Life·Intelligence

2016年12月23日

摘要：非常崇拜谷歌，一直以为里面就是程序员的天堂，里面的领导关系、同事之间的关系、工作自由度都是一流的，结果还是我的幻想，只能说只要有人的地方就不能免俗。虽说下面的评论不一定全部属实，但也能管中窥豹一二。有人的地方就有左中右 - 知乎有人的地方，就会有政治 - 豆瓣来源：腾讯科技链接：http://tech.qq.com/a/20161213/032287.htm#p=1 ... 阅读全文

posted @ 2016-12-23 09:45 Life·Intelligence 阅读(707) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月22日

BLAST - 序列数据库搜索

摘要：我生信入门，老师就要求我学好blast比对，说得也确实是很有道理，是个人都知道比对是最基本的东西，现在再想想那老师的建议，也只能呵呵一笑。北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索，可以好好看看，快速入门。序列数据库搜索 BLAST算法 Basic Local Alignment Search Tool BLAST使用阅读全文

posted @ 2016-12-22 15:10 Life·Intelligence 阅读(598) 评论(0) 推荐(0)

用 python 实现各种排序算法（转）

摘要：常见几种排序的算法：归并排序归并排序也称合并排序，是分治法的典型应用。分治思想是将每个问题分解成个个小问题，将每个小问题解决，然后合并。具体的归并排序就是，将一组无序数按n/2递归分解成只有一个元素的子项，一个元素就是已经排好序的了。然后将这些有序的子元素进行合并。合并的过程就是对两个已经排好序的子序列，先选取两个子序列中最小的元素进行比较，选取两个元素中最小的那个子... 阅读全文

posted @ 2016-12-22 11:16 Life·Intelligence 阅读(509) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月21日

纠错工具之 - Proovread

摘要： BioInf-Wuerzburg/proovread - Github 主要是来解读 proovread 发表的文章，搞清楚它内在的原理。 Proovread，这个工具绝对没有你想的那么简单，它引入了很多局部模型，而且在总体设计上也是很有眼光的。原文：proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through ite... 阅读全文

posted @ 2016-12-21 17:58 Life·Intelligence 阅读(898) 评论(0) 推荐(0)

《生物序列分析》

摘要：确实很好的一本书，如果想了解生信最底层的算法，此书必读。另外，薛宇的一篇推荐本书的博文写的非常可爱搞笑，可以一读： [生信经典教材推荐]：生物序列分析（精选博文）第一章绪论第二章双序列比对第三章 Markov链与隐马尔科夫模型（HMM）第四章采用HMM的双序列比对第五章用于序列家族的列型HMM（Pfam）第六章多序列比对... 阅读全文

posted @ 2016-12-21 16:35 Life·Intelligence 阅读(915) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月20日

比对软件 - 专题

摘要： An illustration of relationships between alignment methods. The applications / corresponding computational restrictions shown are (green) short pairwise alignment / detailed edit model; ... 阅读全文

posted @ 2016-12-20 15:29 Life·Intelligence 阅读(6982) 评论(0) 推荐(0)

高级智能研究计划（IARPA）：大脑皮层建模

摘要：哈哈，看到了一篇我最感兴趣的领域的新闻报导，可以深挖里面的各种细节。 Quanta Magazine: Illuminating Science - 原文出处卡内基·梅隆大学 - Tai Sing Lee 谷歌学术大学官网（真牛逼，论文多，引用率高） Intelligence Advanced Research Projects Activity (IARPA) 高级智能研究计划... 阅读全文

posted @ 2016-12-20 11:05 Life·Intelligence 阅读(1594) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月19日

用单分子测序（single-molecule sequencing）和局部敏感哈希（locality-sensitive hashing）来组装大型基因组

摘要： Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing 好好读读，算法系列的好文章！ Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing - NATUR... 阅读全文

posted @ 2016-12-19 21:35 Life·Intelligence 阅读(905) 评论(0) 推荐(0)

BBC.万物与虚无.Everything.and.Nothing

摘要：这么有意思的纪录片怎么能错过待续~ 阅读全文

posted @ 2016-12-19 17:00 Life·Intelligence 阅读(1003) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月16日

MUMmer 3使用方法

摘要： DNA和核苷酸的快速比对软件包，基于suffix tree 数据结构，快速、图形化、模块可用于其他软件、可进行大基因组比对、多对多基因组比对。 The MUMmer Home Page The MUMmer 3 manual & examples mummer使用 - 文库阅读全文

posted @ 2016-12-16 21:17 Life·Intelligence 阅读(1473) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月15日

Linux & MacOS | Git | Github | 版本控制 | 多人协作

摘要： 2022年08月22日今年开始开发自己的R包了，iterbi，需要频繁用到GitHub。我最常用的函数也都试图封装到iterbi里了，方便自己今后调用。 MacOS就用desktop版本的github，更新非常方便。 Linux就比较麻烦，最近GitHub改了安全验证方法，只能用token了，需阅读全文

posted @ 2016-12-15 15:38 Life·Intelligence 阅读(639) 评论(0) 推荐(0)

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

摘要：想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件： 1-生物信息学：导论与方法北大\10 生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该算法？如何评估算法？生信工... 阅读全文

posted @ 2016-12-15 10:14 Life·Intelligence 阅读(6083) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月14日

如何浏览并管理 Outlook 邮件？

摘要：当你的邮件多起来的时候你就不得不考虑这个问题了，如何处理各种邮件？如何浏览并管理 Outlook 邮件？待续~ 阅读全文

posted @ 2016-12-14 11:26 Life·Intelligence 阅读(358) 评论(0) 推荐(0)

多版本Python管理及Python连接MySQL

摘要： Python有个非常别扭的地方，就是两个不兼容的版本，很尴尬，有的包只能在低版本的2.7上才能运行，比如即将用到的MySQLdb。所以首先必须在系统上安装两个版本的Python（貌似在pycharm可以轻松实现，但我电脑带不动）： windows下多个python版本共存（X） Windows下Python多版本共存（好）没那么复杂，直接把2和3都装上，导入环境变量（现在安装后会自动导... 阅读全文

posted @ 2016-12-14 10:19 Life·Intelligence 阅读(551) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月13日

Sun Grid Engine (SGE)大型集群作业调度系统

摘要： Oracle Grid Engine 作业调度系统的简介（目前为止我用过PBS和SGE） SGE作业调度系统学习笔记 SGE作业调度 USE of Sun Grid Engine（SGE）待续~ 阅读全文

posted @ 2016-12-13 15:59 Life·Intelligence 阅读(3845) 评论(0) 推荐(0)

生物医学专利申请 | US Patent

摘要：值得学习的专利： METHODS OF TREATING CANCER - Amit, Ido (Rehovot, IL) 问题：如何查询某类专利？生物医学哪些工作可以申请专利？国内和国外的专利申请有什么异同？查询专利文献请登录国家知识产权局政府网站，网址：http://www.cnipa. 阅读全文

posted @ 2016-12-13 15:24 Life·Intelligence 阅读(333) 评论(0) 推荐(0)

Hacker Technology

摘要：扒一扒「黑客军团」中用到的黑客工具黑客 (Hacker) - 知乎 nmap - 百科 NMAP - 官网中文翻译 Havij sqlmap 熊猫烧香懒人在思考零基础如何学习 Web 安全？ freebuf 阅读全文

posted @ 2016-12-13 13:51 Life·Intelligence 阅读(262) 评论(0) 推荐(0)

shell中for循环

摘要： shell中for循环总结最常用的就是遍历操作某一类文件，比如批量建索引。注意：for末尾不需要冒号（：），循环的代码块是由do和done来，反引号用来捕获输出，记住shell创建变量时不用\$，而使用变量时则需要加\$。阅读全文

posted @ 2016-12-13 13:29 Life·Intelligence 阅读(754) 评论(0) 推荐(0)

2016年12月12日

NumPy（Numeric Python）使用方法

摘要： NumPy官网参考：《Python数据分析基础教程：NumPy学习指南》用Python做科学计算（好东西） NumPy是python的核心库，是python机器学习编程的最底层的库，不能不会。 Scipy 和 Scikit 老是傻傻分不清，其实很明显 Scipy 前面是Sci是num的继承，而kit则是工具箱，是做机器学习的，全称Scikit-learn。 NumPy的详细教程 ... 阅读全文

posted @ 2016-12-12 23:15 Life·Intelligence 阅读(2069) 评论(0) 推荐(0)

AlphaGo实现原理

摘要： AlphaGo已经打败了李世石9段，如果你也懂它背后的原理，或许某一天你也可以开发出一款AI来打败dota或者LOL的世界冠军。 Mastering the game of Go with deep neural networks and tree search - Nature（中文翻译） Alp 阅读全文

posted @ 2016-12-12 14:51 Life·Intelligence 阅读(974) 评论(0) 推荐(0)

Digital-LI