2016年7月4日
Machine Learning - 第5周（Neural Networks: Learning）
摘要： The Neural Network is one of the most powerful learning algorithms (when a linear classifier doesn't work, this is what I usually turn to), and this w 阅读全文
posted @ 2016-07-04 16:57 Life·Intelligence 阅读(626) 评论(0) 推荐(0)
Machine Learning - 第4周（Neural Networks: Representation）
摘要： Neural networks is a model inspired by how the brain works. It is widely used today in many applications: when your phone interprets(解释口译) and underst 阅读全文
posted @ 2016-07-04 16:54 Life·Intelligence 阅读(1334) 评论(0) 推荐(0)
Machine Learning - 第3周（Logistic Regression、Regularization）
摘要： Logistic regression is a method for classifying data into discrete outcomes. For example, we might use logistic regression to classify an email as spa 阅读全文
posted @ 2016-07-04 11:04 Life·Intelligence 阅读(1602) 评论(0) 推荐(0)
2016年7月2日
Octave入门
摘要： Octave/Matlab Tutorial Octave/Matlab Tutorial Basic Operations 你现在已经掌握不少机器学习知识了 在这段视频中 我将教你一种编程语言 Octave语言 你能够用它来非常迅速地 实现这门课中我们已经学过 或者将要学的 机器学习算法 过去我一 阅读全文
posted @ 2016-07-02 11:38 Life·Intelligence 阅读(53650) 评论(0) 推荐(9)
2016年7月1日
项目二：使用机器学习（SVM）进行基因预测
摘要： SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines（本项目所用到的SVM包）（目前最新版：libsvm-3.21，2016年7月8日） C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-sup 阅读全文
posted @ 2016-07-01 10:41 Life·Intelligence 阅读(4758) 评论(0) 推荐(0)
2016年6月30日
文章列表
摘要： 项目实战 项目一：使用二代测序数据进行基因组组装（局部组装） 项目二：使用机器学习（SVM）进行基因预测 libsvm-3.21使用文档 Libsvm：脚本（easy.py、grid.py、subset.py、checkdata.py） | MATLAB/OCTAVE interface | Pyt 阅读全文
posted @ 2016-06-30 20:24 Life·Intelligence 阅读(333) 评论(0) 推荐(0)
2016年6月29日
Weka 3: Data Mining Software in Java
摘要： 官方网站： Weka 3: Data Mining Software in Java 相关使用方法博客 WEKA使用教程(经典教程转载) （实例数据：bank-data.csv） Weka初步一、二、三、四 使用Weka进行数据挖掘 一个小时速度入门数据挖掘WEKA（一个完整的小例子） 百度文库 W 阅读全文
posted @ 2016-06-29 23:43 Life·Intelligence 阅读(858) 评论(0) 推荐(0)
Machine Learning – 第2周（Linear Regression with Multiple Variables、Octave/Matlab Tutorial）
摘要： Machine Learning – Coursera Octave for Microsoft Windows GNU Octave官网 GNU Octave帮助文档 （有900页的pdf版本） Octave 4.0.0 安装 win7（文库） Octave学习笔记（文库） octave入门（文库 阅读全文
posted @ 2016-06-29 01:31 Life·Intelligence 阅读(1352) 评论(0) 推荐(2)
2016年6月27日
Machine Learning – 第1周 - 课程材料
摘要： 课前问题： 思考我们日常生活中的ML是如何运作的，如Google page ranking、苹果相册里如何识别出人脸、邮件里的垃圾邮件识别、NLP、推荐系统 原理层面上，ML与传统编程的最大区别是什么？学习的哲学意义是什么？data/knowledge、train/punish、model/pred 阅读全文
posted @ 2016-06-27 13:33 Life·Intelligence 阅读(1046) 评论(0) 推荐(0)
2016年6月26日
Perl 语法 - 高级特性
摘要： 总结： 第9学时 其他函数和运算符 一件事情可以使用多种方法完成。 有哪些其他的函数和运算符？ index（）、rindex（）、substr（）、tr///、printf（）、堆栈：push（）、pop（）、shift（）、unshift（）。splice（）。 本节主要内容： 如何在一个标量中搜 阅读全文
posted @ 2016-06-26 02:16 Life·Intelligence 阅读(816) 评论(0) 推荐(0)
2016年6月24日
必读文献
摘要： 基因组组装 （四倍体陆地棉基因组 - 南农&诺禾 – Illumina2000 – PE100 – 245X - SOAPdenovo组装 – 17w BAC - 遗传图谱）Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. 阅读全文
posted @ 2016-06-24 10:35 Life·Intelligence 阅读(518) 评论(0) 推荐(1)
2016年6月22日
Perl 语法 - 基础
摘要： perl语言的核心是正则表达式，在文本处理上非常有优势，与python类似，但语法不同，perl的语法很灵活，用多了才会觉得好用。 常用知识点总结： perl语法类似于C语言（perl源于Unix），语句由逗号划分，代码层次使用花括号{}划分，但是不必声明变量类型； 标量变量（$name），数组（@ 阅读全文
posted @ 2016-06-22 16:51 Life·Intelligence 阅读(16151) 评论(0) 推荐(0)
基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
摘要： SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的de novo草图。 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads，新的版本减少了在图创建时的内存消耗，解决了contig组装时的重复区域的问题，增加了scaffold组装时的覆盖度和长 阅读全文
posted @ 2016-06-22 11:01 Life·Intelligence 阅读(13252) 评论(0) 推荐(2)
2016年6月21日
三代测序文章
摘要： Long-read sequence assembly of the gorilla genome http://science.sciencemag.org/content/352/6281/aae0344 Insights into hominid evolution from the gori 阅读全文
posted @ 2016-06-21 14:30 Life·Intelligence 阅读(1224) 评论(0) 推荐(0)
可视化工具之 IGV 使用方法
摘要： 整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。IGV这个工具很牛，发了NB： James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Win 阅读全文
posted @ 2016-06-21 14:17 Life·Intelligence 阅读(91807) 评论(0) 推荐(2)
SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法
摘要： 参考资料: SAMtools（官网） SAM Spec v1.4 （SAM格式 说明书） （重要） samtools-1.3.1 使用手册 （SAMtools软件说明书） samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义（博耘生物） samtools使用方法（plob） 这个学习急不来，而且比对非常重要，先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`... 阅读全文
posted @ 2016-06-21 13:47 Life·Intelligence 阅读(9987) 评论(0) 推荐(0)
2016年6月20日
比对工具之 BWA 使用方法
摘要： BWA算法简介： BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装： BWA使用步骤： 具体命令： 核心命令及其参数 注意：我们暂时还没有使用到对比对结果有影响的参数，目前所有的参数都是固定的。 参考资料： BWA官方网站 NGS生物信息分析 V4.2 Manual Referen 阅读全文
posted @ 2016-06-20 18:59 Life·Intelligence 阅读(20396) 评论(0) 推荐(0)
项目一：使用二代测序数据进行基因组组装（局部组装）
摘要： 项目数据： kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz （100X）（19G） kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz （100X）（20G） Y255_PCRfree_.TCCGC_L005_R 阅读全文
posted @ 2016-06-20 18:39 Life·Intelligence 阅读(6197) 评论(0) 推荐(0)
Linux 打包和压缩 方法详解
摘要： 一般基因组的数据都非常大，所以都会 打包 压缩 后进行传输，拿到数据后的第一步必然就是要 解包 和 解压缩。 基本常识 首先要弄清两个概念：打包 和 压缩。 打包 是指将一大堆文件或目录变成一个总的文件； 压缩 则是将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件。 Linux中很多压缩程序只能针对一个 阅读全文
posted @ 2016-06-20 13:10 Life·Intelligence 阅读(655) 评论(0) 推荐(0)
python学习笔记
摘要： 廖雪峰python教程 如何直接运行py程序？ python 中 print（）函数的设置细节？ python如何从键盘输入数据? 如何将notepad++中的Tab设置为4个空格? 设置 => 首选项 =>制表符设置 怎么设置强行不转义? python中变量赋值的结果? 字符编码的基本知识? 如何 阅读全文
posted @ 2016-06-20 01:30 Life·Intelligence 阅读(542) 评论(0) 推荐(0)
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