AMBER和GROMACS文件的互相转换

一、拓扑+坐标结构转换

1. 利用Acpype ：Amber 转gromacs（gromacs第一个教程上推荐的）

acpype -p comp.prmtop -x comp.inpcrd

comp.prmtop以及comp.inpcrd 是利用Amber构建好的文件，输入上述命令 ，生成solvated_GMX.gro solvated_GMX.top 文件
手动修改topol.top中的[ atomtypes ]下的Cl-修改为大写的CL-，以及最底下描述离子信息的[ atom ]下的IM改为CL-，这才和底下的离子信息对得上，否则gromacs运行会报错”atom type XX not found“

 

2.利用parmedhttps://github.com/ParmEd/ParmEd

import parmed as pmd

# GROMACS topology 转换为 AMBER format
gmx_top = pmd.load_file(‘gromacs.top’, xyz=‘gromacs.gro’)
gmx_top.save(‘amber20.top’, format=‘amber’)
gmx_top.save(‘amber20.crd’, format=‘rst7’)

# AMBER topology 转换为 GROMACS, CHARMM formats
amber = pmd.load_file(‘amber.prmtop’, ‘amber.inpcrd’)
#Save a GROMACS topology and GRO files
amber.save('gromacs.top')
amber.save('gromacs.gro')

二、轨迹转换

1、可利用amber的cpptraj 转换成gromacs trr文件

cpptraj -p parm7.prmtop -y out.mdcrd -x out.trr    

2、用vmd 导入后，直接保存为trr文件