计算之道 - 博客园

公告

2022年3月9日

摘要： fedora软件版本内核版本最新，使用dnf包管理器管理软件。centos和红帽rhel是一样的，不求最新只求稳定。唯一的区别是centos不包含红帽的商业软件。 Fedora 是主要项目，它是一个基于社区的免费发行版，专注于快速发布新特性和功能。RHEL（红帽企业Linux）是基于该项目进展的企业阅读全文

posted @ 2022-03-09 08:43 计算之道阅读(799) 评论(0) 推荐(0)

2022年3月8日

linux版本信息以及x86与x86_64的区别

摘要：一 x86、x86_64、AMD64 x86是指intel的开发的一种32位指令集，从386开始时代开始的，一直沿用至今，是一种cisc指令集，所有intel早期的cpu，amd早期的cpu都支持这种指令集，ntel官方文档里面称为“IA-32” x84_64是x86 CPU开始迈向64位的时候，有阅读全文

posted @ 2022-03-08 09:11 计算之道阅读(812) 评论(0) 推荐(0)

2022年1月4日

蛋白添加ACE，NME

摘要： 2024.1.28更新：主要对红色部分进行了更新。以避免当xyz坐标的数值连在一起时，使用split函数会导致index的数量不确定，进而造成后续提取元素超出index。 #python3 for add ACENME#ruichaomao,2022.1.4pro_list = ['ALA','AR 阅读全文

posted @ 2022-01-04 23:12 计算之道阅读(394) 评论(0) 推荐(0)

2021年12月28日

9NMR Refinement: 9.1 NMR Refinement of DNA and RNA Duplexes

摘要： https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/index.php 这部分主要学习如何限制键长键角二面角。施加限制的prod.in文件如下： hold-npt &cntrl imin=0,irest=1,ntx=5, nstlim=50000000 阅读全文

posted @ 2021-12-28 11:17 计算之道阅读(87) 评论(0) 推荐(0)

2021年12月24日

2Developing Nonstandard Parameters: 2.4 Metal Ion Modeling Tutorial

摘要： Metal Ion Modeling Tutorial 包含了Bonded Model，Nonbonded Model以及Cationic Dummy Atom Model 其中Bonded Model包含了两种方法，一种是MCPB；另一种是它的python版本MCPB.py，其优化了工作流，并使用阅读全文

posted @ 2021-12-24 09:15 计算之道阅读(1035) 评论(0) 推荐(0)

2021年12月21日

生物信息学在线软件集锦

摘要：生物信息学分析在线软件集锦序列相关密码子表达优化：Jcat 核酸翻译为蛋白：Translate 序列比对和搜索：NCBI Blast，Uniprot Blast，HMMER，HHblits 序列比对的作图：ESPript， Jalview 蛋白质家族搜索：Tigr，pfam 引物设计的质量：MF 阅读全文

posted @ 2021-12-21 09:47 计算之道阅读(748) 评论(0) 推荐(0)

2021年11月18日

7Free Energies: 7.1 MM-PBSA

摘要： 2022.11.24更新：使用MMPBSA计算（小分子）和（蛋白+其它小分子）的结合自由能 MMPBSA是可以做的，实践上发现只能使用MMPBSA.py，或者MMPBA.py.MPI调用一个线程，不能并行。例子：计算泛醇分子从LH1中解离后，在膜内的结合自由能。如果使用常规的MMPBSA，即只阅读全文

posted @ 2021-11-18 20:28 计算之道阅读(2606) 评论(1) 推荐(0)

2021年10月22日

【向日葵】连接linux版向日葵出现瞬间断开或卡死问题的解决

摘要： 2023.10.7 问题描述2：使用ubuntu22.04连接向日葵，无论是远程还是被远程，都会出现界面卡住不动的情况，点击鼠标和按键都没用。解决：打开系统登录界面，因为系统默认使用Wayland，所以我们将选项切换为“Ubuntu on Xorg”，登录系统后即可正常使用向日葵个人版的远程服阅读全文

posted @ 2021-10-22 12:19 计算之道阅读(3871) 评论(0) 推荐(0)

让Ubuntu 18.04系统支持root用户登录的方法

摘要：默认的Ubuntu 18.04系统在登陆界面上是不支持root用户直接登录的，但是你可以使用下面的方法让Ubuntu 18.04也支持root登录，其他类似的版本参考在Ubuntu Kylin 18.10系统中使用root用户登陆的方法。通常情况下，在Ubuntu 18.04中的普通用户只能通过运行阅读全文

posted @ 2021-10-22 11:16 计算之道阅读(736) 评论(0) 推荐(0)

2021年7月11日

shell脚本-将文件分配到不同的目录

摘要：将不同的文件分配到不同文件夹阅读全文

posted @ 2021-07-11 20:44 计算之道阅读(69) 评论(0) 推荐(0)