TRIAGE R包：基于表观遗传学的靶点精准筛选工具

价值：高通量测序分析后的分子列表往往过于庞大，仅依赖P值或Fold Change等传统方法进行筛选。TRIAGE R软件包（表观遗传学指导的转录调控推断分析）提供一套科学、多维度、可信赖的优先排序框架，通过整合多种指标，生成综合得分，将候选分子清单缩小到高价值靶点核心集，为后续的实验验证工作奠定坚实基础。

 

机制：常规分析工具只关注转录因子（TF）及其靶标，容易错过非编码RNA、信号通路成分等关键调控元件。TRIAGE创新在于采用表观遗传学的引导机制，在后台利用H3K27me3数据，为RNA测序结果提供细胞类型特异性的上下文，从而能够识别出更广泛的调控区域和非TF调控元件。这种机制提供了反映分子调控功能和生物学中心性的综合评分，确保筛选结果具有高度的生物学可信度。

 

工作流：TRIAGE的结构设计高度服务于高效的操作流程，由三大核心工具构成完整分析链条：TRIAGEgene作为优先排序引擎，自动集成多维度数据生成Triage Score排名；TRIAGEcluster专注于网络分析，用于识别核心调控模块或通路；TRIAGEparser则作为数据预处理工具，简化数据准备。TRIAGE可无缝集成到现有分析流程中，并同时支持批量和单细胞RNA测序数据。

 

通过TRIAGE优先排序得到的分子列表，不仅具有更高的生物学可信度，而且其Triage Score提供了透明的证据链。这使得实验验证具有高度的指向性，节省了大量的实验时间和成本。附带的辅助函数支持直接创建出版级的分析图表，加速了论文撰写进程。

 

使用：https://github.com/palpant-comp/TRIAGE_R_Package