOracle Dissecting c 阅读全文

摘要： 代码参考：/home/zz950/projects/cut_run/HDAC-b2/pipeline/GSEA_BETA_integration 写在前面： 在获得同一个样本多种测序数据后，一个自然的目标就是整合，general的问题就是：表观是如何影响转录的？ 基本的数据种类： TF bindin 阅读全文

摘要： 2023年05月17日 cut&run call出了太多的peak，大概6w个，但TF的丰度不如Histone mark，所以这些peak的质量是会被人质疑的。虽然我是把replicate合在一起call的，理论上的peak是更靠谱的，但到IGV里可视化时效果就没那么好了，除非你把bigwig文件合 阅读全文

摘要： 2023年08月03日 昨天正式宣告我的克隆成功，提取出来的质粒浓度最高可达15000，最低也有2000，而且已经经过Sanger测序的确认。 核心点就是：1. 磷酸化的oligos不要稀释；2. digested的Plasmid需要500ng； 其他的按部就班就行，非常简答。 2023年07月28 阅读全文

摘要： 以中心法则为基础，操纵基因的表达，从而达到机制的探索和药物的开发。 目前手段非常之丰富 doxycycline inducible overexpression systems - 条件性基因过表达技术 参考： 针不戳！基因表达调控看完这篇就懂了 过表达都是相似的，敲除的方法却很多 科学家如何操纵基 阅读全文

摘要： 2025年03月05日 安装 # add before submit job # source /home/zz950/softwares/miniconda3/bin/activate /home/zhl595/softwares/miniconda3/envs/RNAseq source /ho 阅读全文

摘要： 在我申请之前（6-8月），合作就已经开始了，估计是2022年1月，Cliff（Shirley组）在开发MIRA，已经到投稿阶段，而Nialy也已经在测序multi-omics了，就差人分析了。 multi-omics看似就是多了个ATAC-seq，但复杂度最少比单纯的RNA-seq多了5倍，Alle 阅读全文

摘要： 2023年01月12日 注意：要用conda进入r4p3进行开发。 发现了pkgdown可能更适配R包，而readthedocs则适合shell和Python。 用pkgdown来开发R包的网站，非常方便。 https://pkgdown.r-lib.org/ 用pkgdown为R程序包建立网站 准 阅读全文

摘要： 2023年01月19日 如何下载mm10的MT的SNP数据？ https://www.informatics.jax.org/snp - 这个没有mm10（GRCm38）的，只有GRCm39（mm39） Mouse Genomes Project: https://www.mousegenomes. 阅读全文

摘要： We quantified this time dependent increase in basal-luminal mixing using entropy of cell-type probabilities, which robustly agrees with our per-sample 阅读全文

摘要： 2023年01月28日 Moreover, genomics often cannot distinguish “passenger” mutations from “drivers” that promote tumorigenesis and might be therapeutic targe 阅读全文

摘要： 除了刚接触10x的那会儿，还真没怎么亲自倒腾过fastq的制作。 正常从测序商那里拿到的应该是bcl的原始数据，需要自己做一步bcl2fastq。 后面大家都觉得这一步太麻烦了，没必要，所以大部分测序商也就自己做了。 这也是对的，生信分析的起点是fastq，不应该是bcl，数据保存的最原始格式也应该 阅读全文

摘要： 有的包在升级后函数和API就完全变了，甚至删除了一切原来的功能函数，这导致后面分析数据非常的畸形。 但没办法，接下了这样的项目，含着泪也得做出点东西出来，于是我就想同时把两个包装上。 python是肯定不行的，网上有一些教程，但都不能正常工作。 于是曲线救国，那我就把包下载到本地，然后用sublim 阅读全文

摘要： transcription factor perturbation gene-sets 目的比较直接：我有个DEG基因集，我想要知道那个TF最有可能调控这个基因集。 Transcription factor perturbation gene ontology analysis (EnrichR)  阅读全文

摘要： 2023年08月28日 从我第一次接触motif分析开始，就意识到motif数据库的不完善，那么多的已知的TF，有较为明确motif的却不到一半，已知的部分质量也不高。 而motif其实至关重要，它是Protein与DNA互作的pattern和证据，蛋白与DNA的互作也决定了基因的转录，染色质的表观 阅读全文

摘要： 目前对peak的数据处理上，发现测序深度对peak的数量有很大影响，即使做了normalization也没办法，所以这里希望从原始的bam文件开始做downsampling。 参考一：Downsample BAM file to specific amount of reads input_dir= 阅读全文

摘要： 2025年03月26日 这个工具非常简单灵活，通用的bed和bigwig读取函数，接口非常明确。 绘图的函数也是非常底层，complexheatmap 鉴于bigwig的普及性、极大地压缩了存储空间，比bam文件更加容易传播，所以这一套方法要比Diffbind那套基于bam的方法要更加通用！！！ 参 阅读全文

摘要： 常在河边走，哪能不湿鞋。 作为生信工作者，尤其是计算生物学，遇到BUG真的是不能太常见，能否顺利DEBUG是此行业工作者的基本功。 Mac MacMini M1芯片则有些包装不了，在osx-64上的包，无法在osx-arm64上安装。 注意：千万不要在M1的Mac上装M1的conda！！！【直接装x 阅读全文

摘要： 2023年05月04日 在搞懂DiffBind后就几乎没有用过deeptools，因为R可以用jupyter notebook，代码和结果方便撰写和保存。 但是，最近被怼了，质疑了我的peak calling，一个核心的问题就是macs call出来的peak太多了，有6万个左右，我觉得这个比较正常 阅读全文