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一棵开花的树sysu
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in文件——group、msd、diff、vacf、rdf、chunk分层算density、输出xyz轨迹文件-带元素类型
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posted @ 2021-12-21 01:13 一棵开花的树sysu
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notes 1——分组、计算vacf、输出thermo变量(单个原子温度)、dump出多物理量、chunk算密度分布等、delete分组原子、移动原子、隔多少步输出一个restart文件、计算各类能量、旋转原子、两个组之间的非键相互作用、输出xyz轨迹文件-带元素类型
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posted @ 2020-12-08 15:28 一棵开花的树sysu
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linux计算命令——MS导data、node计算命令、周期性设置、定义变量、设置电荷、group分组、shake控制水分子、固定原子为刚性、控制原子结构不变
摘要: 1.在lammps中通过car文件导出data文件 (进入工作目录xxx,文件名xxx很严格,文件名和car和mdf的xxx必须要一样。 cd xxx/ msi2lmp.exe xxx -class I -frc clayff -i > out.log ## clayff力场 msi2lmp.exe
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posted @ 2019-12-28 23:51 一棵开花的树sysu
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2025年5月13日
在虚拟机VMware上使用Linux系统,并安装和使用Lammps,以及更新或者安装需要的package
摘要: 1.先下载和安装虚拟机,即VMware软件,注册后,可以免费下载 VMware Workstation Pro下载网站:https://support.broadcom.com/group/ecx/free-downloads安装教程:https://mp.weixin.qq.com/s/r5zI1
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posted @ 2025-05-13 14:00 一棵开花的树sysu
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2024年12月3日
lammps循环
摘要: 1.参考资料:https://mp.weixin.qq.com/s/AsCX4XGYv9xWrvElihcuzw https://mp.weixin.qq.com/s/AJOk9122ZxJP8v7m1INiwA https://mp.weixin.qq.com/s/4eXo9UJrtb9gVKoG
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posted @ 2024-12-03 16:34 一棵开花的树sysu
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2024年11月29日
windows版lammps的安装和计算
摘要: 1.安装:详情见:https://mp.weixin.qq.com/s/xwx0c2ATNM0pphaHwDLkmQ 2.windows的lammps如何提交计算: 提交计算task的命令: mpiexec -np 4 lmp -in xxx.in #其中xxx.in表示in文件的名称,详情见 ht
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posted @ 2024-11-29 22:04 一棵开花的树sysu
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2023年5月8日
在服务器中提交lammps计算时,用多少个核计算,才会使得自己和别人的运算会更快?是不是提交核数越多越快?如何提高运算速度(pppm算法)?
摘要: (摘自以下内容) 下边我们做几组测试,并对比计算速度:(采用同一个模型,所含原子数:19144(算挺得多了),所用服务器总核数仅为40个核,当前还剩下16个核的空间(已用24个核)) 4个核——未超负荷运行100%情况下——1天能跑0.488 ns=488 ps 26个核——超负荷10个核运行——1
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posted @ 2023-05-08 13:52 一棵开花的树sysu
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2023年5月5日
LAMMPS之约束方法(转摘)——1.刚性约束(fix shake、rigid);2.运动约束(fix addforce、aveforce、setforce等);3.墙(粒子墙、虚拟墙fix wall/reflect)
摘要: LAMMPS之约束方法(转摘):https://mp.weixin.qq.com/s/xvNgzzbpfRfOludj1BZjuQ
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posted @ 2023-05-05 22:20 一棵开花的树sysu
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2023年4月26日
通过晶体数据库下载cif文件(转摘)
摘要: 1.7个晶体数据库下载cif文件的介绍——摘自:https://mbd.baidu.com/ug_share/mbox/4a83aa9e65/share?product=smartapp&tk=b345140e38a063d8d34015a16117c5d1&share_url=https%3A%2
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posted @ 2023-04-26 15:06 一棵开花的树sysu
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2023年4月25日
常见冰的晶体结构及其cif文件(转摘)
摘要: 1.常见冰的晶体结构及其cif文件,转摘自:http://jerkwin.github.io/2013/12/01/%E5%B8%B8%E8%A7%81%E5%86%B0%E7%9A%84%E6%99%B6%E4%BD%93%E7%BB%93%E6%9E%84%E5%8F%8A%E5%85%B6ci
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posted @ 2023-04-25 23:08 一棵开花的树sysu
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2023年4月21日
Sublime Text编辑器如何安装和使用,以及安装lammps插件
摘要: 1.安装:自己去Sublime Text官网下载安装包,自行安装即可。https://onebox.mydown.com/soft/41/473305041.shtml?f=360box_65490 2.安装之后,脚本中如何显示中文? 安装后,一开始可能不能识别中文,需要我们自己设置,可参考:htt
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posted @ 2023-04-21 10:40 一棵开花的树sysu
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2023年4月20日
如何通过vmd导出高分辨率图像(转摘)
摘要: 1.视频教程:https://mp.weixin.qq.com/s/Uh6rlT2IeLXDbLCkihdm1A 2.知乎:https://zhuanlan.zhihu.com/p/398515892?utm_source=wechat_session&utm_medium=social&s_r=0
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posted @ 2023-04-20 18:26 一棵开花的树sysu
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2023年4月19日
lammps的rerun命令使用——通过读取已跑完的轨迹文件,补充新的或者漏算的计算(rdf、msd、能量、力等),无需重跑计算
摘要: 一、参考资料: 1. lammps已跑完,不想重跑,如何补充新的计算 (来自小马老师,https://mp.weixin.qq.com/s/pDWaxcdq75hmMOdbG9hSNQ ) 2.lammps通过rerun进行rdf分析,来自: https://zhuanlan.zhihu.com/p
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posted @ 2023-04-19 11:38 一棵开花的树sysu
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