Genomic predictors | variant to gene | 变异的基因注释

这在drug target的分析上应用广泛,GWAS最终发现的只是SNP而已,而drug的target却是具体的基因,Genomic predictors就是用来填补这个坑的。

参考2019年的NG,看别人是如何处理的。【idea大家早就有了】

 

nGene

eGene

cGene

 

VEP web tool能得到大部分靠谱的nGene,这部分基本是coding region或者上下游附近的区域;

eQTL能得到TSS附近50kbp的eGene;

cGene主要是为了fancy,也是未来大势所趋,3D genome。

 

这个功能完全可以做成一个tool,以后输入一些SNP set,就可以出来具体的对应的基因,分三列存储。

eQTL和3D genome有一定的tissue specificity,基本数据集需要更换。

 

目前nGene和eGene大致完成了,cGene暂时还不知道怎么搞。

 

待续~

 

posted @ 2021-03-01 15:49  Life·Intelligence  阅读(40)  评论(0编辑  收藏
TOP