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Tips: Atlas级别的数据，需要做加速处理，比如常见的marker鉴定，不要用seurat默认的函数，非常慢。 presto包的算法复杂度极低，再大的数据基本一分钟内就能出结果。 markers_rna <- presto:::wilcoxauc.Seurat(X = all.colon, g 阅读全文
posted @ 2023-08-15 04:41
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目前在做GI的Atlas项目，主要分为三类细胞：epithelial，stromal，immune。 其中epithelial就是cancer cell，然后TME就是stromal和immune。 最出名的TME就是CAF和TAM。 Key stromal cells include cancer 阅读全文
posted @ 2023-08-12 03:07
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这是最传统的细胞生物学手段，首先构建一个mouse的in vivo模型，然后就是切片，然后染色，直接用眼睛看，在顶刊上经常能看到一些非常漂亮的彩图，既美观又真实。 在医院里，这一类被叫做pathologist，通常就是医生初步诊断后，然后就靠pathologist来做分子诊断，IHC，然后基因型检测 阅读全文
posted @ 2023-08-11 23:58
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摘要：
流式细胞仪的cell sorting是很多细胞和分子生物实验的基础，比如单细胞测序、细胞周期等。 Flow cytometry and cell sorting are two distinct yet complementary techniques. Both rely on antibodie 阅读全文
posted @ 2023-08-10 03:48
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镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 （https://www.sc-best-practices.org/preamble.html） 最新的 阅读全文
posted @ 2023-08-09 23:38
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值得思考的问题： 为什么抗体类药物（20-27%）的研发成功率高于小分子药物（5-10%）？毒性和有效性 为什么抗体类药物与靶点结合能力弱，但反而治疗效果更佳？ 小分子和抗体类药物的耐药性机制有何不同？ 研究证实，西妥昔单抗与EGFR的结合能力要弱于小分子抑制剂吉非替尼与EGFR的结合能力，但有数据 阅读全文
posted @ 2023-08-04 03:33
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2023年07月24日 你不可能真正成功，如果你不知道什么叫做失败！【做实验尤其如此】 接下来的两个week，我将开始疯狂的cloning各种工具，常见的CRISPR ko/i/a都要玩一遍。 克隆的大致流程是一样的，就是要设计不同gRNA，所用的Plasmid也是不一样的，lentivirus克隆 阅读全文
posted @ 2023-07-21 06:44
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问题很简单，我有一段目标oligos（常见的就是gRNA，shRNA），如何最高效精准的克隆到我的目标质粒Plasmid里。 1.最常规的ligation 2.之前的CRISRP KO gRNA用的是Golden Gate Assembly NEBridge® Golden Gate Assembl 阅读全文
posted @ 2023-07-21 06:34
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实验的图最好还是用传统的Graphpad Prism来做，这样整个style可以看着更专业一些。 非要用ggplot来做也可以，就是不那么美观。 最经典的qRT-PCR需要做成柱状图。 参考： /Users/zhixinli/Dropbox (Partners HealthCare)/Project 阅读全文
posted @ 2023-07-21 05:23
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属于几大functional assays中的一个： Negative-selection competition assay CTG - proliferation colony formation assay cell cycle xenograft 如果你要深入研究一个oncogene或者TS 阅读全文
posted @ 2023-07-21 02:27
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目录： 临床： 消化道的具体结构？小肠、大肠、结肠、直肠的概念？CRC的左侧和右侧的差别？ 什么是polyps、lesion、tumor、cancer，这之间的区别是什么？Nonneoplastic、Neoplastic；adenomas and serrated 什么是CRC，临床上如何界定？在各 阅读全文
posted @ 2023-07-16 11:40
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非常火的一个由DFCI开发的药物系统，原理就是蛋白降解，在实验室里就在目标蛋白后面加一个尾巴，它会连接到泛素化降解系统，从而降解目标蛋白。 dragging a protein of interest (POI) to a E3 ligase for degradation like dTAGv1， 阅读全文
posted @ 2023-07-11 00:06
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2023年07月05日 分析单细胞数据已有5年的经验，但竟然没有从头生成过自己的数据。 小鼠基本是机制类探索项目的必备实验，不需要太复杂，只要简单的杂交取样即可。 小鼠模型： Aberrant cell state plasticity mediated by developmental repro 阅读全文
posted @ 2023-07-06 03:53
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前作 转录相关signalling pathway活性打分 | 常见打分系统 | PROGENy 基于基因表达的打分模型 几种常见的打分方法： mean，最简单 PercentageFeatureSet Seurat的AddModuleScore，多了一个背景基因集，消除背景的影响，没什么意义，相当 阅读全文
posted @ 2023-06-30 02:00
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2023年09月06日 比较一下CRISPR和shRNA，我还是喜欢可诱导的shRNA，主要原因就在于其可控性。 从常识就知道：在你敲除一个基因以后，细胞会随着时间发生一系列的动态变化的，如果基因十分重要，那么最终细胞会死亡，抑或达到一种稳态。 目前我们实验室还没有可诱导的CRISPR质粒，所以在L 阅读全文
posted @ 2023-06-28 04:51
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2023年07月18日 用primer跑完PCR后，发现agarose gel有2-3个非特异性条带，于是切胶，用另一个protocol来提取gel里面的DNA。 最后一步失误地加入了PCR那一步的mixed primers（F+R），导致样本全废，只能从过滤膜里继续提取DNA了，5min提取出了3 阅读全文
posted @ 2023-06-28 02:03
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2023年10月22日 WB很少用定量分析，因为系统误差都能达到10-30%，所以band的差异需要非常明显才行。 那如果你的蛋白含量非常微弱怎么办？ 单独incubate primary antibody，直到能看到清晰条带，不要跟GAPDH混在一起； 提升上样量，提升抗体浓度，增加抗体孵化时间， 阅读全文
posted @ 2023-06-24 02:30
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2023年11月08日 用TCGA的数据做了一个genome-wide的GSEA分析 Guide to ggmanh Package library(ggmanh) library(SeqArray) 只需要把gene转化为chr和position即可 hg38.anno <- read.csv(" 阅读全文
posted @ 2023-06-20 03:28
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2023年10月06日 准备做JARID2的reporter和dTAG，需要引物来确定产物。 找到stop codon view - DNA - get DNA （-350，+350） https://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3 阅读全文
posted @ 2023-06-20 01:31
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参考前篇：PCR | qPCR | RT-PCR 的原理及应用 | tidyqpcr 数据分析 There is no difference a Ct means cycle threshold, Cq quantification cycle. Ct and Cq are the same. Bu 阅读全文
posted @ 2023-06-06 02:44
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