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摘要: R语言基础绘图系统 基础绘图包之低级绘图函数——气泡图、一页多图、背景网格、添加线条和散点、数学表达式 4.气泡图 symbols是高级绘图函数,可在图上添加标记,标记的形状包括: . 默认标记圆圈,可用于绘制气泡图 重叠点透明色气泡图. 5. 一页多图 mfrow/mfcol是等距切分画布,不等面 阅读全文
posted @ 2020-02-07 16:58 生物信息与育种 阅读(663) 评论(0) 推荐(0)
摘要: R语言基础绘图系统 基础图形——饼图、克利夫兰点图、条件图 6.饼图 7.克利夫兰点图 一种散点图,功能与条形图类似。通过散点位置来展示数据大小。 8.条件图 coplot(condition plot)随着变量变化而变化。 条件公式: 一般形式; 在变量a存在的条件下,y随x变化而变化; 多重条件 阅读全文
posted @ 2020-02-07 16:57 生物信息与育种 阅读(970) 评论(0) 推荐(0)
摘要: R语言基础绘图系统 基础图形——直方图、金字塔图 3.直方图 参数设置及比较。 直方图叠加。 背靠背直方图(back to back histogram)。 镜面图(mirror plot) 与背靠背直方图类似,只是展示的是概率密度曲线或其他曲线,而非条柱。 4.金字塔图 如展示不同年龄组男女人口数 阅读全文
posted @ 2020-02-07 16:56 生物信息与育种 阅读(2429) 评论(0) 推荐(0)
摘要: R语言基础绘图系统 基础图形——条形图、误差图 3.条形图 barplot接收的数据是矩阵而非数据框。 更多参数用法。 4.误差条图 没有直接可用的函数来绘制误差条图。 自定义函数来绘制误差条图。 阅读全文
posted @ 2020-02-07 16:54 生物信息与育种 阅读(1634) 评论(0) 推荐(0)
摘要: R语言基础绘图系统 基础图形——散点图、盒形图 plot是一个泛型函数(generic method),对于不同的数据绘制不同的图形。 par函数的大部分参数在plot中通用。 1.散点图 plot绘制散点图类型,type有6种,即 。 2.盒形图 原始图 添加参数 多个盒子比较 突出某个盒子,如阳 阅读全文
posted @ 2020-02-07 16:52 生物信息与育种 阅读(986) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 张铁军,陈兴栋等 著 R语言基础绘图系统 基础绘图包之高级绘图函数——par函数 基础绘图包并非指单独某个包,而是由几个R包联合起来的一个联盟,比如graphics、grDevices等。 掌握par函数(作为20个主要统计图形函数之一)的主要参数。 adj 微调图中字符位置。adj=c(x,y), 阅读全文
posted @ 2020-02-07 16:50 生物信息与育种 阅读(1667) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 前言 我在微信读书APP上看了一些书,但很多都只是过了一遍,看完了也就忘了。这对于专业书籍来说,读一遍相当于没读,所以把自己做的笔记导出来看看增强记忆,是很有必要的。 遗憾的是微信读书APP只提供了将笔记复制到剪切板,然后粘贴到其他地方,而PC端版本连剪切的功能都没有,更不用说导出了。更为操蛋的是这 阅读全文
posted @ 2020-02-07 16:49 生物信息与育种 阅读(6227) 评论(1) 推荐(0)
摘要: 今天写了个较长的 脚本,结构嵌套比较多,最后运行时,出现了 的错误。 这个之前碰到过,经常在 系统转移脚本文件到 系统时出现,但这次我是在 环境中写的,不存在这个问题,改了试也没用。关于系统文件格式转化: 在网上查了一圈,全部都是文件格式错误的答案!程序人生CSDN中的答案真是烂透了,抄来抄去解决不 阅读全文
posted @ 2020-01-16 18:10 生物信息与育种 阅读(36394) 评论(4) 推荐(7)
摘要: 目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似,目的是: 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路,方便解释科学问题; 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质:某个代谢通路在不同的状态下(如疾病与健康)是否发生了显著变化? ORA富集 回答的问题:一个代谢物 阅读全文
posted @ 2020-01-15 21:54 生物信息与育种 阅读(2917) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 这个需求是在生信分析中几乎天天用到,各种语言都能实现,也都各有特点。这次以 为例。 已知 文件 为全部蛋白表达矩阵及其差异分析结果。 文件 为蛋白KEGG注释结果。 文件 为蛋白鉴定数据库(有的序列以多行展示)。 需求 将以上三表整合为一个表,输出需要的信息。 实现 编写的特点是 ,条条大道通罗马, 阅读全文
posted @ 2020-01-15 21:23 生物信息与育种 阅读(803) 评论(0) 推荐(0)
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