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摘要： 进行单细胞测序数据分析,Harmony是目前最常用的去批次工具之一，但在RStudio（特别是网页版/Server版）环境中配合Seurat使用时，经常会遇到关于对象命名的报错。 library(harmony) library(Seurat) # samples 是已经经过 Normalize, 阅读全文

摘要： 第一种情况： 定义前的样式会被定义后相同样式的属性给覆盖掉，如下图所示： ​ 第二种情况： 一个css样式定位比较绝对，而另一个样式只是相对，那么不管另一个样式在文件的位置是如何定义的，那么绝对定位的样式优先级别还是最高，即绝对定位的样式会覆盖掉相对定义的样式，如下图所示： ​ 样式的优先级 多重样 阅读全文

摘要： 进行单细胞转录组分析，有时候用到公共数据集，尤其是从GEO下载的10X数据，很多研究者常常会遇到一个令人头疼的问题——数据明明能读入，却无法正常创建Seurat对象。本文通过一个真实案例，带大家一起排查并解决这一问题。 这次遇到的问题发生在对数据集“GSM533785HC2”进行分析时。和往常一样， 阅读全文

摘要： 在Web开发中，Ajax负责前后端的数据传输，而在调试阶段，我们常常希望快速查看后端返回的数据。有时后端输出内容较复杂，浏览器默认的控制台又不直观，这就让调试变得有些麻烦。本文介绍一种简洁实用的调试方式，通过HTML5的FormData对象结合Firefox的Firebug插件，实现对PHP端输出信 阅读全文

摘要： t检验的核心思想是通过样本均值与方差的比较，评估两个总体均值是否存在显著差异。当有三个或更多组数据时，单次t检验已不再适用，因此通常的做法是先进行方差齐性检验与单因素方差分析（ANOVA），如果总体差异显著，再进行组间的两两t检验，用于具体比较每对样本组之间的差异。 多组样本执行两两t.test时， 阅读全文

摘要： 由于ajax调试起来非常麻烦，所以我们应该把前后端分开测试，代码如下： 后端代码：（comentbyajax.php） <?php require_once './dbcon.php'; set_time_limit(0); //echo json_encode(array('content'=>' 阅读全文

摘要： 在转录组分析中，差异分析是必不可少的一步。那什么是差异分析呢？差异分析的结果又该怎么解读？以《GEO数据库转录组芯片数据处理与R分析：以GSE65682为例》一文中的数据集（GSE65682）为例，今天就让我们一起来深入了解一下，同时认识与它紧密相关的几个关键指标与图形，以及怎么做差异分析。 1. 阅读全文

摘要： GEO数据库转录组芯片数据处理与R分析：以GSE65682为例中我们提到过，GEO数据集如果只包含探针ID和对应的ENTREZID，则需要先将探针ID 转换为ENTREZID，再将ENTREZID转换为gene symbol。那么具体是需要进行什么操作呢？以数据集GSE69063为例，为大家详细演示 阅读全文

摘要： 在进行单细胞转录因子调控网络分析（如pySCENIC）时，环境搭建往往是最让人头疼的一步。今天分享我在创建Python 分析环境并尝试加载scanpy时遇到的各种报错，以及最终成功运行的解决方案，希望能为同样在坑里的同行提供一些参考。 创建分析环境 起初我打算使用较新的Python 3.10环境，于 阅读全文