王哲_UJN_MGG_AI

摘要： Phred质量分数是DNA测序数据中，用来评估碱基质量的一种标准化表示方法。它最初是由美国华盛顿大学的高通量测序专家Phred J.在1997年发表的论文中提出的。 Phred质量分数使用logarithmic scale（即对数刻度）来表示碱基质量值。一般取值范围为0-40之间，其中0表示最差的质 阅读全文

摘要： 在DNA测序数据中，pair number通常指的是双端测序（paired-end sequencing）中的对应序列的编号。在双端测序中，一条DNA分子会被从两端进行测序，并生成两段相互对应的序列，这两段序列的编号称为pair number。 双端测序可以提供高质量的测序结果和更准确的基因组组装。 阅读全文

摘要： 这是一个命令行命令，用于对temp/out_pro.fa文件进行抗菌基因分析。参数的含义如下： rgi: 表示运行resistant gene identifier (rgi)程序。 main: 指定使用 rgi 的主要模式。 --input_sequence temp/out_pro.fa：指定输 阅读全文

摘要： 这条语句是在使用 diamond 软件建立基于 cazydb.07312020.fasta 文件的数据库，该数据库将用于宏基因组分析中。cazydb 是一个专门用于碳水化合物活性酶的数据库。diamond 软件则是一款快速而准确的搜索工具，可用于比对大规模的 dna 或蛋白质序列数据。通过此命令建立 阅读全文

摘要： 1、简介 Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件 ,其缩写源于PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。 最早在2007年，在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下，由 阅读全文

摘要： 报错信息为： (base) [wz@localhost temp]$ python ./summarizeAbundance.py -i gene.count -m output -c '9,16,21' -s ',+,+*' -n raw -o eggnog/10t/wz/temp/./summa 阅读全文

摘要： 这个命令是在linux系统中运行的sed命令，用于编辑文件 eggnog.ko.raw.txt，其中的-i选项表示直接修改原文件。该命令匹配每一行的开始位置（^）后面跟着"ko:"字符串的内容，并将其替换为空字符串，即删除该字符串。 在宏基因组分析过程中，可能需要对原始数据文件进行预处理和清洗，比如 阅读全文

摘要： 在生物学中，DNA序列通常指非编码序列，因为DNA是生物体内存储基因信息的一种生物大分子，具有一定的生物学特性和结构。然而，基于DNA序列的机器学习预测可以包括编码和非编码序列的任务。以下是一些基于DNA序列的机器学习应用： 应用于非编码DNA序列的机器学习模型： 基因预测：使用机器学习算法预测非编 阅读全文

摘要： 深度神经网络（dnn）通过从数据中直接学习特征，无需人为干预或专业知识，可以帮助避免需要手动提取特征的繁琐过程。 深度神经网络由许多层组成，每个层都包含许多神经元。这些神经元组合成了一系列权重和偏差来映射输入特征到输出目标。通过反向传播算法，模型可以更新权重和偏差以优化其预测效果。 在训练dnn时， 阅读全文

摘要： 1、背景 每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。 之所以要进 阅读全文