2023年4月19日
DNA序列数据处理
摘要： dna序列数据处理通常包括以下步骤： 数据预处理：首先，需要对原始dna序列数据进行预处理。其中包括测序错误的纠正、碱基质量过滤和去除低质量序列等。这个阶段是非常重要的，因为数据预处理的质量直接影响后续的特征提取和模型学习。 特征提取：在dna序列分析中，会涉及到许多不同的特征提取方法。例如，可以从 阅读全文
posted @ 2023-04-19 21:10 王哲MGG_AI 阅读(336) 评论(0) 推荐(0)
Kraken序列分类算法
摘要： 当然可以！kraken是一种流行的高效序列分类器，使用 k-mer （k个连续碱基组成的子串）方法对不同分类下的序列进行分类。以下是kraken序列分类算法简要说明： 数据预处理 首先，kraken会将参考数据库中的序列分割为固定长度的 k-mers，这些k-mer会被记录到一个查询表中。 样品序列 阅读全文
posted @ 2023-04-19 20:17 王哲MGG_AI 阅读(272) 评论(0) 推荐(0)
LCA投票
摘要： lca投票是一种用于树状结构中找到最近公共祖先（lca）的算法。在一些应用场景下，需要对n个节点进行m次询问，每次询问给出两个节点x和y，并询问它们的最近公共祖先。lca投票的时间复杂度为o(n+m)，效率较高，因此广泛应用于各种算法竞赛等场合。 lca投票的过程如下：从任意一个节点开始，通过dfs 阅读全文
posted @ 2023-04-19 17:06 王哲MGG_AI 阅读(50) 评论(0) 推荐(0)
2023年4月18日
如何将DNA序列输入到神经网络中
摘要： dna序列是由四个不同的核苷酸（腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤和鳙嘌呤）组成的字符串，在神经网络中输入dna序列通常需要进行编码转换。以下是一些将dna序列输入到神经网络的方法： one-hot编码: one-hot编码是将dna序列中每个核苷酸表示成一个固定长度为4的二进制序列。例如： a: [1, 0, 阅读全文
posted @ 2023-04-18 21:15 王哲MGG_AI 阅读(979) 评论(0) 推荐(0)
k-mer
摘要： k-mer是一种用于描述序列数据的概念。在生物信息学中，k-mer通常指的是长度为k的连续子序列。例如，在dna序列中，4-mer（k=4）是四个连续的碱基；在蛋白质序列中，3-mer（k=3）是三个相邻的氨基酸。 k-mer在基因组学、转录组学和蛋白质组学等领域中广泛使用。它们可以用于许多任务，例 阅读全文
posted @ 2023-04-18 19:51 王哲MGG_AI 阅读(285) 评论(0) 推荐(0)
从头分箱策略
摘要： 这句话中的“从头分箱策略（de novo binning）”是指一种用于组装大型基因组序列的方法。 在宏基因组学研究中，从环境或生态系统中收集样本，然后对其中的微生物进行dna提取、测序和拼接，以了解微生物多样性、功能等信息。由于在大多数情况下，该样品中所含有的微生物可能是未知、未描述或难以根据序列 阅读全文
posted @ 2023-04-18 15:31 王哲MGG_AI 阅读(53) 评论(0) 推荐(0)
假阳性与假阴性
摘要： 假阳性（false positive）指的是在实验或测试中，被错误地判断为“有某种物质”、“某种情况存在”等，而事实上并不存在该物质或情况的情况。例如，在进行病毒检测时，病毒检测呈现了阳性结果，但事实上患者并未感染病毒。 假阴性（false negative）指的是在实验或测试中，被错误地判断为“没 阅读全文
posted @ 2023-04-18 15:26 王哲MGG_AI 阅读(241) 评论(0) 推荐(0)
测序的读段
摘要： 测序的读段指的是dna或rna样本经过测序分析之后，得到的含有基因信息的短片段。这些读段可以用于鉴定微生物，比对它们已知的基因组/基因来确定它们所属的分类和可能的生物学功能。在微生物学研究中，测序的读段通常会被拼接成完整的基因组序列，从而更好地理解细菌、真菌和病毒之间的差异性，并推断它们的生态和微生 阅读全文
posted @ 2023-04-18 15:19 王哲MGG_AI 阅读(121) 评论(0) 推荐(1)
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
摘要： 宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作用等信息。 宏基因组学对于微生 阅读全文
posted @ 2023-04-18 15:13 王哲MGG_AI 阅读(106) 评论(0) 推荐(1)
2023年4月13日
humann详细参数
摘要： 在 Humann 工具中，-o 是 --output 参数的简写形式，用于指定生成的输出文件的路径和名称。该参数通常用于自定义输出文件的名称和路径。 Humann 可以生成多种类型的输出文件，包括功能注释结果、物种组成结果、代谢通路丰度和覆盖度等。当您运行 Humann 时，使用 -o 参数可以指定 阅读全文
posted @ 2023-04-13 21:57 王哲MGG_AI 阅读(440) 评论(0) 推荐(0)