摘要：
一、The information contained in different file types 红色标记表示与LEaP无关的信息 二、How Does LEaP Work? 阅读全文
posted @ 2021-06-05 22:37
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一、The information contained in different file types 红色标记表示与LEaP无关的信息 二、How Does LEaP Work? 阅读全文
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1 Building Systems 1.1 用pdb4amber准备PDB文件 学习结果： 了解Amber基本信息流中的步骤 了解pdb4amber命令的基本语法 介绍：pdb4amber -h 基本用法：pdb4amber -i pdbin.pdb -o pdbout.pdb [-options 阅读全文
posted @ 2021-06-01 00:13
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摘要：
方法一：保存基态最小点结构，然后进行激发态计算 首先进行基态opt（不加激发态关键词即可），然后将log文件导入Gaussian view，保存最终结构，然后使用该结构进行激发态结构优化 方法二：两次计算写到一个输入文件；使用“--link1--”参数，顺次计算 %nproc=56%mem=20GB 阅读全文
posted @ 2021-05-30 14:49
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CONVERT 1，将图片转为MP4时报错 使用convert命令将图片转为MP4的时候(convert -delay 8 -loop 30 *jpg ./test.mp4)，有时候会发生下面的报错：convert: delegate failed `"ffmpeg" -v -1 -i "%F%%d 阅读全文
posted @ 2021-01-13 20:30
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这两天学院非要搞拨号上网，由于我只有一个学号，导致主机和虚拟机只能有一个拨号上网；或者是主机拨号，虚拟机使用NAT（网络地址转换）联网，不过这样的话虚拟机就无法设置静态ip，以至于无法连接打印机。不过幸好发现我之前的学号还能使用，所以最终的解决方案是：主机使用一个学号拨号上网；虚拟机网络使用桥接，然 阅读全文
posted @ 2021-01-07 09:56
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本来觉得挺简单一操作，谁知道竟还是浪费了些时间在这（被gaussian09坑了），遂记录一下。 拟合RESP电荷目前知道的方法有使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷，以及Multiwfn拟合RESP电荷（很简单也很方便，参考Sob大神写的http://sobereva.com 阅读全文
posted @ 2020-12-20 12:58
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说来惭愧，这两个玩意儿用了几年了，闭着眼睛竟然写不出来公式，忙了几天现在抽出时间了，闭着眼睛写一下。 RMSD，Root Mean Square Deviation，均方根偏差；RMSF，Root Mean Square Fluctuation，均方根波动。 在轨迹分析中，最经常用，最简单，也最有用 阅读全文
posted @ 2020-11-26 15:56
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尝试将机器1的虚拟中的windows7系统转移到机器2上，之前采用的方法是直接拷贝.vdi文件。但是如果存在备份的话，可能是两个.vdi文件共同在作用，所以不好整。 最简单明了且有效的方法： 1，机器1的虚拟机上，点管理--导出虚拟电脑，得到.ova文件 2，然后在机器2的虚拟机上，点管理--导入虚 阅读全文
posted @ 2020-10-31 17:32
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5、一些短脚本 （9）计算平均氢键数量，以及平均界面面积 ##hbondhb_ave=$(awk 'NR > 1 {sum += $2 + $3} END {if (NR > 1) print sum / (NR - 1)}' "HB.dat")echo "average of H_bond: $h 阅读全文
posted @ 2020-08-13 10:52
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摘要：
开机出现windows boot manager提示，系统引导除了问题，系统进不去 提示为 windows\system32\winload.exe 损坏或者丢失 网上给出了很多解决方案，最多的就是重装系统，但是不想那么麻烦，于是去老毛桃官网 https://www.laomaotao.net/do 阅读全文
posted @ 2020-06-01 11:54
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