摘要: ✅ 单细胞数据探索:数据考察八步法(R 版) 适用于 data.frame、matrix、list 及 Seurat/SingleCellExperiment 等对象。 ① 检查对象的类型 判断数据属于哪种结构,有助于选择合适的操作方式。 class(a) # S3/S4 对象的类,最常用(如 "S 阅读全文
posted @ 2025-06-08 22:43 tomorgen 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 🧬 单细胞转录组 × 空间转录组 联合分析完整工作流 这个分析框架可划分为以下 五大核心阶段: 1️⃣ 数据预处理与质量控制 2️⃣ 降维聚类与批次整合 3️⃣ 空间解构与细胞映射 4️⃣ 空间图谱构建与通信推理 5️⃣ 高阶因果建模与可视化呈现 ✅ 1️⃣ 数据预处理与质量控制 👨‍🔬 目标 阅读全文
posted @ 2025-06-04 23:03 tomorgen 阅读(293) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 🧬 GEMM 命名与构建策略实用笔记 📌 一、GEMM(Genetically Engineered Mouse Model)简介 GEMM 即“基因工程小鼠模型”,是指通过基因编辑技术(如 Cre/LoxP、Flp/FRT、CRISPR-Cas9 等)构建的具有特定遗传特征的小鼠,用于模拟人类 阅读全文
posted @ 2025-06-01 23:21 tomorgen 阅读(87) 评论(0) 推荐(0)
摘要: “slide-DNA-seq”是一种空间解析基因组测序技术,用于在组织切片水平上分析不同地理位置(geospatial regions)中细胞的基因组信息,特别是拷贝数变异(CNV)或染色体不稳定性(CIN)等现象。以下是对此技术及其在文中作用的详细解析: 🧬 一、什么是 Slide-DNA-se 阅读全文
posted @ 2025-06-01 23:05 tomorgen 阅读(88) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 以下是希腊字母表中的主要字母(24个),包括其大写、小写形式、英文读音、以及对应的汉语拼音近似读音(方便中文母语者理解如何发音): 📘 希腊字母表(Greek Alphabet) 序号 大写 小写 英文读音 汉语拼音近似 1 Α α alpha āi fǎ / ài fǎ(常简读为“阿尔法”) 2 阅读全文
posted @ 2025-06-01 22:58 tomorgen 阅读(440) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 📚 一、中文教程 / 课程推荐(免费 & 高质量) 1. 清华大学《图神经网络GNN原理与实践》课程 讲师:朱军、唐源(清华人工智能研究院) 平台:清华学堂在线(免费) 🔗 地址:https://next.xuetangx.com/course/THU08091000320 适合:对图神经网络零 阅读全文
posted @ 2025-05-30 23:05 tomorgen 阅读(71) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 🧠 总体结构:什么是“拓扑学”在生命科学中的数学实现? 拓扑分析在生命科学中的数学实现,主要体现在以下核心思想: 将生物系统抽象为图(Graph)或网络(Network)结构,借助图论与复杂网络分析方法,研究生命系统中多实体(细胞、基因、蛋白等)之间的连接、传播、协同与结构演化。 图模型提供了一个 阅读全文
posted @ 2025-05-30 23:03 tomorgen 阅读(57) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 🧠 学习目标:理解模块识别(社区检测)的核心思想与数学原理 🔬 任务场景:在构建好的细胞图(节点为细胞群,边表示相关性)中,自动识别高度内聚、外部联系稀疏的群体 —— 即“模块”或“社区”。 🔍 一、背景导入:什么是“模块识别”? 🧩 场景举例 细胞图谱:寻找免疫细胞簇 蛋白互作网络:识别功 阅读全文
posted @ 2025-05-30 22:33 tomorgen 阅读(43) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 🧠 一句话总结 SCENIC 是什么? SCENIC 是一套从单细胞转录组数据中,重建细胞内转录调控网络并评估其活跃度的工具链。它帮你找出: 谁在控制谁(TF → target genes),在哪些细胞里控制得最明显(regulon 活跃度)。 🧭 类比理解:细胞里的“地下指挥网络” 把每个细胞 阅读全文
posted @ 2025-05-29 23:37 tomorgen 阅读(204) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 🧬 文献笔记:《单细胞空间多组学揭示癌症相关成纤维细胞的保守空间亚型和细胞邻域》 📍 标签:#肿瘤免疫 #空间转录组 #CancerCell2025 #CAF 🕒 阅读日期:2025-05-25 ✍️ 整理人:Tomorgen.C 🗂️ 一、文献基本信息(Metadata) 项目 内容 📘 阅读全文
posted @ 2025-05-28 23:45 tomorgen 阅读(57) 评论(0) 推荐(0)