计算之道

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2025年9月24日

摘要: 举例: 如下图1所示,已知小明到家时带着一只娃娃,请问他更有可能乘坐了公交还是地铁? 图1 图2 图3 图4 如图2所示,正方形面积为小明回家方式的所有可能(100%),黄色为公交(P(X)=20%),绿色为地铁(P(Y)=80%)。 如图3-4所示,深黄色面积为通过公交并且抓到娃娃的概率(P(W| 阅读全文
posted @ 2025-09-24 16:45 计算之道 阅读(33) 评论(0) 推荐(0)

2025年9月11日

摘要: 普通人若要验证生成的蛋白质序列或结构,是否满足他们的需求,还需要进行昂贵的实验。因此对比来看,蛋白设计比图像和文本的生成的验证更困难。这些模型的好坏取决于它们的训练数据、模型架构等。特别是关于功能映射,仍是当今蛋白质工程中最难的挑战,即使是最大最复杂的模型也无法克服这一挑战。事实上,虽然机器学习已经 阅读全文
posted @ 2025-09-11 16:37 计算之道 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

2025年9月2日

摘要: 1、机器学习的核心学习范式 (Core Learning Paradigms) 监督学习 (Supervised Learning):模型从带有标签的训练数据中学习映射关系(如输入->输出)。主要用于分类和回归任务。 例子:垃圾邮件识别(输入邮件内容,输出是/不是垃圾邮件)、房价预测。 无监督学习 阅读全文
posted @ 2025-09-02 14:45 计算之道 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)

2025年8月11日

摘要: 在安装了PRODIGY: 蛋白-蛋白/蛋白-小分子结合能预测工具 后,发现电脑上的colabfold无法使用,报错如下: mrc3@wanglab-node3:test$ bash Run_colabfold.sh Traceback (most recent call last): File "/ 阅读全文
posted @ 2025-08-11 15:59 计算之道 阅读(15) 评论(0) 推荐(0)

摘要: 在线使用 网址: https://rascar.science.uu.nl/prodigy/ 本地使用 1. 一步安装 pip install prodigy-prot 2. 运行 (1)以AF2预测的复合物结构为例,PDB文件中包含AB两条链。 prodigy 000.pdb --selectio 阅读全文
posted @ 2025-08-11 10:14 计算之道 阅读(82) 评论(0) 推荐(0)

2025年7月17日

摘要: ML很重要的一点是避免数据泄露的风险: 1、数据预处理造成数据泄露 在数据标准化(如StandardScaler)的时候,如果直接对所有数据(训练集+验证集/测试集)统一计算均值/方差并标准化,训练过程会隐式利用测试集分布信息,导致模型评估结果被高估,失去真实性。 通用防泄露原则​: 🔒 ​黄金法 阅读全文
posted @ 2025-07-17 17:48 计算之道 阅读(15) 评论(0) 推荐(0)

2025年6月3日

摘要: 最近使用conda 突然出现了这个问题: Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver (No module named 'libmambapy.bindings') 网上看了很多方法,尝试后都没有解决。 最后,在执行以下命 阅读全文
posted @ 2025-06-03 16:44 计算之道 阅读(470) 评论(0) 推荐(0)

2025年5月18日

摘要: 想要使用pymol将cif转换为pdb,又不想每次都打开pymol的图形界面,于是想通过命令行操作pymol来实现: 首先,执行命令行中的python,发现python的环境中没有pymol模块,因此需要将 PyMOL 的模块路径添加到 PYTHONPATH: 在环境变量中添加并source: ex 阅读全文
posted @ 2025-05-18 15:05 计算之道 阅读(725) 评论(0) 推荐(0)

2024年12月12日

摘要: 一、convert生成gif报错 问题: 执行 convert -delay 12 -loop 1 *jpg ./DI4_z1.gif 报错:convert-im6.q16: cache resources exhausted `./DI4_z1.gif' @ error/cache.c/OpenP 阅读全文
posted @ 2024-12-12 12:11 计算之道 阅读(90) 评论(0) 推荐(0)

2024年12月3日

摘要: 一、拓扑+坐标结构转换 1. 利用Acpype :Amber 转gromacs(gromacs第一个教程上推荐的) acpype -p comp.prmtop -x comp.inpcrd comp.prmtop以及comp.inpcrd 是利用Amber构建好的文件,输入上述命令 ,生成solva 阅读全文
posted @ 2024-12-03 10:08 计算之道 阅读(293) 评论(0) 推荐(0)

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