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摘要： 《Horticulturae》文章“Exploring the Genomic Landscape: A Comprehensive Analysis of the Genetic Diversity and Population Structure of Thai Tomato WGS”SNP密度 阅读全文

摘要： 单细胞水平解析m6A修饰一直存在数据分散、方法差异大的问题，实际使用中往往需要研究者自行整合数据、编写代码分析，门槛较高。在此基础上，最新研究在完成多种单细胞m6A识别方法系统评估的同时，进一步推出了一个面向应用的在线平台——Scm6A数据库。 Scm6A的核心价值在于把原本分散在不同技术体系下的数 阅读全文

摘要： 本文整理的生物信息学数据库基本覆盖了生信研究最常见的数据资源。如果你经常进行单细胞分析、转录组分析、宏基因组分析或蛋白质组研究，建议收藏作为常用工具参考。 阅读全文

摘要： 随着高通量组学数据的爆炸式增长，目前针对同一物种的各类组学数据（如基因组、表观组、转录组、蛋白质组、代谢组等）散布于众多平台和文献之中。由于缺少统一的存储标准和整合机制，科研人员难以从海量已发表数据中高效提取有用信息。 为此，构建一个全面的多组学数据集中存储与分析数据库显得尤为重要。该数据库通过标准 阅读全文

摘要： GEO数据库构成： 1. GEO Platform (GPL)芯片平台 定义：描述实验使用的芯片或测序技术平台。 内容：包含探针与基因的对应关系、平台设计参数等元数据。 示例：GPL570（Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array）。 2. GEO Sa 阅读全文

摘要： GSEA富集分析的基本原理是使用预定义的基因集 （例如：铁死亡通路，只要能获取到相关基因，就能定义成一个基因集），将基因按照在两类样本中的差异表达程度进行排序，然后检验这些预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。如果基因集在排序列表的顶部富集 （即上调），如果在底部富集 （即下调）。f 阅读全文

摘要： 在转录组分析中，差异分析是必不可少的一步。那什么是差异分析呢？差异分析的结果又该怎么解读？今天就让我们一起来深入了解一下，同时认识与它紧密相关的几个关键指标，以及怎么做差异分析。 1. 转录组差异分析基础知识 1.1 什么是转录组？ 简单来说，转录组是指一个活细胞在特定时间和环境下，所能转录出来的所 阅读全文

摘要： 价值：高通量测序分析后的分子列表往往过于庞大，仅依赖P值或Fold Change等传统方法进行筛选。TRIAGE R软件包（表观遗传学指导的转录调控推断分析）提供一套科学、多维度、可信赖的优先排序框架，通过整合多种指标，生成综合得分，将候选分子清单缩小到高价值靶点核心集，为后续的实验验证工作奠定坚实 阅读全文

摘要： 问题： ToDesk连接Ubuntu卡在100%或黑屏。 原因： ToDesk不支持Wayland协议。 解决： 切换回X11。 操作命令： # 使用管理员权限修改配置 sudo vim /etc/gdm3/custom.conf # 找到“#WaylandEnable=false”去掉前面的#号， 阅读全文

摘要： 1. 富集分析基础知识 1.1 什么是富集分析？为什么要做富集分析？ 富集分析（Enrichment Analysis）是生物信息学中一种重要的分析方法，主要用于识别在特定生物样本（如基因集、代谢物集或其他分子集合）中是否存在某种功能类别或通路的显著性聚集现象。该方法广泛应用于基因表达分析、蛋白质组 阅读全文