庐州月光

摘要： shkex 模块最常见的用法就是其中的split 函数，split 函数提供了和shell 处理命令行参数时一致的分隔方式 代码示例： 在shell 中，对于选项和对应的值之间可以有多个空格，而shlex.split 保持了和sell 一致的处理方式 从上述代码的运行结果，可以看出来 阅读全文

摘要： os模块提供了文件系统路径方面的功能 常见用法： 代码示例： 这段代码返回的是python 脚本所在的目录 代码示例： 这句代码返回的是脚本的绝对路径 阅读全文

摘要： tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列，预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下：http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图所示，只需要输入fasta 格式的序列，选择对应的物种类型和其他的一些选项，点击运行按钮即可 结果界 阅读全文

摘要： 线粒体基因组是一个环状的双链DNA分子，包括轻链 L 和 重链 H, 其基因结构在哺乳动物中保守， 以human 线粒体为例， 人类线粒体基因组全长 16,596 bp , 共有13个编码蛋白的基因，根据编码的蛋白可以分成3类： 共有22种tRNA的基因 2种 rRNA 基因： 在人类的线粒体基因组 阅读全文

摘要： 今天在使用muscle 软件进行多序列比对时，发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后，终于发现了问题 muscle 为了追求速度，对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话： 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap 经过测试，我发现 阅读全文

摘要： interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对，将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中，每条蛋白质序列有一个唯一的interpro 编号，类似 IPR034725 这种格式，而每条蛋白又有对应的GO注释信息； 阅读全文

摘要： interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库，提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台，功能注释的内容包括蛋白质家族预测，domain 和 结合位点预测 interoro 在整合多个数据库的同时，去掉了冗余，提供了一个统一的接口，用来对序列进行功能注释；而且还提供了interproscan 这 阅读全文

摘要： perl 语言中的引用共分为两类： 声明引用时只需要在对象的前面加上反斜杠 第一列是数组的引用： 代码示例： 第二种是哈希的引用 代码示例： 通过引用去访问对应的值，通过 -> 操作符 数组的引用, 通过 [ ] 中括号 加上对应的下标，代码示例： 哈希的引用，通过{} 大括号加上对应的key，代码 阅读全文

摘要： labs 函数主要有以下三个用途： 1） 设置图片的标题（title）, 子标题（subtitle）, 引用（caption） 代码示例： 效果图如下： 2） 修改图片的x轴和y轴的标题 代码示例： 效果图如下： 默认情况下，x轴和y轴的标题对应的是数据框中的列名，labs可以对x轴和y轴的标题重新 阅读全文

摘要： ggplot2 是一套独立的绘图系统，在一个完整的ggplot2的图表中，会有下面几个概念： 1) plot 2) panel 3) strip 4) legend 所有这些元素都会出现在图表中 代码示例： 效果图如下： 在代码中，通过theme 函数，我为不同的对象设置了不同的填充色，用以区分 从 阅读全文