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摘要： 2023年02月02日 博士的NC文章，被怼的最厉害的就是不够causal，这也是生信起手，有实验但又不深的缺点。 所以，单基因操纵是必须得，建立单基因与phenotype的关系； 同时，双基因操纵也是必须的，阐述两个基因之间的关系； 重点关注基础医学的实验设计：GWAS、疾病的分子机理的研究。 只 阅读全文

摘要： 以后，随着自己课题组建立起来，数据不断积累，良好的管理系统就必不可少了。 关键点： 测序raw data的存储与初步分析 下游分析processed data的存储与分析 数据的深入解读和分析 数据的统一注释 google：multi omics data management platform 有 阅读全文

摘要： 2023年01月05日 研究小鼠必备！！！ 没有这个Cre/LoxP系统，研究将无法具体（in vivo太泛），无法在特定时间里精准地在特定细胞里进行基因操纵，完美适配sorting，有了它，我们将指哪打哪，打哪指哪！！！ 小鼠 + 谱系追踪 + 基因操纵，Cre-loxP真是神奇，同类的诺奖技术转 阅读全文

摘要： PS拼图： 设置画布大小和分辨率（17.78cm x 22.86cm，600） 现在高分的干湿结合的paper肯定是多人合作的，然后最终结果汇总到一个大佬手上开始整合写作。 版本管理问题： 高分的paper肯定是要改几个版本的，我的HSCR的paper最少大改了3次，最后回溯到倒数第二个版本 文本对 阅读全文

摘要： 最近还是容易搞混，尤其是人鼠对比时，对人的发育线的认知非常混乱： 问题: 什么是PCW？关键的PCW节点有哪些？Post-conceptual age，这是个绝对值，7-8 PCW约等于E14，特征是ENS已覆盖gut的全部区域。 Carnegie stages是什么？对最早期的三个过程的划分 Th 阅读全文

摘要： 2023年06月08日 gRNA设计是CRISPR基因编辑的核心，KO比较简单，可选择的gRNA很多，而对于需要指定locus的编辑，如CRISPRa, CRISPRi, base editing等，可选择的就很少。 可以选择现成的工具：https://portals.broadinstitute. 阅读全文

摘要： 2024年01月19日 今天刚发现一个注释神器，scAnnotatR scAnnotatR: framework to accurately classify cell types in single-cell RNA-sequencing data - 2022 - BMC Bioinformat 阅读全文

摘要： 问题： 什么是ontology？ ontology的目的是什么？ 生物医学里有哪些必须知道的ontology？ 主流的Atlas有哪些？ gene disease cell tissue Medical Subject Headings (MeSH) https://meshb.nlm.nih.go 阅读全文

摘要： 2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有：注射给药，灌胃给药，口服，鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等，选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式： 皮下注射（Subcutaneous Injections，SC） 皮内注射（Intradermal Injecti 阅读全文

摘要： 问题： 什么是预后模型，目的是什么？ 如何构建预后模型？ 医学发展的阶段 经验医学 循证医学 Evidence-based medicine 精准医学 临床预测模型包括诊断模型（Diagnosticmodels）和预后模型（Prognostic Models） 诊断模型关注的是基于研究对象的临床症状 阅读全文

摘要： 问题： 什么是免疫细胞浸润？ 肿瘤组织里都有哪些细胞？有哪些免疫细胞？ 免疫细胞浸润分析的基本原理？相关性 bulk RNA-seq拆分scRNA-seq的原理 免疫浸润评估常用的工具 什么是免疫浸润细胞？ 肿瘤浸润淋巴细胞（英语：Tumor-infiltrating lymphocytes，缩写T 阅读全文

摘要： 配色真的太重要了，配得好就是高雅大气，配不好就是东施乡村非主流。 好的配色都是靠经验的积累，不断地试错。 新手最保险的就是用RColorBrewer包，里面的有很多种配色，比较和谐。 library(RColorBrewer) myColors <- brewer.pal(8,"Set2") R中可 阅读全文

摘要： 偶然看到别人的NC的Supplementary Information做得非常规整，美观大气又简介，于是想模仿一下。 案例：Supplementary Figures and Tables - NC 写thesis时才发现，这个是题注做出来的，word - references - insert c 阅读全文

摘要： 2023年08月22日 热图只显示指定的基因，这个只有ComplexHeatmap能做到，但这个包是真的很复杂！！！ 参考：https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/more-examples.html#visualize-ce 阅读全文

摘要： 目前已经算是入门级选手了，接下来可以考虑进阶一点。 训练一定要循序渐进，切不可盲目求快。 总结一下第一次HK100的“成功”经验吧！ 身体精神状态极好，大东山被拉爆恢复后的渴望，鬼手30km意犹未尽，再加上信仰和各种buff加成，我才成功了。 可行性分析：50km肯定没问题，那还不如走100km，有 阅读全文

摘要： 搞生物医学的，肯定要先从结构和功能搞起，再深入分子机制的研究，这个研究的逻辑顺序是不可能被颠倒的。 现在在参与一个人类大脑类器官的项目【神经系统疾病】，自然要深入大脑发育中了。 这个疾病影响的是一个叫RTN的region，控制了孩童病人的呼吸。 先从零开始科普一下大脑的结构和功能： 大脑的分类有很多 阅读全文

摘要： 2022年07月19日 R4.1安装ggpubr出现了问题，要用conda先装一个nlopt # conda install -c conda-forge nlopt # conda install -c conda-forge r-nloptr library(nloptr) install.pa 阅读全文

摘要： 生物信息里面有几种典型的network： PPI，就是蛋白互做的网络，直接可以从STRING数据库下载； TF correlation network，就是根据转录组的数据来构建相关性； TF target network，SCENIC等就是做这个的； 自己构思有点难，那就开启写轮眼开始模仿吧。 这 阅读全文

摘要： 免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考：肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点，恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快，有无止境性生长之说，易向周围组织扩散，容易发生转移，如不及时发现，诊断和治疗，常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢，可以多年不变，肿瘤周围都有 阅读全文

摘要： 2023年05月02日 还好没有走上纯生信的灌水之路，要扎扎实实的搞干湿结合，只有问题问好了、实验设计好了、数据测好了，生信才能迸发出高能的威力！ TCGA数据下载 基本的TPM表达数据 全网最全！TCGA新版数据下载与整理教程来了！来抄作业！ 单基因泛癌|CCLE数据下载及整理 从GTEX官网下载 阅读全文