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第一章 简介 文字处理，编写小型CGI脚本（Web服务器调用程序）的最佳语言 : Perl综合典藏网 : 或` ! /usr/local/bin/perl` 第二章 标量 数字 运算符 单引号和双引号 字符串操作符 Perl内置警告 双目赋值操作符 标量内插 比较操作符 if控制结构 获取用户输入 阅读全文
posted @ 2019-06-02 13:15
生物信息与育种
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前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能，需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库，如KEGG，但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。 DAVID "DAVID地址" 以前我会首选DAVID，原因是方便简单。有人说它数据库更新慢，不准确（据说被science点 阅读全文
posted @ 2019-05-28 11:20
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R数据科学（R for Data Science） Part 3：编程 转换——可视化——模型 第13章 使用magrittr进行管道操作 第14章 函数 一段代码复制粘贴超过2次，就应该考虑写一个函数 创建一个函数名称 列出函数输入，即参数 将已经编好的代码放在函数体中 简单输入测试 rescal 阅读全文
posted @ 2019-05-26 18:16
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R数据科学（R for Data Science） Part 2：数据处理 导入—— 整理—— 转换 第7章 使用tibble实现简单数据框 第8章 使用readr进行数据导入 第10章 使用stringr处理字符串 第11章 使用forcats处理因子 阅读全文
posted @ 2019-05-26 18:08
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R数据科学（R for Data Science） Part 1：探索 by: PJX for 查漏补缺 exercise: https://jrnold.github.io/r4ds exercise solutions 前言 第1章 使用ggplot2进行数据可视化 第2章 工作流：基础 补充: 阅读全文
posted @ 2019-05-26 18:00
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R 语言实战（第二版） part 5 1 技能拓展 第19章 使用ggplot2进行高级绘图 R R的四种图形系统： ①base：基础图形系统 ②grid图形系统： grid包，灵活，无完整绘图函数，适用开发者 ③lattice包：适用网格图形，即多变量/水平关系。基于grid包 ④ggplot2包 阅读全文
posted @ 2019-04-04 23:59
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R 语言实战（第二版） part 5 2 技能拓展 第21章创建包 R 包是一套函数、文档和数据的合集，以一种标准的格式保存 1.测试npar包。进行非参组间比较 pkg ' @examples ' results 当前目录寻找.Rprofile，若没找到该文件，则到用户主目录HOME中去找 Sys 阅读全文
posted @ 2019-04-04 23:59
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R 语言实战（第二版） part 4 高级方法 第13章 广义线性模型 R 前面分析了线性模型中的回归和方差分析，前提都是假设因变量服从正态分布 广义线性模型对非正态因变量的分析进行扩展：如类别型变量、计数型变量（非负有限值） glm函数，对于类别型因变量用logistic回归，计数型因变量用泊松回 阅读全文
posted @ 2019-04-04 23:58
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R 语言实战（第二版） part 3 中级方法 第8章 回归 R 概念：用一个或多个自变量（预测变量）来预测因变量（响应变量）的方法 最常用：OLS——普通最小二乘回归法，包括简单线性回归、多项式回归、多元线性回归 过程：拟合OLS回归模型—— 评价拟合优度—— 假设检验—— 选择模型 OLS回归 阅读全文
posted @ 2019-04-04 23:57
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R 语言实战（第二版） part 2 基本方法 第6章 基本图形 R 1.条形图 一般是类别型（离散）变量 library(vcd) help(Arthritis) 类风湿性关节炎新疗法研究结果 head(Arthritis) count 0.05独立 2）.Fisher精确检验 fisher.te 阅读全文
posted @ 2019-03-26 22:57
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