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摘要： 随着高通量组学数据的爆炸式增长，目前针对同一物种的各类组学数据（如基因组、表观组、转录组、蛋白质组、代谢组等）散布于众多平台和文献之中。由于缺少统一的存储标准和整合机制，科研人员难以从海量已发表数据中高效提取有用信息。 为此，构建一个全面的多组学数据集中存储与分析数据库显得尤为重要。该数据库通过标准 阅读全文

摘要： GEO数据库构成： 1. GEO Platform (GPL)芯片平台 定义：描述实验使用的芯片或测序技术平台。 内容：包含探针与基因的对应关系、平台设计参数等元数据。 示例：GPL570（Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array）。 2. GEO Sa 阅读全文

摘要： GSEA富集分析的基本原理是使用预定义的基因集 （例如：铁死亡通路，只要能获取到相关基因，就能定义成一个基因集），将基因按照在两类样本中的差异表达程度进行排序，然后检验这些预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。如果基因集在排序列表的顶部富集 （即上调），如果在底部富集 （即下调）。f 阅读全文

摘要： 在转录组分析中，差异分析是必不可少的一步。那什么是差异分析呢？差异分析的结果又该怎么解读？今天就让我们一起来深入了解一下，同时认识与它紧密相关的几个关键指标，以及怎么做差异分析。 1. 转录组差异分析基础知识 1.1 什么是转录组？ 简单来说，转录组是指一个活细胞在特定时间和环境下，所能转录出来的所 阅读全文

摘要： 价值：高通量测序分析后的分子列表往往过于庞大，仅依赖P值或Fold Change等传统方法进行筛选。TRIAGE R软件包（表观遗传学指导的转录调控推断分析）提供一套科学、多维度、可信赖的优先排序框架，通过整合多种指标，生成综合得分，将候选分子清单缩小到高价值靶点核心集，为后续的实验验证工作奠定坚实 阅读全文

摘要： 问题： ToDesk连接Ubuntu卡在100%或黑屏。 原因： ToDesk不支持Wayland协议。 解决： 切换回X11。 操作命令： # 使用管理员权限修改配置 sudo vim /etc/gdm3/custom.conf # 找到“#WaylandEnable=false”去掉前面的#号， 阅读全文

摘要： 1. 富集分析基础知识 1.1 什么是富集分析？为什么要做富集分析？ 富集分析（Enrichment Analysis）是生物信息学中一种重要的分析方法，主要用于识别在特定生物样本（如基因集、代谢物集或其他分子集合）中是否存在某种功能类别或通路的显著性聚集现象。该方法广泛应用于基因表达分析、蛋白质组 阅读全文

摘要： 进行单细胞测序数据分析,Harmony是目前最常用的去批次工具之一，但在RStudio（特别是网页版/Server版）环境中配合Seurat使用时，经常会遇到关于对象命名的报错。 library(harmony) library(Seurat) # samples 是已经经过 Normalize, 阅读全文

摘要： 第一种情况： 定义前的样式会被定义后相同样式的属性给覆盖掉，如下图所示： ​ 第二种情况： 一个css样式定位比较绝对，而另一个样式只是相对，那么不管另一个样式在文件的位置是如何定义的，那么绝对定位的样式优先级别还是最高，即绝对定位的样式会覆盖掉相对定义的样式，如下图所示： ​ 样式的优先级 多重样 阅读全文

摘要： 进行单细胞转录组分析，有时候用到公共数据集，尤其是从GEO下载的10X数据，很多研究者常常会遇到一个令人头疼的问题——数据明明能读入，却无法正常创建Seurat对象。本文通过一个真实案例，带大家一起排查并解决这一问题。 这次遇到的问题发生在对数据集“GSM533785HC2”进行分析时。和往常一样， 阅读全文