计算之道

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2022年1月4日

摘要: #python3#ruichaomao,2022.1.4,处理经过tleap加氢的蛋白体系,为第二次tleap增加ACE+NME做准备pro_list = ['ALA','ARG','ASN','ASP','GLN','GLU','GLY','HIE','HID','HIP','ILE','LEU' 阅读全文
posted @ 2022-01-04 23:12 计算之道 阅读(5) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年12月28日

摘要: https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/index.php 这部分主要学习如何限制键长键角二面角。 施加限制的prod.in文件如下: hold-npt &cntrl imin=0,irest=1,ntx=5, nstlim=50000000 阅读全文
posted @ 2021-12-28 11:17 计算之道 阅读(7) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年12月24日

摘要: Metal Ion Modeling Tutorial 包含了Bonded Model,Nonbonded Model以及Cationic Dummy Atom Model 其中Bonded Model包含了两种方法,一种是MCPB;另一种是它的python版本MCPB.py,其优化了工作流,并使用 阅读全文
posted @ 2021-12-24 09:15 计算之道 阅读(16) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年12月21日

摘要: 生物信息学分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化:Jcat 核酸翻译为蛋白:Translate 序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比对的作图:ESPript, Jalview 蛋白质家族搜索:Tigr,pfam 引物设计的质量:MF 阅读全文
posted @ 2021-12-21 09:47 计算之道 阅读(36) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年11月18日

摘要: 2021.12.1更新 ——关于隐式膜MMPBSA 参考https://www.cnblogs.com/jszd/p/11215880.html 7.1MM-PBSA 在本教程中,我们将使用 MM-PBSA 方法计算两种蛋白质结合的结合自由能。 介绍1 理想状态下,计算结合自由能: 然而,在这些溶剂 阅读全文
posted @ 2021-11-18 20:28 计算之道 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年10月22日

摘要: 问题描述: 连接到Linux时就会在连接完成的瞬间出现连接已断开,我的Linux发行版是Ubuntu18.04 解决: 这个问题出现的原因是向日葵不支持Ubuntu的原始桌面显示管理器GDM,需要更换掉原始桌面显示管理器,换上LightDM: 首先安装lightdm:sudo apt install 阅读全文
posted @ 2021-10-22 12:19 计算之道 阅读(603) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要: 默认的Ubuntu 18.04系统在登陆界面上是不支持root用户直接登录的,但是你可以使用下面的方法让Ubuntu 18.04也支持root登录,其他类似的版本参考在Ubuntu Kylin 18.10系统中使用root用户登陆的方法。通常情况下,在Ubuntu 18.04中的普通用户只能通过运行 阅读全文
posted @ 2021-10-22 11:16 计算之道 阅读(23) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年7月11日

摘要: 将不同的文件分配到不同文件夹 阅读全文
posted @ 2021-07-11 20:44 计算之道 阅读(14) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年6月5日

摘要: 一、The information contained in different file types 红色标记表示与LEaP无关的信息 二、How Does LEaP Work? 阅读全文
posted @ 2021-06-05 22:37 计算之道 阅读(28) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年6月1日

摘要: 1 Building Systems 1.1 用pdb4amber准备PDB文件 学习结果: 了解Amber基本信息流中的步骤 了解pdb4amber命令的基本语法 介绍:pdb4amber -h 基本用法:pdb4amber -i pdbin.pdb -o pdbout.pdb [-options 阅读全文
posted @ 2021-06-01 00:13 计算之道 阅读(59) 评论(0) 推荐(0) 编辑