计算之道

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2022年3月9日

摘要: fedora软件版本内核版本最新,使用dnf包管理器管理软件。centos和红帽rhel是一样的,不求最新只求稳定。唯一的区别是centos不包含红帽的商业软件。 Fedora 是主要项目,它是一个基于社区的免费发行版,专注于快速发布新特性和功能。RHEL(红帽企业Linux)是基于该项目进展的企业 阅读全文
posted @ 2022-03-09 08:43 计算之道 阅读(799) 评论(0) 推荐(0)

2022年3月8日

摘要: 一 x86、x86_64、AMD64 x86是指intel的开发的一种32位指令集,从386开始时代开始的,一直沿用至今,是一种cisc指令集,所有intel早期的cpu,amd早期的cpu都支持这种指令集,ntel官方文档里面称为“IA-32” x84_64是x86 CPU开始迈向64位的时候,有 阅读全文
posted @ 2022-03-08 09:11 计算之道 阅读(812) 评论(0) 推荐(0)

2022年1月4日

摘要: 2024.1.28更新:主要对红色部分进行了更新。以避免当xyz坐标的数值连在一起时,使用split函数会导致index的数量不确定,进而造成后续提取元素超出index。 #python3 for add ACENME#ruichaomao,2022.1.4pro_list = ['ALA','AR 阅读全文
posted @ 2022-01-04 23:12 计算之道 阅读(394) 评论(0) 推荐(0)

2021年12月28日

摘要: https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/index.php 这部分主要学习如何限制键长键角二面角。 施加限制的prod.in文件如下: hold-npt &cntrl imin=0,irest=1,ntx=5, nstlim=50000000 阅读全文
posted @ 2021-12-28 11:17 计算之道 阅读(87) 评论(0) 推荐(0)

2021年12月24日

摘要: Metal Ion Modeling Tutorial 包含了Bonded Model,Nonbonded Model以及Cationic Dummy Atom Model 其中Bonded Model包含了两种方法,一种是MCPB;另一种是它的python版本MCPB.py,其优化了工作流,并使用 阅读全文
posted @ 2021-12-24 09:15 计算之道 阅读(1034) 评论(0) 推荐(0)

2021年12月21日

摘要: 生物信息学分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化:Jcat 核酸翻译为蛋白:Translate 序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比对的作图:ESPript, Jalview 蛋白质家族搜索:Tigr,pfam 引物设计的质量:MF 阅读全文
posted @ 2021-12-21 09:47 计算之道 阅读(748) 评论(0) 推荐(0)

2021年11月18日

摘要: 2022.11.24更新:使用MMPBSA计算(小分子) 和 (蛋白+其它小分子)的结合自由能 MMPBSA是可以做的,实践上发现只能使用MMPBSA.py,或者MMPBA.py.MPI调用一个线程,不能并行。 例子:计算泛醇分子从LH1中解离后,在膜内的结合自由能。如果使用常规的MMPBSA,即只 阅读全文
posted @ 2021-11-18 20:28 计算之道 阅读(2605) 评论(1) 推荐(0)

2021年10月22日

摘要: 2023.10.7 问题描述2: 使用ubuntu22.04连接向日葵,无论是远程还是被远程,都会出现界面卡住不动的情况,点击鼠标和按键都没用。 解决: 打开系统登录界面,因为系统默认使用Wayland,所以我们将选项切换为“Ubuntu on Xorg”,登录系统后即可正常使用向日葵个人版的远程服 阅读全文
posted @ 2021-10-22 12:19 计算之道 阅读(3870) 评论(0) 推荐(0)

摘要: 默认的Ubuntu 18.04系统在登陆界面上是不支持root用户直接登录的,但是你可以使用下面的方法让Ubuntu 18.04也支持root登录,其他类似的版本参考在Ubuntu Kylin 18.10系统中使用root用户登陆的方法。通常情况下,在Ubuntu 18.04中的普通用户只能通过运行 阅读全文
posted @ 2021-10-22 11:16 计算之道 阅读(736) 评论(0) 推荐(0)

2021年7月11日

摘要: 将不同的文件分配到不同文件夹 阅读全文
posted @ 2021-07-11 20:44 计算之道 阅读(69) 评论(0) 推荐(0)

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