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2025年03月05日 mageck test --norm-method control --control-sgrna control_sgrna -k merged_wg1_wg2_counts_renamed.txt -t $hi -c $low -n rra_ctrl/${hi}_vs_$ 阅读全文
posted @ 2024-01-31 08:09
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最后merge一下 cat *_1_D7_1uM_1* index2/*_1_D7_1uM_1* > D7_1uM_1_1.fq cat *_1_D7_1uM_2* index2/*_1_D7_1uM_2* > D7_1uM_2_1.fq cat *_1_D7_DMSO_1* index2/*_1_ 阅读全文
posted @ 2024-01-10 01:08
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抗癌新药公布临床试验结果的必用图。 有时候在我们药的preclinical的文章里也会经常用到。 图的基本信息： bar图，y轴就是肿瘤体积变化百分比； bar是被sort过的，从高到低； x轴就是病人或者小鼠个体编号； 为什么这个图这么经典？ 抗癌最重要的就是杀死癌细胞，看体积变化没毛病，所以y轴 阅读全文
posted @ 2024-01-09 07:21
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2024年01月05日 最近确实是生物科技行业的寒冬，砍管线、裁员，风险投资撤退，能平稳度过这段寒冬的都是强者了。 但居然还有人能在这寒冬里逆势而上，别人喝西北风，他们吃肉，让人不得不好奇，他们到底有什么特殊之处。 捕风捉影不如直接听当事人的想法，一语胜千言。 生物医药行业的周期 任何一个行业都是有 阅读全文
posted @ 2024-01-06 00:32
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名词解释： LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass 阅读全文
posted @ 2023-12-14 06:29
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前言：新开一个标签-《热点》，强迫自己去学习一下领域的热点事件，精通是不太可能了，但最少要知道是个怎么回事。 科普： 什么是ADC？可以简单理解为抗体靶向+化疗杀伤的结合。 抗体偶联药物（antibody drug conjugates, ADCs）是一类将特异性单克隆抗体与细胞毒性药物通过接头偶联 阅读全文
posted @ 2023-12-12 13:19
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2023年12月14日 最近刷到一篇观点，与我之前写的不谋而合： 我，在西藏林芝，不配拥有肿瘤早筛 这个是一个领域从业者的角度写的，数据论证更加详实。 先说我个人的结论： 一个先提条件：（基于测序的）早筛价格大幅降低，且能有效高准确率的筛查出多癌种； 在此基础之上，需要政府大力推广，测序早筛（如cf 阅读全文
posted @ 2023-12-10 11:38
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目录： 什么是生存分析，生存分析的数据格式是怎样的，KM曲线是如何绘制的； 如何用TCGA数据进行生存分析？ 如果要你做一个临床试验（或者小鼠试验），怎么收集数据，怎么绘制KM图，怎么做Cox分析？ 如果要你做一个临床试验（或者小鼠试验），怎么收集数据，怎么绘制KM图，怎么做Cox分析？ 首先，明确 阅读全文
posted @ 2023-12-02 02:40
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示例paper：Retinoic acid signaling drives differentiation toward the absorptive lineage in colorectal cancer - 2021 常见的表型分析： Alkaline phosphatase/nuclear 阅读全文
posted @ 2023-12-01 01:31
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这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆，从Ecoli里提取质粒，不要忘了加RNase，否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的，这你要自己去摸索，比如普通Lentivirus packagi 阅读全文
posted @ 2023-11-30 02:14
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代码： https://github.com/KosinskiLab/AlphaPulldown https://github.com/google-deepmind/alphafold 生物专业入坑教程：Alphafold的原理和展望 钟博子韬 | 钰沐菡 公益公开课 2023年12月09日 我就 阅读全文
posted @ 2023-11-23 04:34
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宝藏：春卷基因编辑专栏 2023年11月21日 理论上，我从23年6-7月开始做实验，最开始就是做CRISPR KO，后面也是shRNA、dTAG都做，但其实都没玩明白。 尤其是DFCI，看似顶级，其实有钱谁不会玩呢？国内要是有这么多资源、这样的视野，你DFCI还真玩不过，西湖大学就是个例子。 没有 阅读全文
posted @ 2023-11-22 04:49
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2023年11月17日 生物体不是简单的机械零件的堆积，而是一个灵动的整体，从细胞层面而言，就是神奇的细胞可塑性。 尤其是cancer cell，它无时无刻都在自我适应和进化，这其中是否涉及到一个统一的表观机制呢？ Why cancer cell plasticity?Some cells can 阅读全文
posted @ 2023-11-18 03:12
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2024年02月01日 靶向药 有些靶点是因为mutation而被选择 Mutations in the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC) are found in 80% of sporadic colorectal ca 阅读全文
posted @ 2023-11-10 02:29
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两种数据类型的转化 10x的数据就是以dataframe形式存储 R处理的数据大部分是matrix，可以用线性代数来解 工具 tidyr pivot_longer() pivot_wider() # tmp <- dep %>% # pivot_longer(cols = -`ModelID`, n 阅读全文
posted @ 2023-11-09 03:44
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2023年11月27日 Debug还是得靠自己，别人的建议仅供参考。 LR做了最少4遍，都没有靠谱的克隆出现。 一开始以为是Plasmid里RNA含量太高，稀释了DNA的含量，加了足量的Plasmid也不顶用。 只能去所用试剂的官网里找答案了：Gateway™ LR Clonase™ II Enzy 阅读全文
posted @ 2023-11-08 05:40
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载体病毒的质量至关重要，如果活性太弱，那DNA、RNA等就无法被被成功递送到细胞内，整个系统就不会工作了。 所以很多细胞基因治疗方案的瓶颈就在于载体。 在实验室里，我们一般用Lentivirus，其容量大、活性高、整合到genome表达稳定。 Lentivirus最好是现做现用，因为lab prot 阅读全文
posted @ 2023-11-02 00:10
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Co-IP全称Co-Immunoprecipitation，中文学名免疫共沉淀，是一种以抗体和抗原识别专一性为基础，用于研究蛋白质之间相互作用的经典方法。 通俗点来说，假设我们需要研究样品中A蛋白和B蛋白之间是否存在一些相互作用，首先我们通过合适的方法处理样本，将蛋白提取出来（同时不能破坏蛋白之间的 阅读全文
posted @ 2023-09-28 05:30
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ConSurf-StandAlone https://github.com/leezx/ConSurf-StandAlone /home/zz950/tmpData/consurf 如果对特定的fragment感兴趣，可以去做MSA，https://www.uniprot.org/uniprotkb 阅读全文
posted @ 2023-09-23 02:56
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参考前篇：可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon salmon的定量是不基于序列比对的 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序（RNA-seq）数据分析的方法，其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 阅读全文
posted @ 2023-09-02 07:32
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