Life·Intelligence

2017年3月31日

摘要：使用软件 CNVnator_v0.3.2 过滤脚本 cnvnator_filter.pl CNV输出结果 CNV_type coordinates CNV_size normalized_RD p-val1 p-val2 p-val3 p-val4 q0 duplication chr10:1-9590600 9.5906e+06... 阅读全文

posted @ 2017-03-31 10:43 Life·Intelligence 阅读(1432) 评论(0) 推荐(0)

2017年3月27日

Pymonitor使用方法和常见问题

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posted @ 2017-03-27 10:00 Life·Intelligence 阅读(29) 评论(0) 推荐(0)

2017年3月22日

R & ggplot2 & Excel绘图（直方图/经验分布图/QQ图/茎叶图/箱线图）实例

摘要：持续更新~ 散点图条形图文氏图饼图盒型图频率直方图热图 PCA图 3D图火山图分面图分面制作小多组图地图练习数据： year count china Ame jap '12 2.800000 1.500000 4.500000 2.500000 '13 2.941956 1.587559 5.342547 2.814862 '14 3.508838 1.648... 阅读全文

posted @ 2017-03-22 20:39 Life·Intelligence 阅读(4590) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月23日

Greengenes Database（16S）

摘要： The Greengenes Database Release 13_5 这是16S的一个非常重要的数据库 The Greengenes Database, a public resource since 2002 (DeSantis 2003, DeSantis 2006, McDonald 2011), is a well-characterized and curated databas... 阅读全文

posted @ 2017-02-23 17:10 Life·Intelligence 阅读(4311) 评论(0) 推荐(1)

2017年2月21日

构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb

摘要：如何下载NCBI blast数据库？有哪些可供下载的blast数据库？ blast如何使用？ blast构建索引 | makeblastdb -in 后接输入文件，你要格式化的fasta序列-dbtype 后接序列类型，nucl为核酸，prot为蛋白-title 给数据库起个名，好看~~(不能用在阅读全文

posted @ 2017-02-21 18:38 Life·Intelligence 阅读(46191) 评论(0) 推荐(0)

肠道型(enterotype)简介

摘要： An enterotype is a classification of living organisms based on its bacteriological ecosystem in the gut microbiome. 相关经典文章：Enterotypes of the human gut microbiome 待续~ 在近几年里，科学家们在被我们称作人体微生物生态组（mi... 阅读全文

posted @ 2017-02-21 18:36 Life·Intelligence 阅读(3043) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月20日

（转）HapMap简介

摘要： 1、人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称，Haplo意为单一，在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条。Haplotype就是单条染色体中的一段，译作单体型(有人译作单倍型)，是描述遗传差异的一种主要方式。DNA作为遗传物质，不但编码了物种间的差异，物种内不同个体之间的差异也含在其中，均表现为基因组之间的DN... 阅读全文

posted @ 2017-02-20 16:37 Life·Intelligence 阅读(6302) 评论(0) 推荐(0)

FASTQ 数据质量统计工具

摘要：主流工具： FastQC fqcheck readfq 拿到测序数据的第一步就是做质量控制 fqcheck之后得到的结果：它会统计每条reads，按read 1-100位点计算每个位置的ACGTN含量，以及0-41质量值的个数最终会得到整体的错误率，GC，Q20，Q30 the default quality shift value is: -64, ... 阅读全文

posted @ 2017-02-20 11:56 Life·Intelligence 阅读(7803) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月17日

读写生信流程必备的 Perl 语法

摘要：最早就是写Perl的，后来来到公司转Python，现在又要负责流程了，开始重拾Perl，当然是借鉴别人现有的语法，我再重新组合。基本语法就不介绍了，参照我之前文章 Perl 模块 use strict; use File::Path; 【Perl】Path::File 目录的创建和删除内置模块，导入之后就可以随时创建和删除目录了，mkpath("LZX"... 阅读全文

posted @ 2017-02-17 14:39 Life·Intelligence 阅读(2503) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月16日

Illumina Sequence Identifiers 序列标识符 index详解

摘要：大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了，但这是不够的。我们还需要了解世界上最大的测序公司自己定制的 FastQ 格式，因为你可能会经常用到，有时还会亲自去处理它们。本文主题：Illumina 测序数据中的 Index Fastq格式详解 @FCHCGKFBCXY:1:1101:1110:2162#AACAGCACCTAGCA_GTAGTGCG/1 ATGTATA... 阅读全文

posted @ 2017-02-16 19:38 Life·Intelligence 阅读(3580) 评论(0) 推荐(0)

真核生物基因结构 & mRNA结构

摘要：参考：分子生物学教材再一次，翻看真核生物基因结构！ mRNA基本结构特点 Structure and function of Messenger RNA (mRNA ) 基因结构其实这个结构不完整，完整的如下：主要注意UTR这个结构真核生物的基因结构包括编码区和非编码区。编码区编码区其实是断裂基因结构，也就是不连续基因。具有蛋白编码... 阅读全文

posted @ 2017-02-16 10:51 Life·Intelligence 阅读(23209) 评论(0) 推荐(0)

主成分分析（PCA）原理及R语言实现 | 降维dimension reduction | Principal component analysis

摘要：如果你的职业定位是数据分析师/计算生物学家，那么不懂PCA、t-SNE的原理就说不过去了吧。跑通软件没什么了不起的，网上那么多教程，copy一下就会。关键是要懂其数学原理，理解算法的假设，适合解决什么样的问题。学习可以高效，但却没有捷径，你终将为自己的思维懒惰和行为懒惰买单。 PCA的原理和普通实阅读全文

posted @ 2017-02-16 10:49 Life·Intelligence 阅读(71161) 评论(0) 推荐(4)

ZFNs | TALEN | CRISPR | 基因编辑

摘要：问题：三代基因编辑的技术特点是什么？具体机制是什么？技术起源？ DSB和DSR是什么？核酸酶发挥着什么作用？ CRISPR是如何在细菌中发现的？细菌是如何实现自我免疫的？有哪些关键元件？spacer DNA是什么？crDNA是什么？理解CRISPR的每一个词是什么意思 CRISPR是如何被改造，阅读全文

posted @ 2017-02-16 10:06 Life·Intelligence 阅读(1770) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月15日

转录因子 | transcription factor | 表观因子 | 转录调控专题 | 数据库

摘要： hs.TFs <- read.csv("https://github.com/leezx/RToolbox/raw/master/data/Homo_sapiens_TF.txt", sep = "\t") hs.coTFs <- read.csv("https://github.com/leezx 阅读全文

posted @ 2017-02-15 19:36 Life·Intelligence 阅读(5451) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月14日

表观遗传学

摘要：表观遗传非常重要啊，不能不懂啊，前段时间刚看的一篇Science - 何祖华 - R基因的表观调控控制水稻稻瘟病抗性与水稻产量平衡就是表观调控的典型案例。想想真丢人，博士面试时居然连甲基化的英文单词都不认识！！！如何理解与看待表观遗传学 (Epigenetics) ？ - 好多科普的知识，堪比教科书。 USP7（泛素特异蛋白酶7）通过介导PHF8（组蛋白甲基化酶）的稳定性促进乳腺癌的发生阅读全文

posted @ 2017-02-14 11:43 Life·Intelligence 阅读(703) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月13日

Shiny+SQLite打造轻量级网页应用

摘要：参考： R语言核心技能：交互式展示Shiny 中文 R语言用Shiny包快速搭建交互网页应用 R七种武器之交互化展示包shiny 用R的shiny包写一个基因的ID转换小程序 https://github.com/jmzeng1314/my-R 使用SQLite SQLite - Python python开发_sqlite3_绝对完整_博主推荐阅读全文

posted @ 2017-02-13 18:54 Life·Intelligence 阅读(1098) 评论(0) 推荐(0)

探索gff/gtf格式

摘要：参考： GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "ENSG00000223972"; gene_version "5"; gene_name "DDX1... 阅读全文

posted @ 2017-02-13 17:42 Life·Intelligence 阅读(1862) 评论(0) 推荐(0)

探索Bioconductor数据包

摘要：参考： R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 Bioconductor的数据包library(org.Hs.eg.db)简介阅读全文

posted @ 2017-02-13 15:15 Life·Intelligence 阅读(685) 评论(0) 推荐(0)

2017年2月10日

生物信息Python-从入门到精通？

摘要： Python开发的方向太多了，有机器学习，数据挖掘，网络开发，爬虫等等。其实在生信领域，Python还显现不出绝对的优势，生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的，而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西，而且Python这些年越来越火，发展势头远超其他脚本语言，所以学它肯定是没错的。一、入门标准入门比较难定义，什么程度才算入门呢？ ... 阅读全文

posted @ 2017-02-10 10:44 Life·Intelligence 阅读(23772) 评论(0) 推荐(1)

2017年2月9日

敏感性、特异性（sensitivity and specificity）| 假阳性、假阴性 | FDR | 第一类错误、第二类错误 | ROC | AUC

摘要：这些概念确实很难记忆，长时间不用很容易忘记。此文可以帮你快速回忆起这些概念，同时不涉及任何绕口的专业术语。 1. 记住基本框架，金标准和预测结果，没有这两个概念就没有敏感性和特异性了。以上指标都是用于衡量我们（预测）方法的效果的。考虑两个极端的方面，一、我的诊断/预测方法里的阳性包含了所有的阳性（金阅读全文

posted @ 2017-02-09 16:42 Life·Intelligence 阅读(81037) 评论(0) 推荐(0)

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