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以为对 很熟了，谁知又掉坑里了。 我有个3万多行的数据集，包括样品表达量和注释信息。大概长这样： 本来3万多行，可是读进来的时候变成了1万多行，而且read.delim和read.table减少的行数还不一样。我用Excel打开，再另存为txt格式读入后，数据行数变回正常的3万多。 MP 阅读全文
posted @ 2019-09-02 13:23
生物信息与育种
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最近我用cbind函数整合数据后，再用filter过滤数据，碰到了一个大坑。 以两组独立样本t检验筛选差异蛋白为例进行说明吧。 pro2 % filter(log2_FC =0.58,Pvalue% filter(log2_FC 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:57
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[R] 添加误差棒的分组折线图：geom_path: Each group consists of only one observation. Do you need to adjust the...
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想做一个简单的分组折线图，并添加误差棒，类似下面这样的： 用ggplot似乎很简单就能实现： ，重点在于计算误差棒。 还是看示例数据吧： Type是转录和蛋白两个组学，Region是某个组织的不同区域。想作如上图的样子，即不同区域在两个组学的折线图分布。 计算误差需要安装Rmisc包中的summar 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:56
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dplyr的优点很明显，数据框操作简洁，如 等于 。然而优点也是缺点，因为它的的参数不是透明的，这意味着你不能用一个看似等价的对象代替一个在别处定义的值。 自然想到编写类似下面的函数： my_summarise % group_by(group_var) % % summarise(a = mean 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:55
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关于这两个函数，官方是这么定义的： substitute returns the parse tree for the (unevaluated) expression expr, substituting any variables bound in env. quote simply retur 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:54
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tidyverse系列的R包虽然解放了大家的双手，但同时也束缚了我们重新编写函数的能力。在这一套语法中，要实现作为函数参数的字符串和变量之间的相互转换困难重重，但只要掌握了其中原理后，也就能够游刃有余地处理了。 首先要理解基础R中几个重要又易忽略的函数。 eval 简言之就是： 对表达式对象的求值 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:53
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一般我们使用pheatmap通过Rstudio交互得到的图片在plots的Export导出即可，如何保存对象到文件呢？这个需求在自动化流程中很常见，作者似乎也没说明。 生成示例数据： 看下数据亚子： 实现方法 接下来实现方法，分为两步： 1.保存对象 library(pheatmap) xx Ref 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:35
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字符串操作的函数（如contains），很多都包含ignore.case参数，默认是T，即不分大小写，稍不注意就会掉坑里，最好的习惯是下意识地加入这个参数。 举个例子： 我要选择An的列，就用下面这个 可以看到把转录本ID也选进去了，不检查的话后续就会出错了。所以下意识地用ignore.case参数 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:29
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sort grep sed awk cut paste join split 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:28
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一不小心投了巨多任务，或者投递的资源不合理时，想批量杀掉这些任务。 kill的方法就不说了，我这里用qdel的方法。 用了这么一条命令： qstat |sed '1,2d' |awk -F' ' '{print $1}' |sed ':x;N;s/\n/ /;b x'|cat 再用qdel删除即可。 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:28
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