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课程主页：https://www.coursera.org/learn/machine-learning/home/welcome 收集再多的资料也没用，关键是要自己理解总结，做笔记就是一个归纳总结的过程，把自己理解的核心逻辑记录下来，供以后回顾。 千万不要把一些自己没理解归纳的材料摘抄下来当做笔记 阅读全文
posted @ 2016-12-30 01:25
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分类 第一章 机器学习基础 第二章 k-近邻算法 第三章 决策树 第四章 基于概率论的分类方法：朴素贝叶斯 第五章 Logistics回归 第六章 支持向量机 第七章 利用AdaBoost元算法提高分类性能 回归 第八章 预测数值型数据：回归 第九章 树回归 无监督学习 第十章 利用K-均值聚类算法对未标注数据分组 第十一章 使用Apriori算法进行关联分析 第十二章... 阅读全文
posted @ 2016-12-29 21:22
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参考： Lander-Waterman Model 这个模型是鸟枪法测序和基因组装的最基本的理论模型，它揭示了测序深度与覆盖度之间的关系。 该模型回答了一个最基本的问题：How many reads to we need to be sure we cover the whole genome? Genome Sequencing - PPT Chapter 5.1. Lander... 阅读全文
posted @ 2016-12-29 14:18
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参考： 五大常用算法之三：贪心算法 算法系列：贪心算法 贪心算法详解 从零开始学贪心算法 一、基本概念： 所谓贪心算法是指，在对问题求解时，总是做出在当前看来是最好的选择。也就是说，不从整体最优上加以考虑，他所做出的仅是在某种意义上的局部最优解。 贪心算法没有固定的算法框架，算法设计的关键是贪心策略的选择。必须注意的是，贪心算法不是对所有问题都能得到整体最优解，选择的贪心策略必... 阅读全文
posted @ 2016-12-29 13:44
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参考： BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式，进行紧密的编码。 BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本，转换后使得相同的字符位置连续或者相邻，之后可以使用其他技术如：Move-to-front transform 和 游程编码 进行文本压缩。 1 BW... 阅读全文
posted @ 2016-12-29 11:20
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参考： 从前缀树谈到后缀树 后缀树 Suffix Tree—后缀树 字典树(trie树)、后缀树 一.前缀树 简述：又名单词查找树，tries树，一种多路树形结构，常用来操作字符串（但不限于字符串），和hash效率有一拼（二者效率高低是相对的，后面比较）。 性质：不同字符串的相同前缀只保存一份。 操作：查找，插入，删除。 举个例子： 假设有这么几个单词 ... 阅读全文
posted @ 2016-12-29 10:57
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参考： Hash table - Wiki Hash table_百度百科 从头到尾彻底解析Hash表算法 谈谈 Hash Table 我们身边的哈希，最常见的就是perl和python里面的字典了，字典有什么性质，给定键就可以直接找到值，字典封装了一种映射关系（散列函数），它和数组完全不同，数组是根据地址来访问值。 定义：给定表M，存在函数f(key)，对任意给定... 阅读全文
posted @ 2016-12-29 10:42
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参考： Suffix array - Wiki 后缀数组(suffix array)详解 6.3 Suffix Arrays - 算法红宝书 Suffix Array 后缀数组 基本概念 应用：字符串处理、生物信息序列处理 后缀：学过英语的都知道什么叫后缀，就是从某个位置开始到字符串结尾的特殊子串，记住 Suffix(i)=S[i...len(S)-1]，... 阅读全文
posted @ 2016-12-29 10:17
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Michael Schatz - Cold Spring Harbor Laboratory 最近在研究 BWA mem 序列比对算法，直接去看论文，看不懂，论文就3页，太精简了，好多背景知识都不了解。 通过Google，发现了一系列序列比对的课程，讲得真是太好了，真是捡到宝了！！！ 如果你想搞透生物信息的基石 - 序列比对算法，那你一定得看完这些教程。 国内的课程、教材和文章都是抄来抄去... 阅读全文
posted @ 2016-12-28 17:42
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用“machine learning genomics”在 biorxiv 中检索（限定一下Bioinformatics领域），查看最新文章的标题和摘要，看看机器学习都能做些什么实际的项目。 1.Machine-learning annotation of human splicing branchpoints（RNA剪切体位点预测） 使用机器学习来注释人类剪切体的分支点 需要有 RNA s... 阅读全文
posted @ 2016-12-28 14:22
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一直都没有找到生信领域简单易懂的机器学习案例，这回算是逮到一个了：机器学习识别cfDNA OpenGene/CfdnaPattern 阅读全文
posted @ 2016-12-28 09:59
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现在BWA大家基本上只用其mem算法了，无论是二代还是三代比对到参考基因组上，BWA应用得最多的就是在重测序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for ... 阅读全文
posted @ 2016-12-27 17:32
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技术是学不完的，什么技术都懂一点是没有意义的。 读书时你可以什么都学一点，了解各个方面，增加见识，但如果工作了你还这么搞，那我只能说你很快就会被淘汰。 无论是企业还是事业单位，都讲究一个产出，说大一点就是你创造的价值，而你在那闷着学习是创造不了价值的，只有去做才能。 所以，不管你在哪工作，你都得有目 阅读全文
posted @ 2016-12-27 09:57
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参考：KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道，那就是能通过它来做什么？ KEGG数据库里面有什么？ 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息，例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及... 阅读全文
posted @ 2016-12-26 11:08
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大学就看了一点维特根斯坦的书，对其生平有个简单的了解，我很喜欢这种人，对真理本质不懈的追求，不管世人的眼光。 我也意识到我是一个肤浅的人，什么都是浅尝辄止，只会简单的贴标签（界定问题的性质很重要，整体观）。 Anglo-american philosopher - 微盘 为了避免做个肤浅的人，先看看别人的著作吧，了解人家的思想内核。 先看看《维特根斯坦哲学之路 》 阅读全文
posted @ 2016-12-26 01:24
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42 - 语言学专栏 语言的局限（1）：从1984说起 语言的局限（2）：孤独 语言的局限（三）---宏大叙事与喜剧 都知道语言是人类的武器，语言显然的促进了思维，不仅促进了个体的智能，而且将整个人类连接成了一个整体，造就了现在人类的文明。 但语言同时也是禁锢，我们太依赖语言，我们通常无法突破语言的界限，只有偶尔几个天才（相对论的提出，想象是先于语言的）能突破人类的极限，达到至高的... 阅读全文
posted @ 2016-12-26 00:21
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自知自己的语言表达能力奇差： 一是性格原因，内向，不喜欢说太多话，不喜欢与人表达； 另外还是个性原因，以为一件事只要自己明白，就懒得说，其实你以为自己理解了，未必你就真的理解了，多向别人解释，你自然会发现自己思维上的漏洞。 语言表达能力 - 知乎 存了很多书，却都没有认真学习。 待续~ 阅读全文
posted @ 2016-12-25 18:57
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音乐赏析似乎是一件没有意义的工作，与电影相比音乐更加抽象，不同的人对同一首歌会有完全不同的解读。 但一首歌一旦成为经典，就有解读它的必要，因为它一定诉出了一个群体的某些情绪。 Karma police, arrest this man He talks in math He buzzes like a fridge He's like a detuned ra... 阅读全文
posted @ 2016-12-25 18:50
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转自：果子学生信 微信公众号 题目：结合本研究领域，利用核酸（NCBI、EMBL和DDBJ）和蛋白质（SWISSPROT）找出你感兴趣的基因或蛋白质，并找出其同源的基因或者蛋白，分析它们的进化历史 解答： 1.找出感兴趣基因或蛋白的序列 2.找出其同源的基因或蛋白 3.净化分析 如何获取感兴趣的基因（蛋白、miRNA、lncRNA等）：1.移植性研究，看文献，移花接木；2.原创性... 阅读全文
posted @ 2016-12-23 16:55
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转自：果子学生信 微信公众号 第一题：利用核酸和蛋白质数据库下载“Homo sapiens apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3A (APOBEC3A)”的核酸序列和蛋白质序列，在核酸水平上分析启动子序列，并进一步对蛋白质的结构进行同源建模 解答： 查询APOBEC3A的核酸和蛋白质... 阅读全文
posted @ 2016-12-23 16:11
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