庐州月光

摘要： TCDB是对膜转运蛋白（Membrane Transport Protein）进行分类的一个数据库，它制定了一套转运蛋白分类系统（Transporter Classification）, 简称TC System, 类似于对酶进行分类的EC系统，只不过TC系统同时提供了功能和进化信息； TCDB对于每 阅读全文

摘要： PHI是一个致病菌的数据库，截止到2017年8月1号为止，最新的版本是4.3，数据库中收录了实验验证过的致病菌的信息，其中有176个来自动物的致病菌，227个来自植物的致病菌，3个来自真菌的致病菌; 4.3版本中数据库的具体信息如下： 共收录了4775个基因， 相互作用有8610条， 致病菌有264 阅读全文

摘要： trim.seqs 有以下几个主要应用： 1）根据barcode 拆分序列； 2）去除PCR引物 3） 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列，然后在加至少一个的选项；其选项有很多，下面一一介绍： 1）oligos: 从字面意义看是寡聚核苷酸， 这里是指bar 阅读全文

摘要： qiime 本身不提供聚类的算法，它只是对其他聚otu软件的封装 根据聚类软件的算法，分成了3个方向： de novo： pick_de_novo_otus.py closed-reference： pick_closed_reference_otus.py open-reference OTU：  阅读全文

摘要： 背景： conda 是一个python的计算环境，minicoda 可以看做是conda的精简版 官网： https://conda.io/miniconda.html 安装： miniconda 支持多个操作系统，根据自己的操作系统选择对应的安装包 以 Linux 平台，python 2.7 为例 阅读全文

摘要： 代码示例： 参考资料： http://bioperl.org/howtos/EUtilities_Cookbook_HOWTO.html 阅读全文

摘要： 代码如下： 运行结果如下： 阅读全文

摘要： 背景：16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究，但是它有一些明显的限制，比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝，而且，由于16S rRNA基因的进化速率较慢，在物种间保守，会存在多个物种的基因完全相同的情况，而且由于基因水平转移的发生，即使亲缘关系较远的物种，也可能出现基因 阅读全文

摘要： 背景： FrameBot 用于纠正DNA序列中的插入和缺失，然后正确的翻译成蛋白质序列，frameBot 工具集成在RDPTools 中 源代码： https://github.com/rdpstaff/Framebot 安装： wget wget https://github.com/rdpsta 阅读全文

摘要： subprocess 模块中有一个功能Popen , 可以在代码中调用系统的命令 其功能比os.system 更加强大 代码示例： 上述代码中，首先用shlex.split 函数分割命令行参数，然后将参数传递给Popen 函数，执行对应的系统命令，wait() 函数表示等待系统命令执行结束 阅读全文