同源序列比对和进化树的绘制(转)

转自:果子学生信 微信公众号

题目:结合本研究领域,利用核酸(NCBI、EMBL和DDBJ)和蛋白质(SWISSPROT)找出你感兴趣的基因或蛋白质,并找出其同源的基因或者蛋白,分析它们的进化历史

解答:

1.找出感兴趣基因或蛋白的序列

2.找出其同源的基因或蛋白

3.净化分析

如何获取感兴趣的基因(蛋白、miRNA、lncRNA等):1.移植性研究,看文献,移花接木;2.原创性研究,前期芯片和测序的结果,筛选出差异基因;3.数据库挖掘,找别人数据里面潜在的信息;4.合作。

本课程的示例蛋白:APOBEC3A

1.得到上一期课程中查询得到的该蛋白质的序列

>AKE33285.1 APOBEC3A [Homo sapiens]
MEASPASGPRHLMDPHIFTSNFNNGIGRHKTYLCYEVERLDNGTSVKMDQHRGFLHNQAKNLLCGFYGRH
AELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEAL
QMLRDAGAQVSIMTYDEFKHCWDTFVDHQGCPFQPWDGLDEHSQALSGRLRAILQNQGN

2.搜索同源蛋白

1.进入NCBI,使用网页版BLAST工具

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2.选择功能

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3.填写参数,运行

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4.基本解释:从上到下依次是:基本情况、保守区域、图形展示、比对的同源序列和得分、

5.选前30条结果,做多重比对

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6.下载保存

image

3.画出进化树

1.下载安装MEGA

2.convert file to MEGAimage

3.回到主程序,打开刚保存的文件,选蛋白image

4.第一个按钮是序列比对的结果,我们选择image做进化树,选第二个 neighbor joining

5.结果就出来了

image

6.美化结果


附录:

常见的建树方法

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建树的功能

  • 推断基因/蛋白的功能
  • 基因/ 蛋白家族分类
  • 计算基因分化的年代
posted @ 2016-12-23 16:55  Life·Intelligence  阅读(13148)  评论(0编辑  收藏  举报
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