Life·Intelligence

2016年6月18日

摘要： Python的独特语法：不使用分号结束语句，而是回车；通过代码缩进来区分代码块； if、while、for等，都不用括号，但不能没有冒号（：）。如何将一行命令分为多行？ 4.1 条件语句和循环语句如何使用if、elif和else进行比较？如何连接条件表达式？ python中没有！、&& 和阅读全文

posted @ 2016-06-18 15:30 Life·Intelligence 阅读(668) 评论(0) 推荐(0)

第二章 Python基本元素：数字、字符串和变量

摘要： Python有哪些内置的数据类型： True False #布尔型 42 100000000 #整型 3.14159 1.0e8 #浮点型 abcdes #字符串 2.1 变量、名字和对象 python中统一的形式是什么？对象，所有的对象都是以对象的形式存在。如何知道一个对象的类型？ type（）语... 阅读全文

posted @ 2016-06-18 00:39 Life·Intelligence 阅读(402) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月17日

The Daligner Overlap Library

posted @ 2016-06-17 10:28 Life·Intelligence 阅读(509) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月16日

第三章 Python容器：列表、元组、字典与集合

摘要：数据结构的分类依据？基本的“数组”在python中是列表，数据结构的作用？容器，盛放数据，是由原子组成的分子。可以将一群数据进行整合、拆分、重排。 3.2 列表列表是啥？顺序表，可以同时存放任意类型数据，可变。如何创建列表？3种方式，[ ]，list（）、列表推导。额外阅读：Python 列阅读全文

posted @ 2016-06-16 23:54 Life·Intelligence 阅读(2337) 评论(0) 推荐(0)

基因组组装算法

摘要：目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（Celera Assembler、PBcR），de Bruijn Graph（SOAPdenovo ）和 String Graph（Falcon）。相关文献基于De Bruijn图的宏基因组序列组装算法研究（CNKI）对基因组组装算法的分析和研究（CNKI）基于De Br... 阅读全文

posted @ 2016-06-16 10:38 Life·Intelligence 阅读(23149) 评论(0) 推荐(4)

Linux里设置环境变量的方法（export PATH）

摘要： 1.动态库路径的设置 Linux下调用动态库和windows不一样.linux 可执行程序是靠配置文件去读取路径的,因此有些时候需要设置路径具体操作如下 export LD_LIBRARY_PATH=/home/.....(动态库的目录) 不过这种设置方法只是在当前的session中有效你可以修阅读全文

posted @ 2016-06-16 09:48 Life·Intelligence 阅读(193734) 评论(0) 推荐(4)

Linux安装多个Python版本

摘要：服务器上的Python版本太老了，需要安装一个新的Python版本，才能跑我的代码。因为环境的需要，但是又不能卸载老的版本，所以安装一个新的，使用软链来进行升级。使用系统自带的yum，apt-get之类的软件那肯定是没办法安装了，需要重源码编译安装。下载Python源码从http://www. 阅读全文

posted @ 2016-06-16 09:03 Life·Intelligence 阅读(2691) 评论(0) 推荐(1)

perl中->和=>作用

摘要： -> 用法 -> 有两种用法，都和解引用有关。第一种用法，就是解引用。根据 -> 后面跟的符号的不同，解不同类型的引用， ->[] 表示解数组引用，->{} 表示解散列引用，->() 表示解子程序引用。例子： $arr_ref = /@array; $arr_ref->[0] 访问数组 @ar 阅读全文

posted @ 2016-06-16 01:32 Life·Intelligence 阅读(4288) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月15日

基因组 de novo 组装原理

摘要： Falcon软件的组装流程几个解释： sub-reads是啥？为什么要进行错误校正？校正的原理是什么？length_cutoff和length_cutoff_pre分别是什么意思，为什么要设置这两个参数？ sub-reads就是机器出来的reads经过处理后的子reads，方便软件处理；因为第三阅读全文

posted @ 2016-06-15 23:40 Life·Intelligence 阅读(2180) 评论(0) 推荐(0)

2016-6-15-de novo文献阅读

摘要：准备读四篇denovo的文献： 1. Nature Biotechnology(2015) "Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM 1) provides a resource for fiber imp 阅读全文

posted @ 2016-06-15 15:16 Life·Intelligence 阅读(764) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月12日

基因组组装流程

摘要： 1. 前期准备背景信息： GC含量和 GC分布基因组重复程度基因组大小估计杂合情况最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息，尤其是GC含量以及对应的GC分布，重复程度。 2. 测序策略根据基因组大小和具体情况选择个大概的 k值，根据“测序X数推导说明.pd 阅读全文

posted @ 2016-06-12 15:05 Life·Intelligence 阅读(21733) 评论(0) 推荐(2)

De novo 测序基础知识

摘要：名词解释 De novo ：拉丁文，从头开始的意思，de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序，然后将测得的序列进行拼接、组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。重测序概念：重测序是全基因组重新测序的简称，是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并阅读全文

posted @ 2016-06-12 14:23 Life·Intelligence 阅读(25361) 评论(0) 推荐(3)

PacBio长reads的大基因组组装

摘要：原文链接： "Large Genome Assembly with PacBio Long Reads" 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。你可以用几种不同的方法: 1. PacBio only de novo 组装。long insert l 阅读全文

posted @ 2016-06-12 13:17 Life·Intelligence 阅读(5881) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月9日

graph-tool 练习

摘要：如何使用graph tool模块，如何导入？如何使用graph，使用其算法？如何使用Boost Graph库，安装，测试？ 1 创建和操纵图如何创建空图？如何精准的创建有向图和无向图？如何切换有向和无向？如何查询图的有向和无向属性？如何通过一个已有的图创建新图？如何添加顶点？如何创建阅读全文

posted @ 2016-06-09 23:19 Life·Intelligence 阅读(981) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月8日

graph_tool源码及其注释

posted @ 2016-06-08 21:34 Life·Intelligence 阅读(931) 评论(0) 推荐(0)

2016年6月7日

快速开始使用Graph-tool - gt文件格式

摘要： gt文件格式 gt文件格式是一种简单的二进制格式，用来存储graph tool的图实例，以一个紧凑和快速的方式，包括了库支持所有类型的属性映射。它是graphml格式（基于文本）的另一种选择，graphml用来处理非常大的图时，其 I / O 可能变得非常耗费时间和空间。这里我们详细描述了gt的阅读全文

posted @ 2016-06-07 22:57 Life·Intelligence 阅读(2303) 评论(0) 推荐(0)

graph-tool文档（一）- 快速开始使用Graph-tool - 3.图的过滤

摘要：目录：图的过滤图视图组合图视图名词解释： filter：过滤 mask：屏蔽 inverted parameter：倒参数 overhead：开销 minimum spanning tree：最小生成树 betweenness centrality： GraphView：一个类 regula 阅读全文

posted @ 2016-06-07 22:04 Life·Intelligence 阅读(980) 评论(0) 推荐(1)

graph-tool文档（一）- 快速开始使用Graph-tool - 2.属性映射、图的IO和Price网络

摘要：目录：属性映射内部属性映射图的I/O 构建一个 Price网络（例）名词解释： Property maps：属性映射 PropertyMap：一个类 scalar value types：标量值类型 pickle module： scale free graph：属性映射属性映射是一种将阅读全文

posted @ 2016-06-07 20:49 Life·Intelligence 阅读(1618) 评论(0) 推荐(1)

graph-tool文档（一）- 快速开始使用Graph-tool - 1.创建和操纵图

摘要：目录：快速开始使用graph tool 创建和操纵图遍历顶点和边遍历所有顶点或边遍历一个顶点的 neighbourhood 名词解释： instante：实例 directed ：有向；undirected：无向 on the fly：动态 property maps：属性映射 vert 阅读全文

posted @ 2016-06-07 16:17 Life·Intelligence 阅读(4067) 评论(0) 推荐(1)

2016年6月6日

Graph-tool简介 - wiki

摘要： graph tool is a Python module for manipulation and statistical analysis of graphs[disambiguation needed] (a.k.a. networks). graph tool是一个操作和统计分析图表的Pyt 阅读全文

posted @ 2016-06-06 21:49 Life·Intelligence 阅读(1277) 评论(0) 推荐(0)

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