生物信息与育种

摘要： 在文章或宣传稿中经常看到两者滥用，实际上是不同的。 首先是各个字母的含义： 16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。 rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。 rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（ 阅读全文

摘要： 需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和 阅读全文

摘要： 我们为什么需要蛋白质组学？ 1. 蛋白质组学从其他组学中带来的信息是独一无二的。 2. 为什么要这么具体？ 蛋白组信息，要么鉴定，要么定量，总是依赖于时空性。 蛋白主要通过互作发挥功能 很多蛋白以翻译后形式存在 3. 蛋白组和传统蛋白研究有何不同？ 数据获取和处理形式基于高通量和大规模的组学视角 蛋 阅读全文

摘要： MetaboAnalyst是做代谢的R包，功能十分强大。也开发了 "web版本" ，代谢组学的分析这里不介绍，主要讲讲它开发的多组学分析的相关内容。 既然是做代谢的工具，即使是增加了多组学内容，肯定也是以代谢为核心。以代谢组为中心的多组学分析想想无非就是以下几点：多元变量统计分析、网络分析、path 阅读全文

摘要： 整理了一下以质谱技术为核心的多组学方面的讲座，主要是中科新生命的，感觉质量还可以，适合入门观看。是直播课，首次应该需要填写资料才能进入直播间。 生命表型体现者，从“代谢到脂质到修饰”组学专场报告 http://xy.bioon.com/live/webinar_play_new/442.html 蛋 阅读全文

摘要： 前言 之前本来打算根据自己对蛋白质组学数据分析的经验和理解写一系列相关教程出来供复习参考，没想到在网上查到别人已经做过了，而且笔记相当全面，从样本处理到质谱仪原理再到数据分析等等都有提及，虽然是2016 2017年的课程，但内容并未过时，对我自己也大有益处。虽然其中一些内容有重复，但我也不想再进行整 阅读全文

摘要： 最近用之前写的 脚本重新跑数据时，出现了报错。经检查，才发现是数据的列名读入 时发生了变化，列名前自动加上了 符号。 系列函数有一个 参数，默认为 ，因此读入数据时它会自动检查变量名在 中是否有效。如果变量名包含 首字母为数字、 、`$ X.`，使变量看上去更像一个字符型变量。 是通过调用 函数来实 阅读全文

摘要： `MEGAN（Metagenome Analyzer） Diamond+MEGAN6`已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的 使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面的资料也寥寥无几，这里简单记录下使用方法，主要是针对 平 阅读全文

摘要： 以前由于 命令行传参不友好，经常嵌套在其他程序语言（如 ）中来进行传参，但现在也陆续有一些方式来实现 的传参了，这里简单罗列下。 方法一 最传统的方法就是使用系统自带的 函数，直接按位置顺序传入。这种方法简短、快速，适合个人使用。一般也能满足我们的需求了，但对于其他用户是不够友好的。 方法二 使用 阅读全文

摘要： 集群环境下安装 进行软件管理。 是`Anaconda Minconda3`进行软件安装管理。 安装 "下载地址" ，版本根据所需选择下载。 也可手动添加到环境变量： 这里提示一下：有的人说最好不要将 加入到环境变量中，因为会污染到非 安装的其他软件，造成不可预知的错误 "Anaconda is a 阅读全文