摘要：
2023年10月22日 WB很少用定量分析，因为系统误差都能达到10-30%，所以band的差异需要非常明显才行。 那如果你的蛋白含量非常微弱怎么办？ 单独incubate primary antibody，直到能看到清晰条带，不要跟GAPDH混在一起； 提升上样量，提升抗体浓度，增加抗体孵化时间， 阅读全文
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2023年11月08日 用TCGA的数据做了一个genome-wide的GSEA分析 Guide to ggmanh Package library(ggmanh) library(SeqArray) 只需要把gene转化为chr和position即可 hg38.anno <- read.csv(" 阅读全文
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2023年10月06日 准备做JARID2的reporter和dTAG，需要引物来确定产物。 找到stop codon view - DNA - get DNA （-350，+350） https://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3 阅读全文
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参考前篇：PCR | qPCR | RT-PCR 的原理及应用 | tidyqpcr 数据分析 There is no difference a Ct means cycle threshold, Cq quantification cycle. Ct and Cq are the same. Bu 阅读全文
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JARID2有三个主要的isoform，NB的可以检测出三个，特异性不够。 于是我又花了300刀订购了一个新的特异性的antibody，JARID2 (D6M9X) Rabbit mAb #13594。 A novel form of JARID2 is required for different 阅读全文
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目的：对我们的单细胞多组学数据作此分析，看那个de-diff的TF的敲除能够逆转分化方向。 科研永远是追新者的天堂，不解释。 tutorial：Tutorial - Read the Docs https://github.com/morris-lab/CellOracle Dissecting c 阅读全文
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代码参考：/home/zz950/projects/cut_run/HDAC-b2/pipeline/GSEA_BETA_integration 写在前面： 在获得同一个样本多种测序数据后，一个自然的目标就是整合，general的问题就是：表观是如何影响转录的？ 基本的数据种类： TF bindin 阅读全文
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2023年05月17日 cut&run call出了太多的peak，大概6w个，但TF的丰度不如Histone mark，所以这些peak的质量是会被人质疑的。虽然我是把replicate合在一起call的，理论上的peak是更靠谱的，但到IGV里可视化时效果就没那么好了，除非你把bigwig文件合 阅读全文
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2023年08月03日 昨天正式宣告我的克隆成功，提取出来的质粒浓度最高可达15000，最低也有2000，而且已经经过Sanger测序的确认。 核心点就是：1. 磷酸化的oligos不要稀释；2. digested的Plasmid需要500ng； 其他的按部就班就行，非常简答。 2023年07月28 阅读全文
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以中心法则为基础，操纵基因的表达，从而达到机制的探索和药物的开发。 目前手段非常之丰富 doxycycline inducible overexpression systems - 条件性基因过表达技术 参考： 针不戳！基因表达调控看完这篇就懂了 过表达都是相似的，敲除的方法却很多 科学家如何操纵基 阅读全文
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以前一直没有条件，曾一度想自己买个显卡搞DL，但没有时间，也没有支持，最后就不了了之了。 无论是NGS的genetics，还是NGS的single-cell，DL都是大有可为的，最近出现的chatgpt更是确信了这一点。 未来Deep learning将会成为生信的标准工具，这是大势所趋，不可阻挡。 阅读全文
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在我申请之前（6-8月），合作就已经开始了，估计是2022年1月，Cliff（Shirley组）在开发MIRA，已经到投稿阶段，而Nialy也已经在测序multi-omics了，就差人分析了。 multi-omics看似就是多了个ATAC-seq，但复杂度最少比单纯的RNA-seq多了5倍，Alle 阅读全文
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2023年01月12日 注意：要用conda进入r4p3进行开发。 发现了pkgdown可能更适配R包，而readthedocs则适合shell和Python。 用pkgdown来开发R包的网站，非常方便。 https://pkgdown.r-lib.org/ 用pkgdown为R程序包建立网站 准 阅读全文
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2023年01月19日 如何下载mm10的MT的SNP数据？ https://www.informatics.jax.org/snp - 这个没有mm10（GRCm38）的，只有GRCm39（mm39） Mouse Genomes Project: https://www.mousegenomes. 阅读全文
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We quantified this time dependent increase in basal-luminal mixing using entropy of cell-type probabilities, which robustly agrees with our per-sample 阅读全文
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2023年01月28日 Moreover, genomics often cannot distinguish “passenger” mutations from “drivers” that promote tumorigenesis and might be therapeutic targe 阅读全文
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除了刚接触10x的那会儿，还真没怎么亲自倒腾过fastq的制作。 正常从测序商那里拿到的应该是bcl的原始数据，需要自己做一步bcl2fastq。 后面大家都觉得这一步太麻烦了，没必要，所以大部分测序商也就自己做了。 这也是对的，生信分析的起点是fastq，不应该是bcl，数据保存的最原始格式也应该 阅读全文
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有的包在升级后函数和API就完全变了，甚至删除了一切原来的功能函数，这导致后面分析数据非常的畸形。 但没办法，接下了这样的项目，含着泪也得做出点东西出来，于是我就想同时把两个包装上。 python是肯定不行的，网上有一些教程，但都不能正常工作。 于是曲线救国，那我就把包下载到本地，然后用sublim 阅读全文
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transcription factor perturbation gene-sets 目的比较直接：我有个DEG基因集，我想要知道那个TF最有可能调控这个基因集。 Transcription factor perturbation gene ontology analysis (EnrichR) 阅读全文
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2023年08月28日 从我第一次接触motif分析开始，就意识到motif数据库的不完善，那么多的已知的TF，有较为明确motif的却不到一半，已知的部分质量也不高。 而motif其实至关重要，它是Protein与DNA互作的pattern和证据，蛋白与DNA的互作也决定了基因的转录，染色质的表观 阅读全文