生物信息学在线软件集锦

生物信息学分析在线软件集锦

序列相关

• 密码子表达优化：Jcat
• 核酸翻译为蛋白：Translate
• 序列比对和搜索：NCBI Blast，Uniprot Blast，HMMER，HHblits
• 序列比对的作图：ESPript， Jalview
• 蛋白质家族搜索：Tigr，pfam
• 引物设计的质量：MFEprimer

蛋白特性预测

• 突变影响功能预测：MutPred
• 突变热稳定性预测：AutoMute， PPSC， MUpro， cupsat， Eris， sdm， DFIRE， POPMUSIC， IMUTANT， MUTDB，
• 蛋白质pKa值预测：H++， Propka， Depth
• 蛋白质自聚集分析：AGGRESCAN
• 糖基化位点的预测：NetNGlyc
• 信号肽位点的预测：SignalP
• 核定位序列的预测：NucPred，cNLS Mapper

蛋白质结构相关

• 相似结构搜索：PDBeFold
• 二级结构预测：CFSSP， GOR4， PORTER， PsiPred
• 三级结构预测：I-TASSER，SwissModel
• 突变结构预测：RosettaBackrub
• 短肽结构预测：PEP-FOLD
• 螺旋结构作图：Wheel，Helical_Wheel
• 跨膜β 桶预测：BetAware
• 跨膜螺旋预测：TMpred，Phobius，TMHMM
• 振动模式分析：Bio3D，CABSflex2
• 无折叠区预测：DisEMBL，GlobPlot
• 结构域的分割：DomainParser
• 常用工具软件：PDBtools，PDBePISA
• ROSETTA软件：ROSIE (Rosetta Online Server that Includes Everyone)

免疫相关

• 可变区的识别：AbRSA， Abnum
• 三维结构预测：PIGS， ABodyBuilder
• 抗体接触位点：proABC
• 抗体序列搜索：IMGT/V-QUEST， IgBlast
• 抗体序列数据：VBASE2， abYsis
• 抗原表位预测：SEPPA3
• MHC多肽预测：NetMHCpan， NetMHC

相互作用相关

• 相互作用热点预测：KFC2， HotPOINT
• 蛋白蛋白分子对接：ZDOCK，QASDOM，PatchDock
• 蛋白配体分子对接：CB-Dock，SwissDock，MTiOpenScreen
• 蛋白配体结合模式：PLIP（貌似可批量输出文本文件）,LigPlus  (只可用作二维图)  

    LigPlus：只适合用来画二维的相互作用图，很直观（局限性是仅能计算氢键与疏水相互作用）

        PLIP：可以画三维的相互作用图，可以分析蛋白配体复合物在原子水平的非共价相互作用，包括氢键，水桥，盐桥，卤键，疏水相互作用，π-堆叠，π-离子相互作用和金属络合作用。并可以高通量计算。

    参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/149823111 ；  https://zhuanlan.zhihu.com/p/366382790

• 蛋白质口袋区预测：Depth， ConCavity, CavityPlus

药物设计相关

• 药物聚集特性预测：ChemAGG
• 药物药代特性预测：SwissADME
• 药物靶点蛋白预测：SwissTargetPrediction，HitPickV2, TargetNet

数据库

• 核酸序列数据库：GenBank
• 蛋白序列数据库：UniProt, Swiss-Prot
• 蛋白质结构数据：RCSB PDB
• 蛋白结构增强集：PDBFINDER
• 常用小分子库集：Click2Drug
• 抑制剂分子购买：Selleckchem
• 突变蛋白数据库：DRSP
• 无折叠蛋白质库：DisProt
• 肿瘤突变信息库：cBioPortal for Cancer Genomics
• 药物分子信息数据：PubChem，DrugBank ChEMBL

expasy网站工具索引

转自：BioSoft http://www.labshare.cn/biosoft/index.html