摘要：
1、介绍 EGGNOG (Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups)是一种用于基因功能注释的工具。它通过比较各个物种的蛋白质序列来进行分析，并根据这些序列的相似性将其聚类成不同的基因家族（orthologou 阅读全文
posted @ 2023-05-13 11:20
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1、metaphlan3与humann的关系 Metaphlan3和HUMAnN2 / HUMAnN3都是宏基因组分析中常用的工具，它们可以相互配合使用来对样品进行全面的功能和物种注释。 Metaphlan3是一种快速而准确地确定环境微生物群落中存在哪些细菌和古菌的工具。它通过比对样本DNA序列与拥 阅读全文
posted @ 2023-05-12 22:17
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1、介绍 **HUMAnN（The HMP UnifiedMetabolic Analysis Network）**是一个用于宏基因组分析的软件，它被开发用于分析丰度测定数据，特别是从肠道微生物群落中获取的代谢产物。该软件能够通过底层序列对齐来对功能组成进行量化，这些功能包括微生物基因、通路和代谢反 阅读全文
posted @ 2023-05-12 22:06
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1、介绍 Kraken2是一种宏基因组分析工具，可通过对DNA序列进行分类和注释来识别微生物序列。它使用的是参考数据库，包括细菌、病毒、真菌和原核生物等，并根据每个序列中存在的K-mer进行分类和注释。Kraken2物种注释是为每个序列特定分类到相应的物种级别。 Kraken2物种注释可用于确定样品 阅读全文
posted @ 2023-05-11 21:25
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"Reads"（序列）是指从DNA测序技术中得到的短片段DNA序列。通常这些序列长度较短，可能只有几百个碱基对长。 "Contigs"（连读）是通过将读取序列拼接在一起来形成更长的序列。Contigs相对较长，可能达到数千个碱基对长，但它们可能仍然缺少一些重要的信息，例如重复序列或缺失区域。 "k- 阅读全文
posted @ 2023-05-11 21:02
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在宏基因组学的量化分析中，需要对测序数据进行拼接和比对等处理，以了解基因组中代表微生物种群结构的基因序列。而索引则是这一过程中十分重要的一步。 索引是将特定的序列信息提取出来，存储成为容易查找和访问的形式。在宏基因组分析中，索引可以理解为对目标基因组或数据集的细分和分类。例如，可以用索引指向某个微生 阅读全文
posted @ 2023-05-11 20:48
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转录组是指一个生物体内所有基因在特定时期和特定组织或细胞类型中表达出的所有信使RNA (mRNA) 的集合。换句话说，转录组是一个生物体内所有基因的转录产物总和。 转录组分析一般通过测量mRNA的水平来实现，通常使用高通量测序技术如RNA-Seq，以了解哪些基因在特定条件下被激活或抑制，并提供有关生 阅读全文
posted @ 2023-05-11 20:37
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1、介绍 Salmon基因定量是一种常用于RNA测序（RNA-seq）数据分析的方法，其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。相比传统的基于比对的方法，它可以更准确地识别和量化转录本，并且能够更好地处理多样性的剪切形式。 Salmon的基本流程如下： 从 阅读全文
posted @ 2023-05-11 20:32
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1、简介 CD-HIT是一个用于宏基因组分析的工具，它可以用于聚类和减少高通量测序（HTS）数据集的复杂性。在各种 HTS 平台上生成大量的序列数据，并对生物体中的微生物进行分类和注释时，该工具显得尤为重要。 在宏基因组分析中使用 CD-HIT，可以将高通量序列数据按照相似性信息进行分类，通过去除冗 阅读全文
posted @ 2023-05-11 16:57
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在DNA测序中，reads mapping方向指的是描绘short-reads（短序列）对于参考基因组的比对方向，即将短读序列与参考基因组进行比对时匹配的方向。 这个方向信息通常被编码为“+”或“-”，其中“+”表示reads的5'端与正向链的3'端相对应，“-”表示reads的5'端与负向链的3' 阅读全文
posted @ 2023-05-10 16:01
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