2019年10月14日
[Linux]非root的R环境被conda破坏后如何恢复？
摘要： 记录说明 这篇文章本来是用来记录 非`root PMCMRplus R`包后，我换上了 来安装。经前人提醒，一开始安装 我是没加入环境变量的。但一直激活不了虚拟环境，所以后来我又加入了环境变量试着安装，结果这一弄还真的污染了我原有的环境，很多 包都加载和下载不了了。于是我卸了 ，重新安装 。但环境变 阅读全文
posted @ 2019-10-14 22:59 生物信息与育种 阅读(1844) 评论(0) 推荐(0)
[Linux] 非root安装GCC9.1.0
摘要： 说明 一般Linux系统自带或公共的 版本都很低，如目前我们的服务器版本的 还停留在 ，而 "官网" 已到达 版本（下载 "http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/" ） ，有些项目编译时需要更高版本的 ，这时就需要自己额外安装一个了。 网上关于非 用户的教程有很多，但大多数都很旧且不 阅读全文
posted @ 2019-10-14 22:58 生物信息与育种 阅读(5964) 评论(1) 推荐(0)
[R] 如何绘制各样本的pathway丰度热图？
摘要： 前言 一般而言，我们做完pathway富集分析，就做下气泡图或bar图来进行展示，但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue。如果我们不关注这两个因素，而是在乎样本本身的pathway丰度呢？ 对于KEGG热图绘制，大部分是做到KO层级，因为基因/蛋白和KO的绝大部分都是一对一的对应关系。如果一定要 阅读全文
posted @ 2019-10-14 16:32 生物信息与育种 阅读(4028) 评论(0) 推荐(0)
2019年9月29日
[R] venn.diagram保存pdf格式文件？
摘要： vennDiagram包中的主函数绘图时，好像不直接支持PDF格式文件： dat = list(a = group_out[[1]][,1],b = group_out[[2]][,1]) names(dat) Ref: "https://stackoverflow.com/questions/14 阅读全文
posted @ 2019-09-29 21:11 生物信息与育种 阅读(2687) 评论(0) 推荐(0)
[linux] 非root安装Python2及其模块
摘要： 需求 系统自带的python2版本太低，且没有想要的模块，非root用户无法安装。有些模块是python2写的，无法用python3，所以自己下载一个高版本的python2，可以自由下载模块。 实现 1.安装python2.7.15 最新的2.7.16可能不稳定，下了个2018年的修复版本。 可以把 阅读全文
posted @ 2019-09-29 21:10 生物信息与育种 阅读(825) 评论(0) 推荐(0)
[Linux] 非root安装Lefse软件及其数据分析
摘要： 说明 软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在 集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。 安装 这个软件是 写的，因此假设我已经安装好了较高版本的 以及 等工具，在此基础上来安装 。 下载地址： "https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/d 阅读全文
posted @ 2019-09-29 21:09 生物信息与育种 阅读(1938) 评论(0) 推荐(0)
2019年9月18日
[linux] rm -rf删除软链接无权限？
摘要： 一个很简单的命令，使用频率非常高，但一没注意就会失策。 我将别人盘下的 目录软连接到自己盘中，想要删除时： 结果： 试了多次也删除不了，最后发现原因： 会把原来 下的内容删除，我因为没有权限，自然删除不了原内容。 正确地写法不应该加斜杠，即 ，这样就只删除软链接，而不删除实际数据。 Ref: "ht 阅读全文
posted @ 2019-09-18 18:08 生物信息与育种 阅读(1509) 评论(0) 推荐(0)
2019年9月3日
[linux] mv: cannot move $ to $: Directory not empty
摘要： 最近测试某流程时，跑的过程报错了，于是检查脚本修改后重新测试。脚本是改过来了，但在 中运行某步时碰到了如题报错！ $ mv MP_genus_network_files/ tax_network mv: cannot move tax_network/MP_genus_network_files': 阅读全文
posted @ 2019-09-03 23:10 生物信息与育种 阅读(11246) 评论(0) 推荐(0)
【R】调整ggplot图例大小
摘要： 图例太多时，会挤压正图，显得正图展示区域很小，这时有必要缩小图例。 减小ggplot图例 library(ggplot2) p 阅读全文
posted @ 2019-09-03 17:50 生物信息与育种 阅读(17039) 评论(0) 推荐(0)
2019年9月2日
【R】爬虫案例
摘要： 爬取豆瓣相册 library(RCurl) library(XML) myHttpheader 阅读全文
posted @ 2019-09-02 23:08 生物信息与育种 阅读(436) 评论(0) 推荐(0)