摘要：1.视频教程：https://mp.weixin.qq.com/s/Uh6rlT2IeLXDbLCkihdm1A 2.知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/398515892?utm_source=wechat_session&utm_medium=social&s_r=0 阅读全文

摘要：一、如果是在lammps跑计算之前，就考虑通过VMD来统计氢键，可以参照该链接 https://mp.weixin.qq.com/s/N2oqppbga00T4sN0ehu_7g，更加方便。 二、本内容主要讨论的是，已经跑完了计算，目前只有轨迹文件，而没有提前设置好元素类型（没有xyz文件），可以参 阅读全文

摘要：1.minimize后，lammps生成的data文件 2.pdb： 阅读全文

摘要：转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html 很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画。我们接下来看看该怎么做。这里拿Gromacs举例，NAMD也差不多。 第一步： 提取轨迹。 往往轨迹 阅读全文