生物信息与育种

摘要： 做了个两组间的Kruskal wallis检验，出现如下错误： 对应的英文版本错误为： 一下果然都是 。 这是因为我的 变量是字符串而非因子。is.finite函数不能是字符串对象。 。因此转化为因子，成功： 阅读全文

摘要： R怎么 同时 保存 等多种格式的图片？ 如果是 对象，用 用两下就行，如果不是呢？ 组合 是通常保存方法，但一个组合只能保存一个图片。要想保存多个图像，生成图片的对象需要多次生成，要是一个简单的作图脚本还好，复制粘贴就行，如果是很长很复杂的作图脚本呢？如果是循环批量作图呢？ 非 对象绘图且同时生成 阅读全文

摘要： 从事基于质谱的蛋白质组学信息分析也有一年多时间了，回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面，温故知新。 简要概述 蛋白质组学（Proteomics）是研究一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的统称。作为系统生物学中的重要组成部分，处于中心法则下游，相比于基因组和转录组学而言，发展比较缓慢。 蛋白质 阅读全文

摘要： 前言 合并数据框有重复匹配时通常会返回所有的匹配，如何只保留匹配的第一行呢？其实这个需求也很常见。如芯片探针ID和基因ID往往多对一，要合并ID对应矩阵和芯片表达矩阵时。 数据例子 数据长这样： 想要这样的结果： 错误的尝试 试了不少方法，以下都是达不到需求的： 正确方法 通过网上查找，找到了如下实 阅读全文

摘要： 一、质谱仪 1. 质谱与质谱仪 质谱仪是一类物质分析仪器，它将分析样品转化成带电离子并根据质荷比实现分离，检测质荷比相对强度后生成质谱图进行分析。 由于检测质荷比的特性，质谱仪可以确定化合物的质量进而确定化合物的分子式。并且，根据中间产物的性质，质谱仪甚至可以唯一地确定某些化合物的结构式，测出浓度， 阅读全文

摘要： 啰嗦几句 Perl的时代已经过去，现在年轻的同事们基本上都在用Python了。但个人认为单就生物信息文本处理而言，Perl语言是绝对够用的。最主要的是，前辈们搭建的流程大多数是Perl写的，因此，如果从事流程维护和升级的工作，掌握Perl是必不可少的。即使领导也提出过全面改用Python，这么多流程 阅读全文

摘要： 前言 R对windows使用很友好，对Linux来说充满了敌意。小数据可以在windows下交互操作，效果很好很棒。可是当我们要处理大数据，或者要在集群上搭建pipeline时，不得不面对在Linux上装R及想要的R包这个难题，尤其是对非root用户而言更是艰难重重。 准备依赖库 依次安装：zlib 阅读全文

摘要： 第十四章 字符串与排序 index查找子字符串 substr操作子字符串 sprintf格式化字符串 不同于printf的是它能赋值给变量 排序 第十五章 智能匹配与given when结构 智能匹配操作符~~ 会根据两边操作数的数据类型自动判断何种方式进行比较和匹配，一般与前后顺序无关，特殊情况外 阅读全文

摘要： 第十章 其他控制结构 结构 结构 的相反，条件为假时重复执行。 表达式简化 裸块 去掉条件表达式的代码块，并非循环，仅执行一次。 子句 当条件太多时，会用 /`given when`等结构 自增自减 for结构 三目操作符（条件操作符）?: 使用简易模块 1. File::Basename模块 从文 阅读全文

摘要： 第6章 哈希 简介 键值对。键和值都是任意标量，但键总是会被转换成字符串。 键唯一，值可重复。 应用场景：一组数据对应到另一组数据时。 如找出重复/唯一/交叉引用/查表等 访问哈希元素 访问整个哈希 哈希赋值 哈希函数 keys函数返回键列表 values函数返回值列表 each函数迭代哈希，返回键 阅读全文