庐州月光

摘要： 常用的perl 读写文件的操作，我们都很熟悉了，需要先声明1个文件句柄。但是看下面这段代码： while 循环中读取的文件句柄，并没有对应一个实际的文件， 这其实是一种用法，在最下方声明了句柄__DATA__, 在句柄下方是每一行的文件内容， 然后通过DATA 这个句柄，就可以读取到这些内容； 这种 阅读全文

摘要： RNAcentral 是EBI 开发的一个非编码RNA的数据库。 网址如下： http://rnacentral.org/ RNAcentral 整合了包括 Ensembl， GENCODE，Greengenes， HGNC， LNCipedia， lncRNAdb， miRbase， NONCOD 阅读全文

摘要： 目前有很多的数据库都存储了蛋白序列，比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等，在各个数据库之间，或者是在某个数据库中，蛋白序列有大量冗余；为了方便使用，ncbi 构建了nr 库， 全称是 RefSeq non-redundant proteins； Non-redund 阅读全文

摘要： Adonis 分析 是基于距离矩阵的多变量方差置换分析， 代码示例： 默认使用bray 距离来计算样本间的距离矩阵 参考资料： https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis https://pdf 阅读全文

摘要： Bioenv 分析通过 计算样本群落结构的距离矩阵和 环境因子的距离矩阵，计算两个距离之间的相关系数，挑选出最佳的环境因子组合； 默认情况下，计算 群落结构的距离矩阵时， 使用 Bray-Curtis 距离； 计算环境因子的距离矩阵时，使用Euliodean 欧式距离， 计算相关性，则采用 spea 阅读全文

摘要： miRbase 是miRNA 的数据库，目前最新版本为 release 21, 共有28645 条 miRNA, 第22 版已经完成，即将发布，22版新增了10000 个miRNA, 大多来源于新的物种。 21版的数据库中收录了 223 个物种的miRNA, 根据 phylum 水平分成以下几类： 阅读全文

摘要： 相比动物miRNA 而言， 植物miRNA 的研究相对较少。 植物miRNA 相比动物miRNA , 有以下特点： 1） 植物miRNA 的长度为 21 nt 左右， 动物miRNA 长度在 22 ~ 23 nt; 2) 植物 miRNA 与 靶标转录本几乎完全互补配对，而动物 miRNA 不是； 阅读全文

摘要： TargetScan 是一个miRNA 靶基因预测的网站, 包括了 人， 小鼠，果蝇 ， 线虫， 斑马鱼 共5个物种的miRNA 靶基因结果， 人 : TargetScanHuman 小鼠 ：TargetScanMouse 果蝇：TargetScanFly 线虫：TargetScanWorm 斑马鱼 阅读全文

摘要： miRTarBase 是一个手 收集的，经过实验验证过miRNA靶基因的数据库，对于每条miRNA靶基因的记录， 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions （简称MTs） 编号，比如MIRT000012，目前miRTarBase 的版本为V7.0, 2017年9月15号 阅读全文

摘要： 示例代码： 效果图如下: 阅读全文