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setwd("E:\\20220927宏基因组教学\\02后期分析\\05willcox")library(doBy)gene <- read.table('table.l5.relative-SE.txt', sep = '\t', row.names = 1, header = TRUE, st 阅读全文
posted @ 2023-06-03 16:54
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PCoA，即Principal Coordinate Analysis（主坐标分析），是一种常用的多元统计分析方法，用于分析样品之间的相似性和差异性。在生态学、生物多样性和微生物学等领域中广泛应用。 PCoA基于样品之间的相似性矩阵，通过计算样品之间的欧氏距离或其他距离度量，将样品的多维数据降维为二 阅读全文
posted @ 2023-05-27 16:16
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library(vegan)library(tidyverse)pairwise.adonis1 <-function(x,factors,p.adjust.m){ x = x %>% as.matrix() co = as.matrix(combn(unique(factors),2)) pair 阅读全文
posted @ 2023-05-25 22:24
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setwd("E:\\中国农业科学院\\20220927宏基因组教学\\02后期分析\\01堆叠图")rm(list = ls())library(tidyverse)library(ggplot2)library(ggtree)library(treeio)library(ggsci)librar 阅读全文
posted @ 2023-05-24 21:07
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在宏基因组分析中，相对丰度是指在一个样本或群落中，某个生物学单位（如细菌、真菌、基因等）在总体中所占的比例或相对数量。 相对丰度通常用百分比或小数表示，反映了不同生物学单位的相对存在量或相对贡献。相对丰度的计算通常基于某种测定方法（如DNA测序或质谱分析），并根据得到的数据进行分析和计算。 在微生物 阅读全文
posted @ 2023-05-22 11:46
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在Perl中，sprintf 是一个用于格式化字符串的函数。它接受一个格式字符串和一系列参数，并返回根据格式字符串格式化后的字符串。 sprintf 的语法如下： sprintf FORMAT, LIST 其中，FORMAT 是格式字符串，指定了输出的格式。LIST 是需要格式化的参数列表。spri 阅读全文
posted @ 2023-05-22 11:44
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###将表转置后计算相对丰度####open IN,"E:\\16s\\06classify-Silva\\门纲目科属种-相对丰度\\table.l2.txt";open OUT,">E:\\扩正子结果2021\\qiime2分析结果\\16s\\06classify-Silva\\门纲目科属种-相 阅读全文
posted @ 2023-05-22 11:19
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在Perl中，shift 是一个用于从数组的开头移除并返回第一个元素的函数。它可以用于标量上下文或列表上下文。 shift 函数的语法如下： shift ARRAY 其中，ARRAY 是要操作的数组变量。在执行 shift 后，原始数组将被修改，其第一个元素将被移除，并作为返回值返回。 以下是 sh 阅读全文
posted @ 2023-05-22 10:14
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在Perl中，chomp 是一个用于移除字符串末尾换行符（行尾符）的函数。它通常用于处理从文件或其他输入源中读取的文本行，去除行尾的换行符，以便进一步处理字符串的内容。 chomp 函数的使用非常简单，可以用于标量变量或数组变量。它会修改原始变量的值，将结尾的换行符从字符串中移除。如果字符串末尾没有 阅读全文
posted @ 2023-05-22 10:06
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在生信学习过程中，要求充分掌握和默写重要的Perl脚本的每一行代码有以下几个重要的意义： 理解算法和逻辑：Perl脚本在生信领域中常用于处理和分析大规模的生物信息学数据。通过深入理解每一行代码，你将更好地理解所采用的算法和逻辑。这有助于你熟悉常见的生物信息学问题的解决方法，以及如何将这些方法应用于实 阅读全文
posted @ 2023-05-20 10:35
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