2019年6月2日
Perl 语言入门6-9
摘要： 第6章 哈希 简介 键值对。键和值都是任意标量，但键总是会被转换成字符串。 键唯一，值可重复。 应用场景：一组数据对应到另一组数据时。 如找出重复/唯一/交叉引用/查表等 访问哈希元素 访问整个哈希 哈希赋值 哈希函数 keys函数返回键列表 values函数返回值列表 each函数迭代哈希，返回键 阅读全文
posted @ 2019-06-02 13:21 生物信息与育种 阅读(344) 评论(0) 推荐(0)
Perl 语言入门1-5
摘要： 第一章 简介 文字处理，编写小型CGI脚本（Web服务器调用程序）的最佳语言 : Perl综合典藏网 : 或` ! /usr/local/bin/perl` 第二章 标量 数字 运算符 单引号和双引号 字符串操作符 Perl内置警告 双目赋值操作符 标量内插 比较操作符 if控制结构 获取用户输入 阅读全文
posted @ 2019-06-02 13:15 生物信息与育种 阅读(368) 评论(0) 推荐(0)
2019年5月28日
富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO
摘要： 前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能，需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库，如KEGG，但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。 DAVID "DAVID地址" 以前我会首选DAVID，原因是方便简单。有人说它数据库更新慢，不准确（据说被science点 阅读全文
posted @ 2019-05-28 11:20 生物信息与育种 阅读(20149) 评论(0) 推荐(0)
2019年5月26日
R数据科学-3
摘要： R数据科学（R for Data Science） Part 3：编程 转换——可视化——模型 第13章 使用magrittr进行管道操作 第14章 函数 一段代码复制粘贴超过2次，就应该考虑写一个函数 创建一个函数名称 列出函数输入，即参数 将已经编好的代码放在函数体中 简单输入测试 rescal 阅读全文
posted @ 2019-05-26 18:16 生物信息与育种 阅读(661) 评论(0) 推荐(0)
R数据科学-2
摘要： R数据科学（R for Data Science） Part 2：数据处理 导入—— 整理—— 转换 第7章 使用tibble实现简单数据框 第8章 使用readr进行数据导入 第10章 使用stringr处理字符串 第11章 使用forcats处理因子 阅读全文
posted @ 2019-05-26 18:08 生物信息与育种 阅读(495) 评论(0) 推荐(0)
R数据科学-1
摘要： R数据科学（R for Data Science） Part 1：探索 by: PJX for 查漏补缺 exercise: https://jrnold.github.io/r4ds exercise solutions 前言 第1章 使用ggplot2进行数据可视化 第2章 工作流：基础 补充: 阅读全文
posted @ 2019-05-26 18:00 生物信息与育种 阅读(982) 评论(0) 推荐(0)
2019年4月4日
R 语言实战-Part 5-1笔记
摘要： R 语言实战（第二版） part 5 1 技能拓展 第19章 使用ggplot2进行高级绘图 R R的四种图形系统： ①base：基础图形系统 ②grid图形系统： grid包，灵活，无完整绘图函数，适用开发者 ③lattice包：适用网格图形，即多变量/水平关系。基于grid包 ④ggplot2包 阅读全文
posted @ 2019-04-04 23:59 生物信息与育种 阅读(540) 评论(0) 推荐(0)
R 语言实战-Part 5-2笔记
摘要： R 语言实战（第二版） part 5 2 技能拓展 第21章创建包 R 包是一套函数、文档和数据的合集，以一种标准的格式保存 1.测试npar包。进行非参组间比较 pkg ' @examples ' results 当前目录寻找.Rprofile，若没找到该文件，则到用户主目录HOME中去找 Sys 阅读全文
posted @ 2019-04-04 23:59 生物信息与育种 阅读(694) 评论(0) 推荐(0)
R 语言实战-Part 4 笔记
摘要： R 语言实战（第二版） part 4 高级方法 第13章 广义线性模型 R 前面分析了线性模型中的回归和方差分析，前提都是假设因变量服从正态分布 广义线性模型对非正态因变量的分析进行扩展：如类别型变量、计数型变量（非负有限值） glm函数，对于类别型因变量用logistic回归，计数型因变量用泊松回 阅读全文
posted @ 2019-04-04 23:58 生物信息与育种 阅读(1122) 评论(0) 推荐(0)
R 语言实战-Part 3 笔记
摘要： R 语言实战（第二版） part 3 中级方法 第8章 回归 R 概念：用一个或多个自变量（预测变量）来预测因变量（响应变量）的方法 最常用：OLS——普通最小二乘回归法，包括简单线性回归、多项式回归、多元线性回归 过程：拟合OLS回归模型—— 评价拟合优度—— 假设检验—— 选择模型 OLS回归 阅读全文
posted @ 2019-04-04 23:57 生物信息与育种 阅读(1412) 评论(0) 推荐(0)