庐州月光

摘要： ggplot2是一个绘制可视化图形的R包，汲取了R语言基础绘图系统(graphics) 和l attice包的优点，摒弃了相关的缺点，创造出来的一套独立的绘图系统； ggplot2 有以下几个特点： 1） 图形映射， 自动化的将数据映射到图形上； 2） 图层叠加， 将不同形状的图表视为图层（laye 阅读全文

摘要： 当我们想要从genbank 中下载序列的时候，总需要点击右上角的download 按钮，选择对应的格式，然后通过浏览器进行下载，这样反复的点击很费时间了 其实可以通过bioperl 自动化的完成下载； 代码如下： 这个脚本接受两个参数，第一个参数为 序列对应的编号，第二个参数为输出的目录 以 htt 阅读全文

摘要： ImageMagick 是一个处理图片的库，有C, perl, python, java 等多种语言对应的库 在安装perl 对应的Image::Magick 模块之前，首先需要安装 ImgeMagick 已经对应的perl的开发包 代码如下： 当上面两个包安装好之后，就可以通过cpan 安装 Im 阅读全文

摘要： perldoc 命令可以查看某个模块的安装路径 命令： 返回值如下： 阅读全文

摘要： pdf 函数中，有一个参数onefile , 默认值为TRUE, 表示每张图片占用pdf 中的一页 当遇到pdf的前几页为空白时，是因为画图的代码产生了几张空白的图片 如果要消除前面的空白，只需要设置onefile = FALSE 就可以了，此时后面的图片会覆盖前面空白的图片，就实现了消除空白页的效 阅读全文

摘要： igaph 是一个项目，目标是建立一条简单，易用的网络分析工具，有 R, python, C/C++ 等语言的具体实现； 项目主页： http://igraph.org/ 在R语言中，对应的就是 igraph 这个R包 安装： 使用： 对于图 graph 这种数据结构而言，最基本的元素包括节点（no 阅读全文

摘要： 在绘热图时，需要将数值映射到不同的颜色上，这时就需要一系列的颜色梯度 colorRampPalette 函数支持自定义的创建一系列的颜色梯度 代码示例： 函数的参数c("blue", "red") 指的是颜色从蓝色渐变到红色，5 代表创建长度为5的颜色梯度 有了颜色梯度之后，我们就可以方便的把数值映 阅读全文

摘要： 背景： miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合，导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译，从而实现转录后调控的作用； 如果在miRNA和 mRNA的结合区域，发生了snp，就可能会影响miRNA和mRNA的结合；导致疾病或者其他的一些变化； 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值； 简介： 阅读全文

摘要： 在R语言中，对于图中的点来说，有很多种坐标系来进行定位 举个例子： par(omi = c(1, 1, 1, 1), mai = c(1, 1, 1, 1), mfrow = c(1, 2))plot(1:5)box(which = "plot", col = "red", lwd = 2)box( 阅读全文

摘要： 在R语言的基础绘图系统中，有plot, figure, outer, inner 共4种边框； 这四种边框实际上明确了整个绘图设备的布局 1） outer, 当我们声明一个绘图设备的时候，outer 指的就是这个设备上，下，左，右4个边框 代码示例： 生成的图片如下： 可以看到 outer 边框为整 阅读全文