庐州月光

摘要： 代码示例： 效果图如下: 需要注意barplot 中space 函数的应用，space 的值为柱子宽度的百分比； 通过ylim 展示y轴的一部分； 阅读全文

摘要： mgp 参数的值为长度为3的一个向量，默认值为 c(3, 1, 0); 3个数值控制的元素不同 1) 第一个数值：3， 控制xlab 和 ylab的位置 示例用法： 效果图如下： 注意观察，xlab 和 ylab的位置，从左到右我分别设置了1到3; 从图中也可以看出来，影响的元素的包括xlab, y 阅读全文

摘要： 当我们在绘图时，经常会遇到这样的问题，添加的文字标记超出了坐标系的问题，导致文字显示不全 比如下面这个例子： 生成的图片如下： 我们想要给右上角的点加个文字标记，但是文字内容太长，超过了坐标系的范围，没显示全 想要解决类似的问题，当然是加大坐标系的范围，但是加到多少合适呢， 最笨的办法就是每次加一点 阅读全文

摘要： R语言中有很多现成的R包，可以绘制venn图，但是最多支持5组，当组别数大于5时，venn图即使能够画出来，看上去也非常复杂，不够直观； 在实际的数据分析中，组别大于5的情况还是经常遇到的，这是就可以考虑用花瓣图来进行数据的可视化 比如下面这个例子： 来源于该链接 https://www.resea 阅读全文

摘要： 在微生物分析中，经常使用稀释性曲线来评估测序量是否足够；可以使用mothur 这个软件来完成 rarefaction.single 命令用来做稀释性曲线，既可以对单个样本单独分析，也可以一次对多个样本进行分析 对多个样本进行分析：以shannon 指数为例 需要准备一个shared 文件，share 阅读全文

摘要： vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包，其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线 首先看下官方示例： 出来的结果图如下： 那么这幅图表明了什么含义呢？ 首先看下输入数据 我们简单的看一下BCI这个数据，它的每一行代表了一个样本，不同样本采样的地点不同，每一列是1个物种的丰度 最终 阅读全文

摘要： 当我们想要把数据框的行或者列按照指定的顺序排列时，可以通过行名称或者列名称快速排列 现在我想要这个数据框的列按照R2, R3, R1 的顺序排列，这个时候只要按照排序好的列名称取就可以了 或者按照下标排序也可以 阅读全文

摘要： tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具，官网链接如下： http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml 安装： tophat-fusion 是集成在tophat软件中的，具体的安装参考tophat的安装 阅读全文

摘要： RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现，在过去的十几年里，RNA-seq 测序数据不断增加，发现的融合基因的数据也不断增加； FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库，利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据，采用tophat-fusion, soap-fusio 阅读全文

摘要： 16S基因作为mark gene在微生物群落结构的研究中发挥中重要作用, 但是候选的mark gene 肯定不止16S 一种，最新比较火热的功能基因，也可以作为mark gene。利用功能基因作为mark gene, 相比16S有什么优势呢？ 在功能基因的文献中指出了两点: 1) 不同物种的16S基 阅读全文