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摘要： 近期，由于项目需求，需要用到贝叶斯定理及其相关知识，于是又系统的学习了一下，顺便做一下笔记。 参考资料： 概率论与数理统计的基础知识，这个PPT讲得非常通俗易懂，复习大学学过的知识 算法杂货铺——分类算法之朴素贝叶斯分类(Naive Bayesian classification) 理论讲的非常详细清楚 朴素贝叶斯的学习与分类 讲的非常精炼，代码用python实现得比较好 代码（非常详细的注... 阅读全文

摘要： 参考链接：数据结构探险之图篇 阅读全文

摘要： 参考链接：数据结构探险之树篇 阅读全文

摘要： 参考链接：数据结构探险之线性表篇 线性表 阅读全文

摘要： 参考链接：数据结构探险—栈篇 学了队列之后，栈就很简单了，换汤不换药。 栈 栈的模型 后进先出（电梯，进制转换，括号的匹配检测） 栈的基本元素 栈顶，栈底（一般很少用到），栈容量，栈长度 注意：栈顶一般指向栈最后一个元素的下一位 标准C++代码 //MyStack.h #pragma once class MyStack { public: M... 阅读全文

摘要： 参考链接：数据结构探险—队列篇 数据结构太重要了，不学好是没法进行软件开发的。 C++写数据结构基本套路：一个.h文件写该数据结构类的接口；一个.cpp文件写接口的具体实现；一个main.cpp用于测试。 队列 队列的模型 想象一下现实生活中的队列，排队先入先出，不允许插队，队头先出，队尾进入。（应 阅读全文

摘要： 索引 1.统计fasta、fa和fastq文件的长度，统计fastq的reads个数，单个reads长度，reads总长度；统计fasta文件中contig的个数，列出名称，单条的长度，以及总长度。 2.1局部组装：创建目录，将比对好的reads按100k为单位，用samtools切，并用awk工具提起reads，分别存放在对应文件夹内 2.2局部组装：用得到的reads_name，去原始的下... 阅读全文

摘要： 学生信，Linux是最最基本的技能，要尽量将自己的工作平台转移到Linux，编程写脚本，这样会极大的提升工作效率，找工作时也不会太怂。Linux所有的任务都是通过命令来完成的，具有高度的统一性。Linux命令多，不可能都会，根据具体需求掌握部分即可。 awk文本处理利器，可以结合for进行批量处理。 阅读全文

摘要： install Bio::SeqIO 或者直接perl -MCPAN -e 'install Excel::Writer::XLSX' 用cpan装不上，编译有问题，尝试用conda，成功安装。 然后还需要导出perllib，让perl能找到指定的pm包。 同时学perl、python和shell脚 阅读全文

摘要： Falcon Falcon: a set of tools for fast aligning long reads for consensus and assembly The Falcon tool kit is a set of simple code collection which I use for studying efficient assembly algorithm f... 阅读全文

摘要： 主页：github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads，从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一组简单的代码集合，我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。 为了提高计算速度，它有一些后台代码是使用C来实现的，为了方便一些简单的前端是用Python编写的。 Falcon不是一... 阅读全文

摘要： 原文链接： http://blog.csdn.net/MoreWindows/article/category/859207 1.冒泡排序 核心思路： 双重循环 外层是进行多少轮，一轮冒泡只能排好一个数，所以有n轮；（这是最好的理解方式） 内层是单次冒泡，冒泡的核心是逐个，相邻元素两两比较，如此，一 阅读全文

摘要： 转自：八大排序算法 - CSDN 概述 排序有内部排序和外部排序，内部排序是数据记录在内存中进行排序，而外部排序是因排序的数据很大，一次不能容纳全部的排序记录，在排序过程中需要访问外存。 我们这里说说八大排序就是内部排序。 当n较大，则应采用时间复杂度为O(nlog2n)的排序方法：快速排序、堆排序或归并排序序。 快速排序：是目前基于比较的内部排序中... 阅读全文

摘要： 来自：Poll的笔记 - 博客园 链接：http://www.cnblogs.com/maybe2030/p/4715035.html 阅读目录 1、顺序查找 2、二分查找 3、插值查找 4、斐波那契查找 5、树表查找 6、分块查找 7、哈希查找 查找是在大量的信息中寻找一个特定的信息元素，在计算机应用中，查找是常用的基本运算，例如编... 阅读全文

摘要： 转自：samtools常用命令详解 samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的... 阅读全文

摘要： 链接：Canu Parameter Reference To get the most up-to-date options, run canu -options The default values below will vary based on the input data type and genome size.(根据输入数据类型和基因组大小决定默认参数) Global ... 阅读全文

摘要： 链接：Canu Tutorial Canu assembles reads from PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION instruments into uniquely-assemblable contigs, unitigs. Canu owes lots of it design and code to celera-assembler. ... 阅读全文

摘要： 链接：Canu FAQ Q: What resources does Canu require for a bacterial genome assembly（细菌基因组组装）? A mammalian（哺乳类） assembly? A: Canu is designed to scale resources（自动测量系统硬件资源） to the system it r... 阅读全文

摘要： 参考：【干货】基因组组装你了解多少？ -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作，其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果，contigN50和scaffoldN50是第一指标，即contig/ scaffoldN50：将contig/scaffold长度从长到短进行排序并累加，当累加和达到contig/scaffold总长度的50%的时候，最后参与加和的那一条... 阅读全文

摘要： Canu Quick Start Canu Quick Start PBcR (老版的canu) CA Canu specializes in（专门从事） assembling PacBio or Oxford Nanopre sequences. Canu will correct the reads, then trim suspicious regions（修剪可疑... 阅读全文