05 2019 档案

动物界的级联效应
摘要：转载自：http://blog.sciencenet.cn/misc.php?id=235119&mod=tag 级联效应 （ Cascade effect) 是由一个动作影晌系统而导致一系列意外事件发生的效应，类似于多米诺骨牌效应。 参见： http://www.baike.com/wiki/%E 阅读全文
posted @ 2019-05-25 20:21 一棵开花的树sysu 阅读(1607) 评论(0) 推荐(0)
如何用VMD将轨迹文件制作动画（转载）
摘要：转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html 很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画。我们接下来看看该怎么做。这里拿Gromacs举例，NAMD也差不多。 第一步： 提取轨迹。 往往轨迹 阅读全文
posted @ 2019-05-12 17:27 一棵开花的树sysu 阅读(13799) 评论(0) 推荐(0)
lammps-MD整体思路
摘要：1.收敛性测试 （1）由不同尺寸模型（不同的原子数）和E的关系曲线，再确定尺寸n*n*n； 2.优化结构（nve-nvt-npt） 系综的实现方式（相关命令）：https://www.cnblogs.com/sysu/p/10808805.html； 三种系综都要设置，依次进行（nve-nvt-np 阅读全文
posted @ 2019-05-08 22:53 一棵开花的树sysu 阅读(1215) 评论(0) 推荐(0)
in文件
摘要：log mmt.log #目前的笔记，正在studying，不一定全对 in文件很好解释的链接：https://www.docin.com/p-680967917.html # 一、初始化（边界条件）；前两行不要写东西，第一行默认，不用改echo screen #如果脚本有错误可以记录下来，可有可无 阅读全文
posted @ 2019-05-07 15:24 一棵开花的树sysu 阅读(1428) 评论(0) 推荐(1)
in文件注意事项及详细解释（转载）
摘要：转载自:https://www.cnblogs.com/sysu/p/10817315.html 和 https://www.cnblogs.com/panscience/p/4953940.html lammps做分子动力学模拟时，需要一个输入文件（input script），也就是in文件，以及 阅读全文
posted @ 2019-05-06 18:13 一棵开花的树sysu 阅读(2862) 评论(0) 推荐(1)
开始进行lammps手册的学习啦，跟着Manual一边翻译一边做吧！（转载）
摘要：转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_64813e370100ngsz.html 注明：黄色部分基本上为不懂的部分，红色字体为所做注释 一、各种文件的介绍： 1 in file:建立该文件以便程序的写入 2 log file：写入状态信息（if the switch 阅读全文
posted @ 2019-05-06 00:17 一棵开花的树sysu 阅读(3190) 评论(0) 推荐(0)
学习lammps 对in文件的一个概述性心得（转载）
摘要：转载自：http://muchong.com/html/201411/8149677.html 写在开头：1.尽量列举了大部分（几乎）的命令2.带星号命令非常重要，大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的3.非斜命令是运行一个 常用 模拟所必备的4.命令顺序为一个基本的脚本文件命 阅读全文
posted @ 2019-05-06 00:12 一棵开花的树sysu 阅读(3173) 评论(0) 推荐(0)
VMDNAMD命令规则（转载）
摘要：输出体系的整个带电量：measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件：pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量：measure sumweights 阅读全文
posted @ 2019-05-05 22:35 一棵开花的树sysu 阅读(3004) 评论(0) 推荐(0)
VMD的相关命令（转载）
摘要：转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w6xg.html 自我学习总结： 1、打开VMD main上Extensions中的TkConsole这是VMD的控制命令区域。 2、围绕x轴旋转90：rotat x by 90 (或者rotat x t 阅读全文
posted @ 2019-05-04 21:21 一棵开花的树sysu 阅读(11551) 评论(0) 推荐(0)
Clayff力场（转载）
摘要：本文转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4km.html 注意：lammps中并没有完整的clayff势函数，需要将一下三者结合使用。 angle_style harmonic bond_style harmonic pair_style 阅读全文
posted @ 2019-05-04 21:13 一棵开花的树sysu 阅读(4511) 评论(0) 推荐(0)
如何处理遇到的错误-lammps
摘要：一、认清模型——data文件； 二、读懂in文件； 三、当遇到error时，we can do： 1.查错： （1）从out文件中，复制里边的错误信息（copy一部分，不用全部）； （2）进入到lammps官网的13.3.Error messages中，输入“ctrl+F”，出现下图； （3）“粘贴 阅读全文
posted @ 2019-05-04 21:11 一棵开花的树sysu 阅读(1265) 评论(0) 推荐(0)
数据分析及结果
摘要：Note： 1.分子动力学结果分析（学习资料）： https://wenku.baidu.com/view/6d9b9e3a5a8102d277a22f03.html### 2.需要进行计算，可以根据自己的需求去lammps官网上，看相关命令（如：compute命令等）。 一、热力学量的分析 二、动 阅读全文
posted @ 2019-05-04 20:01 一棵开花的树sysu 阅读(435) 评论(0) 推荐(0)
neighbor和neigh_modify（转载）
摘要：（转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4mg.html###） 以下取自：http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=11368&jdfwkey=cnypw3 收集1：neighbor选取的 阅读全文
posted @ 2019-05-04 17:06 一棵开花的树sysu 阅读(11126) 评论(0) 推荐(1)
lammps计算的应力的方法
摘要：摘自：http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201142893419587/ lammps计算的应力有两种： 一是体系整体的应力状态，通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段可将给定 阅读全文
posted @ 2019-05-04 16:37 一棵开花的树sysu 阅读(9494) 评论(0) 推荐(0)
系综的实现方式（nve、nvt、npt）
摘要：每个动力学模拟必须要通过fix命令设置系综，若没有设置系综，则就没有时间积分。 一、NVE系综 更新位置和速度，V和E恒定。 velocity all create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian #控制原子的初始速度 fix 1 all nve 二、NVT系 阅读全文
posted @ 2019-05-04 16:19 一棵开花的树sysu 阅读(15884) 评论(0) 推荐(0)
lammps_data文件
摘要：一、notes： 1、不在data文件里写“#”（注释），否则，容易出错； 2、前两行不用写东西（建议）； 3、相互作用系数可以不用写在data里边（如pair_coeff等），可有可无，but for pair_coeff，最好还是在data文件中设定，因为它比在in文件中设定更加方便、简洁。 二 阅读全文
posted @ 2019-05-04 15:46 一棵开花的树sysu 阅读(7137) 评论(0) 推荐(0)

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