随笔列表第10页 - Life·Intelligence

2021年3月1日

摘要：目录 3C简介技术类型及区别数据下载基本应用 3C简介核心理念就是把真核细胞核里的DNA三维折叠结构给测序出来，一个最经典的模型就是远距离enhancer可以促进转录。真核生物细胞核中的染色质通过折叠成高度动态、复杂的高级结构，调控基因的转录、复制，以及损伤修复等重要功能。理解染色质在细胞阅读全文

posted @ 2021-03-01 17:12 Life·Intelligence 阅读(3327) 评论(0) 推荐(0)

Genomic predictors | variant to gene | 变异的基因注释

摘要：这在drug target的分析上应用广泛，GWAS最终发现的只是SNP而已，而drug的target却是具体的基因，Genomic predictors就是用来填补这个坑的。参考2019年的NG，看别人是如何处理的。【idea大家早就有了】 nGene eGene cGene VEP web t 阅读全文

posted @ 2021-03-01 15:49 Life·Intelligence 阅读(296) 评论(0) 推荐(0)

摘要： 2023年03月13日没想到还能继续RNA splicing的分析，之前确实做了一些分析，但都是跑流程，结果分析有很大漏洞，最核心的就是没有对整体丰度做校正，L-HSCR本身就有更多的splicing。这在毕业答辩的时候被看出来了，但要修改已经来不及了。又接触了几个其他的sc call spl 阅读全文

posted @ 2021-03-01 02:10 Life·Intelligence 阅读(3963) 评论(0) 推荐(0)

2021年2月26日

药物数据库 | DrugBank | Therapeutic target database

摘要：这些数据库的核心比较明了，就是drug和gene的对应关系，然后就是drug的一些注释信息。 DrugBank Release Version 5.1.8 Protein identifiers Drug Target Identifiers Therapeutic target database 阅读全文

posted @ 2021-02-26 14:25 Life·Intelligence 阅读(1879) 评论(0) 推荐(0)

2021年2月25日

colocalisation | GWAS and eQTL signals

摘要：属于GWAS下游比较时髦的一个分析，就是用来结合某个region的GWAS和eQTL数据来找最causal的eQTL。【不局限】 a novel statistical methodology to assess whether two association signals are consist 阅读全文

posted @ 2021-02-25 13:40 Life·Intelligence 阅读(999) 评论(0) 推荐(0)

2021年2月24日

（转）蒲慕明院士：应从实用出发做科学，早期成就对年轻人很重要，一定要把起步的第一件科研工作做成功

摘要：中国科学院科研大匠 https://mp.weixin.qq.com/s/j6poVRLCC95tLSjEyM2E5g 从实用出发是中国将来科学发展的重要方向《瞭望》：中国脑计划是如何布局的？蒲慕明：人脑因其复杂性被很多人称为是“内在的宇宙”，脑科学已成为科学前沿的必争之地。过去几年里，全世阅读全文

posted @ 2021-02-24 16:50 Life·Intelligence 阅读(268) 评论(0) 推荐(0)

摘要：这些包的重要性不必多言，以前没有深度总结过，每次要用的时候都得查教程。名字由来：d代表dataframe - plyr是英文钳子plier的谐音 dplyr dplyr常用函数【最常用的也就是group_by和summarise配合使用了，其他的普通代码都能实现】 arrange arrange( 阅读全文

posted @ 2021-02-24 16:16 Life·Intelligence 阅读(738) 评论(0) 推荐(0)

2021年2月4日

发表级ggplot绘图流程和技巧 | 论文发表

摘要： 2025年07月09日 tmp.p <- plotPCA(rld, intgroup = "media") GPT：ggplot的图被纵向压缩了，我如何调整图像的height？ options(repr.plot.width=6, repr.plot.height=6) PCA.list[[1]] 阅读全文

posted @ 2021-02-04 18:41 Life·Intelligence 阅读(2773) 评论(0) 推荐(0)

2021年1月27日

摘要：一图胜千言 Characterizing cis-regulatory elements using single-cell epigenomics - 2022 2022-06-15 最近在写HDAC1和EZH2的discussion，需要深入到表观数据的分析。 DC就是deacetylation 阅读全文

posted @ 2021-01-27 18:26 Life·Intelligence 阅读(1705) 评论(0) 推荐(0)

2021年1月21日

Ensembl Variant Effect Predictor (VEP) | 变异注释工具

摘要： https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html https://github.com/Ensembl/ensembl-vep 输入一些variant的名字，出来一些注释结果。注释结果： #Uploaded_variation Loca 阅读全文

posted @ 2021-01-21 22:11 Life·Intelligence 阅读(5102) 评论(0) 推荐(0)

MAGMA | gene analysis and generalized gene-set analysis of GWAS data

摘要：基于GWAS的分析结果做基因集富集分析。基本代码： # download sumstats file from https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics # download NCBI37 and g1000_eur from https:// 阅读全文

posted @ 2021-01-21 17:16 Life·Intelligence 阅读(789) 评论(0) 推荐(0)

2021年1月12日

收藏链接 | 常用小工具

摘要： 10x下游分析，比如splicing Converting 10x Genomics BAM Files to FASTQ 下载其专用工具：https://github.com/10XGenomics/bamtofastq/releases 还可以指定locus，精准分析，缺点就是无法保留barco 阅读全文

posted @ 2021-01-12 23:10 Life·Intelligence 阅读(567) 评论(0) 推荐(0)

RNA velocity | RNA速率 | velocyto教程

摘要： 2023年10月18日补全最后一个WT1的velocity数据: http://172.24.136.119:8888/notebooks/scPipeline/velocity/VelocityBasics-ApcKO.ipynb # for scMulti-omics data # do be 阅读全文

posted @ 2021-01-12 16:57 Life·Intelligence 阅读(5348) 评论(0) 推荐(0)

2021年1月7日

绘图技巧 - 火山图 | volcano plot

摘要：标签：RNA-seq；基因表达一个非常常见的图种，用于表示两组数据基因表达差异的图，通常横纵坐标分别为 Log2FC 和 P-value。画出来并不难美化稍微有点难度：标注重要的点，点的颜色、形状、图层顺序。基本数据准备：带log2FC和P-value的dataframe 需要标注的数据点阅读全文

posted @ 2021-01-07 16:19 Life·Intelligence 阅读(1484) 评论(0) 推荐(0)

2021年1月6日

Prognosis (预后) | Prognostic | Diagnostic | Therapeutic marker

摘要： 2023年01月28日如何区分这三种标志物marker？【标记可以是很多种：生物、生化、分子】 1. 最好理解的就是治疗Therapeutic marker，就是药物靶点，能在不同疾病模型里rescue phenotype的都算； 2. 其次就是诊断Diagnostic marker，正常诊断不会阅读全文

posted @ 2021-01-06 20:08 Life·Intelligence 阅读(1102) 评论(0) 推荐(0)

2020年12月2日

变异的一生 | all about variant

摘要：目录变异的意义变异的分类突变的类型变异对生命活动的影响研究得较为透彻的一些变异变异的未来研究趋势做生物医学的，但凡视野宽一点就离不开变异，也离不开下游功能验证，这对于做传统遗传病的和最前沿癌症的工作者而言都一样。变异的意义多样性、自然选择、进化，以及不可避免的变异积累导致癌症。下面阅读全文

posted @ 2020-12-02 17:56 Life·Intelligence 阅读(2011) 评论(0) 推荐(1)

2020年10月14日

摘要：药物靶点是能够与特定药物特异性结合并产生治疗疾病作用或调节生理功能作用的生物大分子或生物分子结构；对物质的结构产生生物效应，在复杂调节过程或作为通路中具有主导作用；病理条件下对物质的表达、活性、结构或特性可以发生改变。简单点说，就是通过单个抗体与靶点结合，能有效的抑制或者治疗某种疾病。目前单抗靶阅读全文

posted @ 2020-10-14 21:44 Life·Intelligence 阅读(1039) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月6日

EZH2 | Ezh2 | 组蛋白甲基化酶/组蛋白甲基转移酶 | 关键调控因子

摘要：以Ezh2为例，彻底搞明白一个调控因子regulator的调控原理。这个是一个非常典型的调控因子，广泛涉及了epigenome, regulatome and transcriptome，这里还会加入miRNA，一旦把这个搞清楚了将会受益无穷。 Polycomb-group proteins Po 阅读全文

posted @ 2020-10-06 00:49 Life·Intelligence 阅读(8367) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月4日

宇宙微波背景辐射 | 著名实验

摘要：先说结论：除了哈勃红移，宇宙微波背景辐射直接让宇宙大爆炸理论从假设变成了公理。核心图表：1975年，古老宇宙发射出的微波，对应一个温度为2.73K的黑体。图表解读：2008，WMAP，球面图，温度差异2.73 ± 10-5K，可见这个分布非常均匀。宇宙诞生37.9万年发射出的第一批光子，换算回去阅读全文

posted @ 2020-10-04 22:15 Life·Intelligence 阅读(1064) 评论(0) 推荐(0)

2020年10月3日

哈勃红移 | 著名实验

摘要：开一个专门的标签，著名实验，主要科普一些非常solid的著名的实验，以这些实验为素材的思考将会非常可靠【不至于走偏太远】。先说结论：哈勃红移是宇宙大爆炸和宇宙膨胀的直接证据，所有的行星都在离我们远去。大爆炸理论最早也最直接的观测证据包括从星系红移观测到的哈勃膨胀、对宇宙微波背景辐射的精细测量、宇阅读全文

posted @ 2020-10-03 23:43 Life·Intelligence 阅读(1951) 评论(0) 推荐(0)

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