摘要：在线使用 网址： https://rascar.science.uu.nl/prodigy/ 本地使用 1. 一步安装 pip install prodigy-prot 2. 运行 （1）以AF2预测的复合物结构为例，PDB文件中包含AB两条链。 prodigy 000.pdb --selectio 阅读全文

摘要：一、拓扑+坐标结构转换 1. 利用Acpype ：Amber 转gromacs（gromacs第一个教程上推荐的） acpype -p comp.prmtop -x comp.inpcrd comp.prmtop以及comp.inpcrd 是利用Amber构建好的文件，输入上述命令 ，生成solva 阅读全文

摘要：原文章链接（侵删）：https://bohrium.dp.tech/notebooks/9747927953 在完成分子动力学模拟之后，需要对模拟轨迹进行分析，计算径向分布函数（Radial Distribution Function, RDF）即是一种常见的分析。大多分子动力学模拟软件提供了计算R 阅读全文

摘要：1、PDB 单纯PDB的话可以直接用VMD来计算， #二级结构puts $eledat "################################# Sec_struct ################################"set intein_CA [atomselect t 阅读全文

摘要：在对M86-S1体系进行显式溶剂模拟时的原子数为67644，而隐式溶剂模拟时的原子数为6296。原本以为隐式溶剂MD模拟要比显式的快得多，但是查看速度发现前者的速度为261 ns/day，而后者的速度为135 ns/day。 本来觉得是不是我电脑的原因，后来使用其它机器做测试，发现还是一样的情况。最 阅读全文

摘要：Alphafold2有docker和conda两种安装方式，官方提供的是docker版本的安装教程，conda版是民间修改版。 怀揣不信民间”歪门邪道“的想法，我原本更倾向于按照官方提供的流程进行部署，然而最后没有成功。。。很重要的一个原因是alphafold2本地部署的相关教程和讨论太少了，当然这 阅读全文

摘要：Pymol学习网站： PyMOL wiki：https://pymolwiki.org/ PyMOL 文档：https://pymol.org/dokuwiki 点吧点吧 氨基酸，碱基，元素的增删改 使用内置的Builder插件即可。 实战注意事项：在添加氨基酸的时候，如果C末端残基是以OXT结尾的 阅读全文

摘要：判断一个化合物有无芳香性，可使用Huckel规则：闭合单环平面共轭多烯(轮稀)的π电子数 为4n+2(n=0，1，2，3…)个，该环系就具有芳香性；若电子数4n(n=0，1，2，3…)个，则具有反芳香性。 酮类化合物本身结构看似不符合Huckel规则，但其共振式可能符合。但共振式中一定要让负电荷位于 阅读全文

摘要：7.4 Umbrella Sampling Example计算丙氨酸二肽 Phi/Psi 旋转的 PMF http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial17/index.php 1) Generating and Relaxing the Initial 阅读全文

摘要：6.4 Adaptive Steered Molecular Dynamics 理论背景： SMD 利用施加steering力的伪粒子，以便以特定速度穿过反应坐标。 这个外力允许人们在MD模拟时间尺度的范围内观察分子的变化。 采用 Jarzynski 等式，在 SMD 模拟期间对系统执行的非平衡功可 阅读全文

摘要：6.3 Using Accelerated Molecular Dynamics (aMD) to enhance sampling 英文官网：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial22/index.php 另外可参考 https://blog. 阅读全文

摘要：NVT出现水分子空洞，以及NPT时盒子收缩的原理： For a periodic system, constant pressure is the only way to equilibrate density if the starting state isnot correct. For exa 阅读全文

摘要：https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/index.php 这部分主要学习如何限制键长键角二面角。 施加限制的prod.in文件如下： hold-npt &cntrl imin=0,irest=1,ntx=5, nstlim=50000000 阅读全文

摘要：Metal Ion Modeling Tutorial 包含了Bonded Model，Nonbonded Model以及Cationic Dummy Atom Model 其中Bonded Model包含了两种方法，一种是MCPB；另一种是它的python版本MCPB.py，其优化了工作流，并使用 阅读全文

摘要：生物信息学分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化：Jcat 核酸翻译为蛋白：Translate 序列比对和搜索：NCBI Blast，Uniprot Blast，HMMER，HHblits 序列比对的作图：ESPript， Jalview 蛋白质家族搜索：Tigr，pfam 引物设计的质量：MF 阅读全文

摘要：2022.11.24更新：使用MMPBSA计算（小分子） 和 （蛋白+其它小分子）的结合自由能 MMPBSA是可以做的，实践上发现只能使用MMPBSA.py，或者MMPBA.py.MPI调用一个线程，不能并行。 例子：计算泛醇分子从LH1中解离后，在膜内的结合自由能。如果使用常规的MMPBSA，即只 阅读全文

摘要：一、The information contained in different file types 红色标记表示与LEaP无关的信息 二、How Does LEaP Work? 阅读全文

摘要：1 Building Systems 1.1 用pdb4amber准备PDB文件 学习结果： 了解Amber基本信息流中的步骤 了解pdb4amber命令的基本语法 介绍：pdb4amber -h 基本用法：pdb4amber -i pdbin.pdb -o pdbout.pdb [-options 阅读全文

摘要：本来觉得挺简单一操作，谁知道竟还是浪费了些时间在这（被gaussian09坑了），遂记录一下。 拟合RESP电荷目前知道的方法有使用gaussian和antechamber拟合RESP电荷，以及Multiwfn拟合RESP电荷（很简单也很方便，参考Sob大神写的http://sobereva.com 阅读全文

摘要：说来惭愧，这两个玩意儿用了几年了，闭着眼睛竟然写不出来公式，忙了几天现在抽出时间了，闭着眼睛写一下。 RMSD，Root Mean Square Deviation，均方根偏差；RMSF，Root Mean Square Fluctuation，均方根波动。 在轨迹分析中，最经常用，最简单，也最有用 阅读全文