PRODIGY: 蛋白-蛋白/蛋白-小分子结合能预测工具

在线使用

网址：
https://rascar.science.uu.nl/prodigy/

 

本地使用

1. 一步安装

pip install prodigy-prot

2. 运行

（1）以AF2预测的复合物结构为例，PDB文件中包含AB两条链。

prodigy 000.pdb --selection A B

输出结果如下：

mrc3@wanglab-node3:zzz$ prodigy 000.pdb --selection A B
[+] Parsed structure file 000 (2 chains, 397 residues)
[+] No. of intermolecular contacts: 566                                      #表示蛋白质 - 蛋白质复合物中分子间的接触总数
[+] No. of charged-charged contacts: 53.0                                #指带电荷的基团之间形成的接触数量
[+] No. of charged-polar contacts: 67.0                                     #表明带电荷的基团与极性基团之间的接触
[+] No. of charged-apolar contacts: 164.0                                 #带电荷的基团与非极性基团之间形成的接触。
[+] No. of polar-polar contacts: 20.0                                          #极性基团与极性基团之间的接触数量
[+] No. of apolar-polar contacts: 89.0                                       #非极性基团与极性基团之间的接触
[+] No. of apolar-apolar contacts: 173.0                                   #非极性基团与非极性基团之间的接触数量
[+] Percentage of apolar NIS residues: 34.03                          #在蛋白质 - 蛋白质复合物的非相互作用表面中，非极性残基所占的百分比。
[+] Percentage of charged NIS residues: 37.15                       #在蛋白质 - 蛋白质复合物的非相互作用表面中，带电荷残基所占的百分比
[++] Predicted binding affinity (kcal.mol-1):    -42.1                  #预测的蛋白质 - 蛋白质复合物的结合亲和力为 -9.4 kcal/mol
[++] Predicted dissociation constant (M) at 25.0˚C:  1.2e-31  #在 25.0°C 条件下，预测的蛋白质 - 蛋白质复合物的解离常数为 1.3×10⁻⁷ M。解离常数是衡量复合物解离趋势的指标，数值越小，说明复合物越稳定，越不容易解离。

 

（2）如果只想输出结合能数值：prodigy 000.pdb --selection A B -q

如：

mrc3@wanglab-node3:zzz$ prodigy 000.pdb --selection A B -q
000     -42.142

（3）批量预测：

mrc3@wanglab-node3:zzz$ for i in {00..05};do prodigy 0$i.pdb --selection A B -q;done
000     -42.142
001     -47.475
002     -40.824
003     -50.237
004     -40.274
005     -42.537

 

#经对比，和MMGBSA算出来的相对大小基本能对上：

000     -42.142     #-280
001     -47.475     #-329
002     -40.824     #-230
003     -50.237     #-450
004     -40.274     #-287
005     -42.537     #-263