计算之道

摘要： 原理： 激发态：原子或分子吸收一定的能量后，电子被激发到较高能级但尚未电离的状态。 每个态都有各自的势能面，都是几何坐标的函数。 振子强度小于0.01可以认为跃迁禁阻 激发态和基态具有不同的位能曲线和平衡核间距。 激发态去活的途径有：①辐射跃迁（荧光或磷光 )。②无辐射跃迁（系间窜越，内部转变）。③ 阅读全文

摘要： charmm_executable < charmm_script.inp > charmm_output.out charmm –i 1.inp –o 1.out RTF（residue topology file）：包含了成键和电荷信息。Charmm包含了核酸，磷脂、蛋白和糖类的标准RTF文件 阅读全文

摘要： 2、删除背景 （1）导入PS，先使用魔法工具点击图片的背景处，程序自动判断并选中背景，然后点击delete，可以将背景去除； （2）如果有些地方需要手动去除，需要选择磁性索套工具，然后手动圈出来需要透明的地方，然后delete即可。 1、把多张图片快速制成Gif动态图，注意： （1）2017版本的保 阅读全文

摘要： Namd2-gpu +p20 +devices 0,1,2,3 test.conf > test.log charm_run ++nodelist nodelist namd_2 +p80 ++ppn 20 ../../../ante/allff3/complex_popc/namd/prod_te 阅读全文

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摘要： 首先应该注意区分序列相似性与序列同源性的关系，序列相似不一定同源，但是判定同源性关系的时候有些算法（Maximum likelihood除外）要考虑到序列相似性。序列相似性是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么，完成这一工作只需 阅读全文

摘要： Note from> http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-1/ 1、生成拓扑 >gmx_mpi pdb2gmx -f pro2.pdb -o pro2.gro -water TIP3P >5 2、检查拓扑 3、定义单位盒子并填充溶剂 >gmx_mpi editco 阅读全文

摘要： *一些操作： 运行R脚本：source (“Rscript”) 当前目录下的文件：dir() *画图 ########R语言画图 ###RMSD getwd() file <- read.csv("backbone_rmsd.csv",sep='',header = FALSE) options(m 阅读全文

摘要： 2024.12.25 update: #当出现断点的时候，可以采用hide断点两侧的残基来取消gap #PS：更推荐的做法是使用一行命令：set cartoon_gap_cutoff, 0 intra_fit protein # 对齐到第一帧 intra_fit top3 & (polymer.pr 阅读全文

摘要： 4、想要在windows下查看每个文件夹的存储占用，可以下载使用Folder Size Explorer 软件 3、Cmd知识 1、 chdir == pwd 2、 想要切换到d盘，直接输入d：就行 3、 改变命令行字体颜色：color[1,2,3…],改变背景和字体color[11,12,23.. 阅读全文