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2024年1月31日
CRISPR Screen | 基因编辑筛选靶点 | MAGeCK | MAGeCKFlute
摘要: 2025年03月05日 mageck test --norm-method control --control-sgrna control_sgrna -k merged_wg1_wg2_counts_renamed.txt -t $hi -c $low -n rra_ctrl/${hi}_vs_$
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posted @ 2024-01-31 08:09 Life·Intelligence
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2024年1月10日
fastq demultiplexing
摘要: 最后merge一下 cat *_1_D7_1uM_1* index2/*_1_D7_1uM_1* > D7_1uM_1_1.fq cat *_1_D7_1uM_2* index2/*_1_D7_1uM_2* > D7_1uM_2_1.fq cat *_1_D7_DMSO_1* index2/*_1_
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posted @ 2024-01-10 01:08 Life·Intelligence
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2024年1月9日
瀑布图 | Waterfall Plot
摘要: 抗癌新药公布临床试验结果的必用图。 有时候在我们药的preclinical的文章里也会经常用到。 图的基本信息: bar图,y轴就是肿瘤体积变化百分比; bar是被sort过的,从高到低; x轴就是病人或者小鼠个体编号; 为什么这个图这么经典? 抗癌最重要的就是杀死癌细胞,看体积变化没毛病,所以y轴
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posted @ 2024-01-09 07:21 Life·Intelligence
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2024年1月6日
转 | 访谈:对话百利天恒朱义 | 点评
摘要: 2024年01月05日 最近确实是生物科技行业的寒冬,砍管线、裁员,风险投资撤退,能平稳度过这段寒冬的都是强者了。 但居然还有人能在这寒冬里逆势而上,别人喝西北风,他们吃肉,让人不得不好奇,他们到底有什么特殊之处。 捕风捉影不如直接听当事人的想法,一语胜千言。 生物医药行业的周期 任何一个行业都是有
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posted @ 2024-01-06 00:32 Life·Intelligence
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2023年12月14日
蛋白质定量技术 | Mass Spectrometry | LC-MS/MS | CyTOF | RIME | 单细胞蛋白组测序
摘要: 名词解释: LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass
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posted @ 2023-12-14 06:29 Life·Intelligence
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2023年12月12日
热点 | 百利天恒HER3/EGFR双抗ADC
摘要: 前言:新开一个标签-《热点》,强迫自己去学习一下领域的热点事件,精通是不太可能了,但最少要知道是个怎么回事。 科普: 什么是ADC?可以简单理解为抗体靶向+化疗杀伤的结合。 抗体偶联药物(antibody drug conjugates, ADCs)是一类将特异性单克隆抗体与细胞毒性药物通过接头偶联
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posted @ 2023-12-12 13:19 Life·Intelligence
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2023年12月10日
结直肠癌筛查 | 简评癌症早筛
摘要: 2023年12月14日 最近刷到一篇观点,与我之前写的不谋而合: 我,在西藏林芝,不配拥有肿瘤早筛 这个是一个领域从业者的角度写的,数据论证更加详实。 先说我个人的结论: 一个先提条件:(基于测序的)早筛价格大幅降低,且能有效高准确率的筛查出多癌种; 在此基础之上,需要政府大力推广,测序早筛(如cf
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posted @ 2023-12-10 11:38 Life·Intelligence
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2023年12月2日
从零开始学生存分析 | Cancer生存分析 | Survival Analysis with R
摘要: 目录: 什么是生存分析,生存分析的数据格式是怎样的,KM曲线是如何绘制的; 如何用TCGA数据进行生存分析? 如果要你做一个临床试验(或者小鼠试验),怎么收集数据,怎么绘制KM图,怎么做Cox分析? 如果要你做一个临床试验(或者小鼠试验),怎么收集数据,怎么绘制KM图,怎么做Cox分析? 首先,明确
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posted @ 2023-12-02 02:40 Life·Intelligence
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2023年12月1日
organoid | 类器官 | 培养 | 单细胞测序
摘要: 示例paper:Retinoic acid signaling drives differentiation toward the absorptive lineage in colorectal cancer - 2021 常见的表型分析: Alkaline phosphatase/nuclear
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posted @ 2023-12-01 01:31 Life·Intelligence
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2023年11月30日
DNA | RNA | Protein | 提取 | 纯化 | 定量
摘要: 这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆,从Ecoli里提取质粒,不要忘了加RNase,否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的,这你要自己去摸索,比如普通Lentivirus packagi
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posted @ 2023-11-30 02:14 Life·Intelligence
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2023年11月23日
AlphaPulldown | in silico co-IP | 蛋白质相互作用预测 | 人工智能 | alphafold
摘要: 代码: https://github.com/KosinskiLab/AlphaPulldown https://github.com/google-deepmind/alphafold 生物专业入坑教程:Alphafold的原理和展望 钟博子韬 | 钰沐菡 公益公开课 2023年12月09日 我就
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posted @ 2023-11-23 04:34 Life·Intelligence
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2023年11月22日
基因编辑 | CRISPR | 系统性学习
摘要: 宝藏:春卷基因编辑专栏 2023年11月21日 理论上,我从23年6-7月开始做实验,最开始就是做CRISPR KO,后面也是shRNA、dTAG都做,但其实都没玩明白。 尤其是DFCI,看似顶级,其实有钱谁不会玩呢?国内要是有这么多资源、这样的视野,你DFCI还真玩不过,西湖大学就是个例子。 没有
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posted @ 2023-11-22 04:49 Life·Intelligence
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2023年11月18日
cancer cell plasticity | 可塑性
摘要: 2023年11月17日 生物体不是简单的机械零件的堆积,而是一个灵动的整体,从细胞层面而言,就是神奇的细胞可塑性。 尤其是cancer cell,它无时无刻都在自我适应和进化,这其中是否涉及到一个统一的表观机制呢? Why cancer cell plasticity?Some cells can
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posted @ 2023-11-18 03:12 Life·Intelligence
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2023年11月10日
药学 | Drug | 肿瘤靶向药 | 基本概念
摘要: 2024年02月01日 靶向药 有些靶点是因为mutation而被选择 Mutations in the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC) are found in 80% of sporadic colorectal ca
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posted @ 2023-11-10 02:29 Life·Intelligence
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2023年11月9日
R数据转化 | 矩阵 | 数据框 | matrix | dataframe
摘要: 两种数据类型的转化 10x的数据就是以dataframe形式存储 R处理的数据大部分是matrix,可以用线性代数来解 工具 tidyr pivot_longer() pivot_wider() # tmp <- dep %>% # pivot_longer(cols = -`ModelID`, n
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posted @ 2023-11-09 03:44 Life·Intelligence
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2023年11月8日
Gateway Cloning | cDNA过表达载体 | pDonor | pDestination | LR reaction
摘要: 2023年11月27日 Debug还是得靠自己,别人的建议仅供参考。 LR做了最少4遍,都没有靠谱的克隆出现。 一开始以为是Plasmid里RNA含量太高,稀释了DNA的含量,加了足量的Plasmid也不顶用。 只能去所用试剂的官网里找答案了:Gateway™ LR Clonase™ II Enzy
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posted @ 2023-11-08 05:40 Life·Intelligence
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2023年11月2日
Lentiviral titer | 慢病毒浓度滴定 | 载体
摘要: 载体病毒的质量至关重要,如果活性太弱,那DNA、RNA等就无法被被成功递送到细胞内,整个系统就不会工作了。 所以很多细胞基因治疗方案的瓶颈就在于载体。 在实验室里,我们一般用Lentivirus,其容量大、活性高、整合到genome表达稳定。 Lentivirus最好是现做现用,因为lab prot
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posted @ 2023-11-02 00:10 Life·Intelligence
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2023年9月28日
免疫共沉淀实验 | co-IP | 蛋白相互作用
摘要: Co-IP全称Co-Immunoprecipitation,中文学名免疫共沉淀,是一种以抗体和抗原识别专一性为基础,用于研究蛋白质之间相互作用的经典方法。 通俗点来说,假设我们需要研究样品中A蛋白和B蛋白之间是否存在一些相互作用,首先我们通过合适的方法处理样本,将蛋白提取出来(同时不能破坏蛋白之间的
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posted @ 2023-09-28 05:30 Life·Intelligence
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2023年9月23日
ConSurf-StandAlone | 蛋白保守性得分
摘要: ConSurf-StandAlone https://github.com/leezx/ConSurf-StandAlone /home/zz950/tmpData/consurf 如果对特定的fragment感兴趣,可以去做MSA,https://www.uniprot.org/uniprotkb
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posted @ 2023-09-23 02:56 Life·Intelligence
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2023年9月2日
salmon快速基因和转录本定量 | isoform
摘要: 参考前篇:可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon salmon的定量是不基于序列比对的 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序(RNA-seq)数据分析的方法,其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。
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posted @ 2023-09-02 07:32 Life·Intelligence
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