摘要：
🔍 一、细胞间通讯分析工具概览 工具名称 编程语言 数据库来源 支持数据类型 核心功能亮点 CellChat R 手动整理、支持多亚基 scRNA-seq 多亚基支持、通信网络建模、信号模式识别、多图可视化 CellPhoneDB Python 手动整理、支持多亚基 scRNA-seq, 空间转录 阅读全文
posted @ 2025-05-28 22:49
tomorgen
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摘要：
🧬 空间组学中的细胞生态位建模与分析 🧠 1. 细胞生态位的定义 细胞生态位（Cellular Niche）指的是一个细胞在组织内的空间位置及其所处的微环境，包括： 邻近细胞类型与密度结构； 分泌/接收的信号因子网络（如细胞因子、趋化因子）； 局部物理/代谢状态（如氧气浓度、酸碱度、营养供应）； 阅读全文
posted @ 2025-05-28 22:38
tomorgen
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摘要：
目前空间转录组分析中常用的主流底层算法或建模方法出发，涵盖了 PCA、NMF、Cell2location 以外，还包括： scVI（单细胞变分自编码器） SpaGCN（空间图卷积网络） BayesSpace（贝叶斯空间聚类） Tangram（scRNA → 空间数据映射） stereoscope（贝 阅读全文
posted @ 2025-05-28 00:19
tomorgen
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🧠 空间转录组中的线性降维与细胞类型推断：算法总结与比较分析 🔍 一、核心任务拆解 ✅ 空间转录组中的两个关键分析目标： 线性降维：压缩 spot 表达数据 → 探索数据结构或构建空间因子 细胞类型推断：从混合 spot 表达中推断出每种细胞类型的空间分布 这两类任务各自有不同的算法适配方案，也 阅读全文
posted @ 2025-05-28 00:16
tomorgen
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摘要：
🧬 样本制备方法系统总结（面向空间转录组、病理、多组学） 🧊 一、FF（Fresh Frozen）样本 ✅ 核心定义 组织切除后立即用液氮/干冰冷冻，长期储存在 -80°C，可最大程度保留 RNA 完整性和代谢状态。 ✅ 技术适配度分析 项目 FF 特性分析 RNA 完整性 ⭐⭐⭐⭐⭐ 极佳，适 阅读全文
posted @ 2025-05-28 00:02
tomorgen
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🧬 空间邻域组成聚类系统性总结：从特征构建到方法选择 一、任务目标：识别“空间亚型” 空间亚型分析旨在根据细胞在组织中邻域结构的组成特征，识别出功能或状态上不同的“空间细胞类群”，如不同的 CAF 微环境类型。 二、分析流程概览 ✅ 输入数据： CAF × CellType 的邻域比例矩阵 每个 阅读全文
posted @ 2025-05-27 23:41
tomorgen
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摘要：
🧠 空间蛋白组成像技术系统总结：原理、流程与算法解析 一、核心概念：空间成像 + 抗体标签 空间蛋白质组学本质是： 将蛋白表达的定量信息保留在组织空间中，通过抗体特异识别 + 成像技术进行测定 二、两大技术路线：光学 vs 质谱成像 类型 原理 代表技术 光学类 抗体接荧光标签，多轮成像、融合通道 阅读全文
posted @ 2025-05-27 23:23
tomorgen
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如果你想在 Markdown 中插入类似 🧪 这样的图标（Emoji 表情），以下是一些推荐网站，它们可以帮助你 查找、复制和使用 Emoji/图标，适合用于 Markdown 文档、笔记或演示中： ✅ 推荐的 Emoji 图标网站（Markdown 友好） 1. Emojipedia 📚 全球 阅读全文
posted @ 2025-05-27 23:15
tomorgen
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🧠 一、Visium 的本质：“小块上的 bulk RNA” ✅ 关键事实： 特征 描述 单位 每个 Visium spot 约 55μm，包含 1–10 个细胞 本质 是一个局部 bulk RNA-seq，测量的是所有细胞表达的总和 输出矩阵 Spot × Gene，无法直接提供单细胞层面的表达 阅读全文
posted @ 2025-05-27 23:03
tomorgen
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摘要：
✅ 简洁总结（三句话版） CosMx / MERSCOPE 提供高分辨率的细胞级空间数据，适合进行 精细的邻域建模； Visium ST 虽然分辨率低，但样本量大，适合用于验证前者发现的 空间模式在低分辨率下是否依然成立； 从 CosMx 验证到 Visium 可测试模式的稳定性与泛化性，反过来不具 阅读全文
posted @ 2025-05-27 22:52
tomorgen
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